가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

 ○ 법인세법 제27조 【업무와 관련 없는 비용의 손금불산입】

  내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. (1998. 12. 28. 개정)

  1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령이 정하는 금액 (1998. 12. 28. 개정)

  2. 제1호외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정)

 ○ 법인세법 시행령 제49조 【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】

 ① 법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다. (1998. 12. 31. 개정)

 1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다. (2005. 2. 19. 단서개정)

  가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 재정경제부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다. (2000. 12. 29. 개정)

  나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 재정경제부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다. (1998. 12. 31. 개정)

  2. 다음 각목의 1에 해당하는 동산 (1998. 12. 31. 개정)

   가. 서화 및 골동품. 다만, 장식ㆍ환경미화 등의 목적으로 사무실ㆍ복도 등 여러 사람이 볼 수 있는 공간에 상시 비치하는 것을 제외한다. (2005. 2. 19. 단서개정)

   나. 업무에 직접 사용하지 아니하는 자동차ㆍ선박 및 항공기. 다만, 저당권의 실행 기타 채권을 변제받기 위하여 취득한 선박으로서 3년이 경과되지 아니한 선박 등 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 자동차ㆍ선박 및 항공기를 제외한다. (1999. 12. 31. 단서신설)

   다. 기타 가목 및 나목의 자산과 유사한 자산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 자산 (1998. 12. 31. 개정)

  ② 제1항 제1호의 규정에 해당하는 부동산인지 여부의 판정 등에 관하여 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다. (1998. 12. 31. 개정)

  ③ 법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 제1항 각호의 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다. (1998. 12. 31. 개정)

○ 법인세법 제55조의 2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설)

 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설)

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

가. 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)

나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의한 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안의 농지. 다만, 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)

가. 「산림법」에 의하여 지정된 산림유전자원보호림ㆍ보안림ㆍ채종림ㆍ시험림 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

나. 임업을 주업으로 하는 법인 또는 「산림법」에 의한 독림가인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. 다만, 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령이 정하는 것은 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)

가. 축산업을 주업으로 하는 법인이 소유하는 목장용지로서 대통령령이 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하거나 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안에 있는 목장용지(도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 경우를 제외한다) (2005. 12. 31. 신설)

나. 축산업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 목장용지 (2005. 12. 31. 신설)

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 (2005. 12. 31. 신설)

가. 「지방세법」 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 (2005. 12. 31. 신설)

나. 「지방세법」 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지 (2005. 12. 31. 신설)

다. 토지의 이용상황ㆍ관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

5. 「지방세법」 제182조 제2항의 규정에 의한 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지 (2005. 12. 31. 신설)

6. 주거용건축물로서 상시주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 호에서 “별장”이라 한다)과 그 부속토지. 다만, 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항의 규정에 의한 읍 또는 면에 소재하고 대통령령이 정하는 범위와 기준에 해당하는 농어촌주택과 그 부속토지를 제외하며, 별장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니한 때에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 부속토지로 본다. (2005. 12. 31. 신설)

7. 그 밖에 제1호 내지 제6호와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령이 정하는 토지 (2005. 12. 31. 신설)

③ 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2005. 12. 31. 신설)

④ 다음 각호의 1에 해당하는 토지 등 양도소득에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지 등에 대한 토지 등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 항번개정)

1. 파산선고에 의한 토지 등의 처분으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설)

2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설)

3. 도시 및 주거환경정비법 그 밖의 법률의 규정에 의한 환지처분 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득 (2002. 12. 30. 개정 ; 도시 및 주거환경정비법 부칙)

⑤ 제1항 및 제4항에서 “미등기 토지 등”이라 함은 토지 등을 취득한 법인이 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 토지 등을 말한다. 다만, 장기할부조건으로 취득한 토지 등으로서 그 계약조건에 의하여 양도 당시 그 토지 등의 취득등기가 불가능한 토지 등 그 밖에 대통령령이 정하는 토지 등을 제외한다. (2005. 12. 31. 개정)

⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다. (2005. 12. 31. 항번개정)

⑦ 제1항 내지 제6항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주업의 판정기준, 당해 사업연도에 토지 등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지 등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2005. 12. 31. 개정)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

 ○ 서면2팀-1297, 2007.07.06

   【질의】

    (사실관계)

    - 2005.11. ○○ 산업단지 내 공장부지 25,112.7㎡ 매입하여 공장신축

    - 2006.10. 대지 9,607㎡와 공장건물 매각

    - 잔여대지 중 4,919㎡ 매각예정

   (질의요지)

   공장부지 매각 시 비사업용 토지 해당여부

   【회신】

  「법인세법」 제55조의 2 제2항 규정의 비사업용 토지 해당여부는 동 자산의 보유기간, 이용 상황, 법령의 규정에 의한 사용금지, 부득이한 사유 등의 내용을 감안하여 같은 법 제2항 내지 제7항의 규정에 의하여 판단해야 할 사항으로, 귀 질의 경우가 동 규정에 해당되는지 여부는 관련법령 등을 참고하여 사실판단 하기 바람.

○ 서면2팀-1157, 2007.06.14

【질의】

 (사실관계 및 질의요지)

 - 우리도 관내 ××ㆍ○○의료원은 1983.6.28.자로 도립 ××ㆍ○○의료원에서 지방공사로 설립인가를 득하였으며, 지방공사로 설립할 당시 경상남도에서는 지방공기업법 시행령 제48조 및 지방공사 △△△△의료원 설치조례 제4조의 규정에 의거 재산(부지 및 건물)을 의료원으로 현물출자 함.

 - 의료원에서는 현물출자된 자산을 기본재산으로 하여 법인설립 등기만 하고 출자한 재산의 소유권 이전 등기를 하지 않고 의료원의 고정자산으로 관리하고 있음.

 - 소유권이 경상남도로 되어 있는 지방의료원으로 이전 등기시

 (질의1) 1983.6.28. ××ㆍ○○의료원에 현물출자한 부지 및 건물을 소유권 이전시 법인세 부과 대상 여부

 (질의2) ○○의료원의 경우 신축 이전계획에 의하여 현재의 의료원 재산(부지 및 건물)을 진주의료원으로 등기 이전후 매각하여 신축비 일부를 부담할 경우, 국세부과대상 여부

【회신】

 귀 (질의1)의 경우,「법인세법」제２조 제３항 규정에 의해 내국법인 중 국가 및 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니하는 것임.

 (질의2)의 경우, 「지방공기업법」에 의한 ○○의료원이 비영리내국법인인지 여 부가 불분명하나, 「법인세법」 제3조 제2항 제5호의 규정에 의해 비영리내국 법인이 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 같은법 시행령 제2조 제2항이 정하는 것을 제외) 처분으로 인하여 생기는 수입은 수익사업에 해당되어 같은 법 제60조의 규정에 의거 법인세를 신고하여야 하는 것임.

 또한, 처분한 고정자산이 같은법 제55조의 2 제1항 제3호의 비사업용토지에 해당되는지 여부는 관련 법령에 따라 사실판단할 사항으로서, 법인이 비사업용 토지를 양도하는 경우에는 같은 조 규정에 의거 토지 등의 양도소득에 30/100(미등기 토지는 40/100)을 곱하여 산출한 세액을 법인세액에 추가하여 납부하여야 하는 것임.