※ 붙임 : 관련 참고자료
1. 질의내용 요약
○ 사업자가 △△시와 2005년 2월 17일 ‘△△시 환경기초시설 민간투자사업(BTO방식)’과 관련하여 실시협약을 체결하여 현재 공사중에 있으며 생활폐기물소각시설은 「민간투자법」 제17조 및 「폐기물관리법」 제30조에 의하여 △△시가 경상북도에 설치신고를 득한 중간처리(소각)시설로서 시설준공후 소유권이 △△시에 귀속됨.
당해 사업은 △△시에 본 소각시설을 건설하여 기부채납하고 건설에 투자된 민간투자비와 그에 따른 투자수익 및 시설의 유지관리에 소요되는 비용을 일정기간 보장하여 관리운영권을 부여받는 사업이며 동 사업자는 「폐기물관리법」 제30조에 근거하여 폐기물처리시설 설치신고의 절차에 의하여 진행되는 폐기물중간처리(소각)용역으로 면세대상으로 규정된 재활용 용역이 아니며 「폐기물관리법」 제26조에 근거한 폐기물처리업등록에 해당되지 않아 부가가치세 면제대상용역에 제외되는 것으로 판단되며 관련한 당해 생활폐기물소각시설이 「부가가치세법」 제12조 제1항 제4호 및 같은법 시행령 제29조 제11호의 규정에 해당하여 부가가치세가 면제되는지 여부
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙)
○ 부가가치세법 제1조 【과세대상】
① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.
1. 재화 또는 용역의 공급
○ 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】
① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.
○ 부가가치세법 제12조 【면 세】
① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액 (1980. 12. 13. 개정)
○ 부가가치세법 시행령 제29조 【의료보건용역의 범위】
법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각호에 규정하는 것(「의료법」 또는 「수의사법」의 규정에 의하여 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다. (2006. 2. 9. 개정)
11. 「폐기물관리법」 제26조의 규정에 의하여 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 수집ㆍ운반 및 처리용역과 동법 제30조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역 (2006. 2. 9. 개정)
○ 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3의 2호의 규정은 2009년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용하고, 제5호 및 제6호의 규정은 2008년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다. (2006. 12. 30. 개정)
3의 2. 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제7호의 규정에 의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 동법 제4조 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회기반시설 또는 동 시설의 건설용역 (2005. 7. 13. 개정)
○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 (정의)
이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
7. “사업시행자”라 함은 공공부문외의 자로서 이 법에 의하여 사업시행자의 지정을 받아 민간투자사업을 시행하는 법인을 말한다.
○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제13조 (사업시행자의 지정)
①민간투자사업을 시행하고자 하는 자는 제10조제3항의 규정에 의하여 고시된 시설사업기본계획에 따라 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업계획을 작성하여 이를 주무관청에 제출하여야 한다.
②주무관청은 제1항의 규정에 의하여 제출된 사업계획을 대통령령이 정하는 바에 따라 검토·평가한 후 사업계획을 제출한 자 중 협상대상자를 지정하여야 한다. 이 경우 공익성이 높은 장기투자자금의 제공 등 주무관청의 원활한 사업시행에 부합하는 사업계획을 제출한 자에 대하여는 사업계획 평가시 우대할 수 있다. <개정 2005.1.27>
③주무관청은 제2항의 규정에 의하여 지정된 협상대상자와 총사업비(사회기반시설사업에 소요되는 경비로서 대통령령이 정하는 비용을 합산한 금액을 말한다) 및 사용기간 등 사업시행의 조건 등이 포함된 실시협약을 체결함으로써 사업시행자를 지정한다. 이 경우 대통령령이 정하는 일정요건에 해당하는 사업시행자 지정에 관한 사항은 사전에 심의위원회의 심의를 거쳐야 한다. <개정 2005.1.27>
④제3항의 규정에 의하여 사업시행자로 지정된 자는 관계법률의 규정에 의한 사업시행자로 본다.
○ 사회기반시설에대한민간투자법 제4조 (민간투자사업의 추진방식)
민간투자사업은 다음 각호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다. <개정 2002.12.11, 2005.1.27>
1. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(제2호에 해당하는 경우를 제외한다)
2. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간동안 임차하여 사용·수익하는 방식
3. 사회기반시설의 준공후 일정기간동안 사업시행자에게 당해시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식
나. 유사 사례 (예규, 심사․심판례, 판례)
【서면3팀-1241, 2007.04.26】
「조세특례제한법」 제105조 제1항 제3의 2호의 규정에 의한 부가가가치세 영세율 적용은 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제7호의 규정에 의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 동법 제4조 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 방식으로 사회기반시설 또는 동 시설의 건설용역을 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 경우에 한하는 것임.
【서면3팀-1685, 2006.08.04】
「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제7호의 규정에 의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 동법 제4조 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회기반시설 또는 동 시설의 건설용역은 조세특례제한법 제105조 제1항 제3의 2호 규정에 의하여 영세율을 적용하는 것이나, 이와 관련하여 부가가치세가 면제되는 사업을 영위하는 경우의 매입세액은 공제하지 아니하는 것임.
【서면3팀-1433, 2005.09.01】
폐기물관리법에 의하여 생활폐기물처리업의 허가를 받은 사업자가 지방자치단체로부터 생활폐기물 처리를 위탁받아 당해 생활폐기물 처리용역을 공급하는 경우에는 부가가치세법 시행령 제29조 제11호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것이나, 폐기물관리법에 의한 허가를 받지 아니한 사업자의 위탁관리ㆍ운영용역은 부가가치세법 제1조의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것임.
부가가치세 과세사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 부가가치세법 제15조의 규정에 의하여 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 거래징수하는 것이며, 그 공급받는 자가 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 개인 및 법인과 단체 등인 경우에는 재화 또는 용역을 공급받으면서 거래징수당한 부가가치세는 환급받을 수 없는 것임.
【재소비46015-209, 2002.08.08】
사업자가 신축한 건물의 준공검사 후 그 소유권을 국가 등에 귀속시키고 무상사용수익권을 얻는 경우 당해 거래는 부가가치세법 제6조 제1항의 규정에 따른 「재화의 공급」에 해당하며, 그 공급시기는 기부채납 절차가 완료된 때임.
【부가46015-3893, 2000.11.28】
사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 사회간접자본시설을 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 경우에는 조세특례제한법 제105조 제3의 2의 규정에 의하여 부가가치세 영세율이 적용되는 것이나, 귀 질의의 경우에는 사업시행자가 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제13조의 사업시행자가 아니므로 동법 제4조 제1호에 의한 방식으로 사회간접자본시설을 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 것에 해당되지 아니하여 부가가치세 영세율이 적용되지 않는 것임.