1. 질의내용 요약

○ 사실관계

비영리법인이 수익사업과 고유목적사업을 영위하고 있음. 수익사업 자금의 목적사업으로의 전입은 통제되어 있어 목적사업 운영은 목적사업 자체의 예산으로 수행하고 있음. 이 경우 수익사업에서 목적사업으로의 자금 대체가 없는 상황에서 수익사업에서 발생한 소득금액에 대해 고유목적사업준비금을 설정한 경우, 목적사업에서의 지출액을 고유목적사업준비금의 사용액으로 볼 수 있는지 여부

○ 질의요지

고유목적사업 자체예산으로 고유목적사업에 지출한 경우 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 지출한 것으로 볼 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】(중 략)

② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다. (1998. 12. 28. 개정)

③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. (1998. 12. 28. 개정)

1. 해산한 때 (1998. 12. 28. 개정)

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 때 (1998. 12. 28. 개정)

3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조 제3항의 규정에 의하여 승인취소되거나 거주자로 변경된 때 (2006. 12. 30. 개정)

4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 때(5년내 사용하지 아니한 잔액에 한한다) (1998. 12. 28. 개정)

④ 제3항 제4호의 규정에 의하여 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 당해 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정) (이하생략)

○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 (중략)

⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다. (1998. 12. 31. 개정)

⑥ 법 제29조 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. (2000. 12. 29. 개정)

1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 (2006. 2. 9. 개정)

2. 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 「국세기본법」 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험ㆍ연금관리ㆍ공제사업 및 제2조 제1항 제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액 (2005. 2. 19. 개정)

3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 “의료법인”이라 한다)이 의료기기 등 재정경제부령이 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액 (2000. 12. 29. 개정)

4. 「농업협동조합법」에 의한 농업협동조합중앙회가 법 제61조 제1항의 규정에 의하여 계상한 고유목적사업준비금을 회원에게 무상으로 대여하는 금액 (2005. 2. 19. 개정) (이하생략)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면2팀-1223, 2007.06.26

1. 귀 질의1)의 경우, 비영리내국법인이 「법인세법」 제29조 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 법인 전체금액에서 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 하며, 이 경우 직전사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보는 것임. (이하생략)

○ 서면2팀-254, 2006.02.01

「법인세법」 제29조 제1항의 규정에 의한 고유목적사업준비금의 손금산입은 해당 비영리법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위한 것이므로 해당 준비금을 지정기부금에 지출한 것은 같은조 제2항의 규정에 의하여 고유목적사업 등에 지출한 것에 해당하는 것임