○ 조세특례제한법 제68조【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】

①「농업ㆍ농촌기본법」에 따른 농업회사법인(이하 “농업회사법인”이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득 중 대통령령이 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항의 규정을 준용하여 감면한다. (2006. 12. 30. 개정)

  ② 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우에 한한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다. 이 경우 제66조 제5항 내지 제8항을 준용한다. (2006. 12. 30. 개정)

  ③ 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 농업회사법인에게 「농업ㆍ농촌기본법」 제3조 제1호의 규정에 따른 농작물생산업, 축산업, 임업에 직접 사용되는 부동산(제2항의 규정에 의한 농지 및 초지를 제외한다)을 현물출자하는 경우 이월과세를 적용받을 수 있다. (2006. 12. 30. 개정)

④ 농업회사법인에 출자한 거주자가 2009년 12월 31일까지 지급받는 배당소득 중 농업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대하여는 소득세를 면제하고, 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득에 대하여는 「소득세법」 제14조 제2항의 규정에 따른 종합소득과세표준계산의 경우 합산하지 아니한다. 이 경우 농업소득에서 발생한 배당소득과 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령이 정하는 바에 따른다. (2006. 12. 30. 신설)

  ⑤ 제1항ㆍ제3항 및 제4항의 규정을 적용받으려는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. (2006. 12. 30. 개정)

 ○ 조세특례제한법 시행령 제65조 【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】

  ① 법 제68조 제1항에서 “대통령령이 정하는 소득”이라 함은 「농업ㆍ농촌기본법 시행령」 제21조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 “농업회사법인”이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득을 말한다. (2007. 2. 28. 개정)

  ② 법 제68조 제4항 후단에 따른 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득은 각 배당시마다 다음 산식에 의하여 계산한 금액으로 하고, 농업소득에서 발생한 배당소득은 배당소득 총액 중 농업소득 외의 소득(제1항의 소득에 한한다)에서 발생한 배당소득을 차감한 금액으로 한다. (2007. 2. 28. 개정)

                       배당확정일이 속하는 사업연도의 직전

     농업회사법인 사업연도의 농업소득 외의 소득금액

     으로부터 (제1항의 소득에 한한다)

     지급받은 × ───────────────────

     배당소득 배당확정일이 속하는 사업연도의

                      직전사업연도의 총소득금액

  ③ 법 제68조 제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서 또는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다. (2007. 2. 28. 개정)

  ④ 법 제68조 제4항에 따라 배당소득에 대한 소득세를 면제받으려는 자는 해당 배당소득을 지급받는 때에 재정경제부령이 정하는 세액면제신청서를 농업회사법인에 제출하여야 한다. 이 경우 농업회사법인은 배당금을 지급한 날이 속하는 달의 다음달 말일까지 조합원이 제출한 세액면제신청서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2007. 2. 28. 개정)