※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

○ 갑법인은 건설교통부 산하 ○○지방국도관리청(이하 “관리청”)으로부터 국도상의 터널을 민간자본으로 축조하는 사업을 1994.12.05. 시행인가 받아 1994.12.21. 착공하였으며 당해 사업은 「사회간접자본시설에대한민간자본유치촉진법」(이하 “민촉법”)부칙 제2조에 따라 민촉법 적용대상사업으로 선정되고 1998.10.19. 실시협약을 체결함.

   갑법인은 터널준공에 따라 실시협약에 따라 국가에 기부채납하고 그 대가로 20년간 무상사용권과 관리운용권을 보장받고 통행료를 징수하였으나 실제교통량이 예측교통량의 1/3에도 미치지 못함에 따라 실지협약 중 당해 연도 통행료수입이 추정통행료수입의 80%미만이 경우 통행료를 조정할 수 있다는 내용에 따라 통행료 인상 또는 재정지원을 요청하였으며,

   조치 등의 지연으로 갑법인은 2003.03.20. 실시협약을 해지통지하고 실시협약에 의하여 “본 사업시설의 해지 당시의 적정가치에 관리운영권의 그 당시 적정가치를 더한 금원”을 지급요구 함.

   그러나 이 금원에 견해차가 커서 갑법인은 소송을 제기 1심을 거쳐 항소심에 의하여 관리청은 2007.07.31.까지 △백억원, 2008.03.31.까지 △백억원을 지급하라는 강제조정결정이 ○○고등법원에서 2007.05.15. 내려졌으며,

   당해 강제조정결정 내용에 있어 갑법인은 관리청에게 2007.07.31. 터널과 그 부속시설물을 인도하고 관리청은 쟁점 금원을 갑법인에게 지급하면 유료도로관리권등록부에 갑법인 명의로 등록되어 있는 관리운영권이 말소 됨.

   이 경우 당해 금원이 구 조세특례제한법(1998.12.28. 법률 제5584호) 제106조 제1항 제5호와 법률 제5584호 부칙 제15조가 정한 경과조치에 따라 부가가치세가 면제되는 용역의 공급과 관련하여 우발적, 일시적으로 공급되는 재화의 공급가액이라고 보아 부가가치세가 면제되는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙)

 ○ 부가가치세법 제1조 【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

  1. 재화 또는 용역의 공급

  2. 재화의 수입

  ② 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다.

  ③ 제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다.

  ④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

 ○ 부가가치세법 시행령 제1조 【재화의 범위】

  ① 「부가가치세법」(이하 “법”이라 한다) 제1조 제2항에 규정하는 유체물에는 상품ㆍ제품ㆍ원료ㆍ기계ㆍ건물과 기타 모든 유형적 물건을 포함한다. (2006. 2. 9. 개정)

  ② 법 제1조 제2항에 규정하는 무체물에는 동력ㆍ열 기타 관리할 수 있는 자연력 및 권리 등으로서 재산적 가치가 있는 유체물 이외의 모든 것을 포함한다. (1992. 12. 31. 개정)

 ○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】 (2000. 10. 21. 제목개정)

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2009년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하고, 제4호의 2의 규정은 2008년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하며, 제8호의 규정은 2007년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 분에 한하여 이를 적용한다. (2006. 12. 30. 개정)

  5. (삭제, 1999. 12. 28.)

 ○ 조세특례제한법 부 칙 (1999. 12. 28 법률 제6045호) 제15조 【사회간접자본시설 사용료에 관한 경과조치】

    이 법 시행당시 종전의 제106조 제1항 제5호의 규정에 의하여 부가가치세를 면제받은 재화 또는 용역에 관하여는 종전의 규정을 적용한다.

 ○ 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】의 구법:1998.12.28 법률 제5584호, 개정

  ① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호의 규정은 2003년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용하고, 제6호의 규정에 의한 것 중 대통령령이 정하는 것과 제7호 및 제8호의 규정에 의한 것은 2000년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용한다. (1998. 12. 28 개정)

  5. 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법 제22조의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28 개정)

 ○ 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세 면제 등】의 구법:1998.12.31 조세특례제한법 시행령 제령령15976호, 개정

  ⑤ 법 제106조 제1항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법 제2조 제2호의 규정에 의한 제1종시설을 이용하여 제공하는 것을 말한다. (1998. 12. 31 개정)

나. 유사 사례 (예규, 심사․심판례, 판례)

 【부가46015-2584, 1997.11.17】

  부가가치세 면세사업자가 면세사업에 사용하던 사업용 고정자산과 면세사업 관련 영업권을 양도하는 경우 당해 고정자산 및 영업권 양도에 대하여는 부가가치세가 과세되지 아니하는 것임.