※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

 ○ 종교의 보급 및 교화를 목적으로 하는 비영리 종교단체(이하 “교회”)가 운동시설용지를 취득하여 스포츠센타를 신축하였으며 지하 1,2층과 지상1층 일부를 임대하고 나머지 2층~4층은 헬스장, 에어로빅, 탁구장, 농구장, 식당 등으로 직영하고 있는 때로서 일요일에는 2~4층의 체육시설을 치우고 의자를 배치하여 교회의 예배 등에 사용되는 경우 2~4층의 공통매입세액 안분계산 방법

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙)

 ○ 부가가치세법 제12조 【면 세】

  ① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  16. 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

 ○ 부가가치세법 시행령 제37조 【종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위】

    법 제12조 제1항 제16호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 것을 말한다. (2000. 12. 29. 개정)

  1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역 (2006. 2. 9. 개정)

 ○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

  ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

  4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

 ○ 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

  ① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. (1992. 12. 31. 단서신설)

     면세사업에 관 면세공급가액

     련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ───────

                                        총공급가액

  ④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

  1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

  2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

  3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

나. 유사 사례 (예규, 심사․심판례, 판례)

【서면3팀-2826, 2006.11.16】

 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 함)은 부가가치세법 시행령 제61조 제1항의 규정에 의해 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 따라 계산하는 것이며,

 다만, 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 공통매입세액 안분계산은 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각호의 순(다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용)에 의해 계산하는 것임.

 이 경우에 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 같은법 시행령 제61조의 2의 규정에 따라 공통매입세액을 정산하는 것임.

【부가46015-2333, 1998.10.15】

 주무관청에 등록된 종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역은 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 및 동법시행령 제37조 제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것으로, 문화관광부장관의 허가를 받아 설립된 비영리 종교법인이 그 고유목적 사업에 사용할 교회를 건축하면서 부담한 부가가치세 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 규정에 의하여 공제받을 수 없는 것임.

【부가22601-2511, 1985.12.23】

 주무관청에 등록된 종교단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 재화에 대하여는 부가가치세가 면제되는 것이나, 귀 질의의 경우 실질거래내용이 이에 해당하는지 여부는 구체적인 사실에 따라 판단함.