1. 질의내용 요약
□ 질의요지
- 한국토지공사가 교회 토지를 개발지구로 지정하여 공익사업용으로 협의 매수하였으며, 양도대금은 전액 교회를 취득한 경우, 교회에 법인세가 과세되는 지 여부
□ 사실관계
- 강ㅇ식 개인은 1996년 A토지를 매입하고 그 위에 교회를 강ㅇ식 명의로 건축하여 초ㅇ교회가 11년간 종교용도에 사용하였음.
- 2006. 8월 강ㅇ식은 초ㅇ교회에 위 토지와 교회건물을 증여 등기 하여 2007년 10월 현재 종교의 목적에 사용하고 양도하였음.
- 2006.8월 강ㅇ식은 임야인 B토지를 취득하여 2006. 8월 초ㅇ교회에 증여하였음.
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙, 통칙)
○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (1998. 12. 28. 개정)
1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28. 개정)
2. 청산소득 (1998. 12. 28. 개정)
② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정)
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)
○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】
② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (1998. 12. 31. 개정)
○ 법인세법 제55조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】
① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설)
1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제125조의 규정에 의하여 건설교통부장관이 조사한 당해 지역의 직전분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기 대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지 등을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득에 100분의 10(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 20)을 곱하여 산출한 세액 (2006. 12. 30. 개정)
2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2003. 12. 30. 개정)
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설)
② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)
1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 (2005. 12. 31. 신설)
가. 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)
나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의한 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안의 농지. 다만, 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)
2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)
가. 「산림법」에 의하여 지정된 산림유전자원보호림ㆍ보안림ㆍ채종림ㆍ시험림 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)
나. 임업을 주업으로 하는 법인 또는 「산림법」에 의한 독림가인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)
다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. 다만, 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령이 정하는 것은 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)
가. 축산업을 주업으로 하는 법인이 소유하는 목장용지로서 대통령령이 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하거나 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안에 있는 목장용지(도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 경우를 제외한다) (2005. 12. 31. 신설)
나. 축산업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 목장용지 (2005. 12. 31. 신설)
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 (2005. 12. 31. 신설)
가. 「지방세법」 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 (2005. 12. 31. 신설)
나. 「지방세법」 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지 (2005. 12. 31. 신설)
다. 토지의 이용상황ㆍ관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)
5. 「지방세법」 제182조 제2항의 규정에 의한 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지 (2005. 12. 31. 신설)
6. 주거용 건축물로서 상시주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 호에서 “별장”이라 한다)과 그 부속토지. 다만, 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항의 규정에 의한 읍 또는 면에 소재하고 대통령령이 정하는 범위와 기준에 해당하는 농어촌주택과 그 부속토지를 제외하며, 별장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니한 때에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 부속토지로 본다. (2005. 12. 31. 신설)
7. 그 밖에 제1호 내지 제6호와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령이 정하는 토지 (2005. 12. 31. 신설)
③ 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2005. 12. 31. 신설)
④ 다음 각호의 1에 해당하는 토지 등 양도소득에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지 등에 대한 토지 등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 항번개정)
1. 파산선고에 의한 토지 등의 처분으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설)
2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설)
3. 도시 및 주거환경정비법 그 밖의 법률의 규정에 의한 환지처분 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득 (2002. 12. 30. 개정 ; 도시 및 주거환경정비법 부칙)
○ 법인세법 시행령 제92조의 11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】
③ 법 제55조의 2 제3항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다. (2006. 2. 9. 개정)
1. 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 법인의 합병 또는 분할로 인하여 양도되는 토지 (2005. 12. 31. 신설)
2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 (2005. 12. 31. 신설)
3. 법 제55조의 2 제2항 제1호 나목에 해당하는 농지로서 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다) (2006. 2. 9. 신설)
○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】
① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2006. 12. 30. 개정)
1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 따른 이자소득금액 및 동법 제17조 제1항 제5호의 규정에 따른 투자신탁의 이익 (2006. 12. 30. 개정)
2. 「소득세법」 제17조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제6호의 규정에 의한 배당소득금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다. (2005. 12. 31. 개정)
3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 (1998. 12. 28. 개정)
4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 (2006. 12. 30. 개정)
② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다. (1998. 12. 28. 개정)
③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. (1998. 12. 28. 개정)
1. 해산한 때 (1998. 12. 28. 개정)
2. 고유목적사업을 전부 폐지한 때 (1998. 12. 28. 개정)
3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조 제3항의 규정에 의하여 승인취소되거나 거주자로 변경된 때 (2006. 12. 30. 개정)
4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 때(5년내 사용하지 아니한 잔액에 한한다) (1998. 12. 28. 개정)
○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】
① 법 제29조 제1항 본문 중 “대통령령이 정하는 단체”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 단체를 말한다. (2001. 12. 31. 개정)
1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체 (2001. 12. 31. 개정)
2. (삭제, 2001. 12. 31.)
3. 법령에 의하여 설치된 기금 (1998. 12. 31. 개정)
나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
【질의】
(사실관계)
- 질의 법인은 종교 보급 및 교회를 목적으로 설립한 비영리 법인으로 보는 단체이며,
- 서울시 재개발 지역 내 종교 부지를 분양 받아 대금을 완납하였는데, 규모가 작아 모든 교인을 수용할 수 없어 교회건물을 신축하지 못하고 부득이 처분하고자 함.
- 처분하여 다른 장소에서 교회건물을 신축하는데 자금이 사용됨.
(질의요지)
- 법인으로 보는 단체(교회)가 종교 부지를 처분하여 교회건물을 신축하는데 자금이 사용된 경우, 처분이익에 대하여 법인세 과세여부
【회신】
1. 귀 질의의 경우, 「법인세법」 제3조 제2항 제5호의 규정에 의해 비영리내국법인의 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 같은 법 시행령 제2조 제2항이 정하는 것을 제외) 처분으로 인하여 생기는 수입은 수익사업에 해당되어 같은 법 제60조의 규정에 따라 법인세를 신고하여야 하는 것이며,
법인이 비사업용 토지를 양도하는 경우에는 같은 법 제55조의 2 제1항 제3호의 규정에 따라 토지 등의 양도소득에 30/100(미등기 토지는 40/100)을 곱하여 산출한 세액을 법인세액에 추가하여 납부하여야 하는 것으로, 처분한 고정자산이 비사업용토지에 해당되는지 여부는 관련 법령에 따라 사실 판단할 사항임.
2. 법인으로 보는 단체에 해당하는 비영리내국법인이 「법인세법 시행령」 제56조 제1항에 규정하는 단체에 해당하는 경우에는 같은 법 제29조에 따라 고유목적사업준비금의 손금산입 규정을 적용 받는 것이며,
종교의 보급, 기타 교화를 목적으로 설립된 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 같은 법 시행령 제56조의 규정에 의한 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 교회를 신축하기 위하여 지출하는 경우에는 고유목적사업에 지출한 것으로 보는 것임.
○ 서면2팀-610, 2007.04.09
【질의】
(사실관계)
비영리법인 교회가 2004.4. 토지를 증여로 취득 등기하고 교회 건물을 가건물(무허가건물)로 건축하여 예배를 하였으며, 2006.12.21. 한국토지공사에 고양삼송지구택지개발사업으로 보상가액 7억 5천만원에 수용 매각하고 보상가액으로 2006.5. 토지를 2억 7천만원에 취득 등기하고 교회건축을 준비하고 있음.
(질의요지)
고유번호 등록되어 있는 교회가 토지를 증여받아 가건물을 건축한 후 예배를 한 고정자산을 3년 이내에 수용으로 양도한 경우 고정자산 처분에 대하여 법인세가 비과세 되는지 여부
【회신】
1. 귀 질의의 경우, 비영리법인이 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하지 아니한 토지(건물)를 양도(수용)하는 경우, 동 토지(건물)의 처분으로 인한 수입은 「법인세법」 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 해당하는 것이며,
2. 「법인세법」 제55조의 2 제3항 및 같은법 시행령 제92조의 11 제3항 제2호의 규정에 따라 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006.12.31. 이전인 토지에 대하여는 비사업용 토지로 보지 아니하는 것인 바, 귀 질의가 이에 해당하는지는 사실 판단할 사항임.
○ 서면2팀-1364, 2007.07.24
【질의】
(사실관계)
- 사단법인 한국 기독교 총연합회 밑에 대한예수교장로회 총회가 있으며, 이는 한국기독교 총연합회 회원교단이며, 질의 기도원은 총본회 산하 중앙노회에 소속한 교회이며,
- 당 교회(기도원)는 관할세무서에 법인으로 보는 단체로 승인은 받지 않은 상태임.
- 2007.5월에 교회에 직접 3년이상 사용하던 종교용지를 한국토지공사로부터 행정중심복합도시 지역으로 수용이 됨.
(질의요지)
- 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인을 받지 않은 상태인 중앙노회에 소속한 교회(기도원)가 비영리법인에 해당하는지 여부
【회신】
1. 수익사업을 영위하지 않는 비영리법인(법인으로 보는 단체 포함)인 교회가 토지와 건물이 수용되어 「법인세법」 제3조 제2항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 의하여 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 수입이 생기는 경우에는 법인세가 과세되지 아니하는 것임.
2. 주무관청의 허가를 받아 설립한 사단ㆍ재단 또는 단체로서 등기되지 아니한 것과 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것은 법인으로 보아 법인세법을 적용하는 것인 바, 귀 질의의 교회(기도원)가 여기에 해당되는지의 여부는 사실에 따라 판단하여야 할 사항임.