1. 질의내용 요약

○ 사실관계

  - 00공사는 7부장관 공동 명의로 ‘69. 1. 28 국무회의 의안 85호 보고사항 “항만의 관리운영 개선방안”(별첨 참조)에 의거 설립된 사단법인임.

  - 당시에는 사단법인 00두관리협회로 출발, ‘92. 2. 25 항만법 제70조 에 의거 항만관리법인으로 지정되었으며, 2002. 2. 4 사단법인 00부두관 리공사로 명칭을 개정하여 현재에 이르고 있음.

  - 주요 임무는 국가중요시설“가”급인 부산 항만에 대한 24시간 경비보안업무 를 수행하고 있으며, 공용부두 수출입 화물 유통촉진을 위하여 장치화물의 보관, 관리, 하역질서 확립 등 공익업무를 주업무로 하고 있음.

    ※ ‘69년 창설에서 현재까지 기본 수행업무는 동일함.

  - 임무수행에 소요되는 비용 충당은 ‘69. 5. 1 창설에서 1999년말 까지는 화 물관리, 전용부두 특약, 경비료 수입 등 자체 수입으로 소요비용을 충당하 고, 2000. 1. 1부터는 정부의 항만정책 변화로 공용부두를 TOC화로 전환함 으로써 자체수입 감소로 자체수입으로는 소요비용 충당이 불가하여 부족 되 는 예산을 정부예산으로 지원충당.

  - 2004. 1. 16 특별법인 항만공사법에 의해 부산항만공사가 설립됨으로서 기 존 국가에서 관리하던 항만시설을 부산항만공사로 이관, 제반 항만운영 및 관리 등 업무가 00공사에서 수행함으로서 항만공사법 제40의3조에 의거 항 만경비보안 소요비용 부족분을 부산항만공사에서 현재까지 지원하고 있음.

  - 연도별 부족예산 지원변화

 - 주업무 수행에 필요한 인력운영은 통합방위법 및 청원경찰법에 의한 청원경 찰 및 특수경비원으로 본 업무를 수행하고 있음.

 - 상기와 같이 부산 항만에 대한 경비보안업무를 수행하고 있으나 9. 11테러 이후 항만의 경비보안업무에 대한 전문기관화 및 경비보안강화, 정부의 항만 정책 변화 등 현 부두관리공사 경영혁신추진 필요성이 대두됨으로서 해양수 산부 계획에 의거 2008. 1. 1부터 현 업무를 항만경비보안 전문법인을 신설 설립, 부산항만공사 자회사인 상법상 주식회사로 분리하여 업무를 수행코저 추진하고 있음.

  - 법인운영에 소요되는 충당비용 재원 설명

    ㆍ자체수입(특약경비료) : 전용부두에 경비보안 인력을 제공하고 소요되는 비용 65%를 부두운영사로부터 징수

    ㆍ전체 소요비용중 자체수입 충당부족분 및 공용부두경비보안 부족 비용 등 은 현재와 같이 부산항만공사로 부터 전액 지원.

○ 질의요지

  - 질의1): 상법상 주식회사로 법인 설립시 법인세 대상 여부 및 신고여부와 신고시 납부세율.

 - 질의2): 소요비용 충당 재원중 항만공사법 제40의3조의 규정에 의거 00 공사에서 지원 받은 지원금의 신설법인(주식회사)의 익금산입 여부.

 - 질의3): 기타 상기법인 운영에 따라 발생되는 세무신고와 부과되는 세무종목 또는 부과되는 세율 등.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세 제2조 【납세의무】

  ① 다음 각호의 법인은 이 법에 의하여 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다. (1998. 12. 28. 개정)

  1. 내국법인 (1998. 12. 28. 개정)

  2. 국내원천소득이 있는 외국법인 (1998. 12. 28. 개정)

  ② 내국법인 및 외국법인에게 제55조의 2 및 제95조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도 소득이 있는 때에는 이 법에 의하여 법인세로 납부할 의무가 있다. (2001. 12. 31. 개정)

  ③ 내국법인 중 국가 및 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다. (2001. 12. 31. 개정)

  ④ 내국법인 및 외국법인과 「소득세법」에 의한 거주자 및 비거주자는 이 법에 의하여 원천징수하는 법인세를 납부할 의무가 있다. (2006. 12. 30. 개정)

○ 법인세 제14조 【각 사업연도의 소득】

  ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다. (1998. 12. 28. 개정)

  ② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. (1998. 12. 28. 개정)

○ 법인세법 제109조 【법인의 설립 또는 설치신고】

  ① 내국법인은 그 설립등기일(사업의 실질적 관리장소를 두게 되는 경우에는 그 실질적 관리장소를 두게 된 날)부터 2월 이내에 다음 각호의 사항을 기재한 법인설립신고서에 대통령령이 정하는 서류를 첨부하여 이를 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 이 경우 제111조의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 법인설립신고를 한 것으로 본다. (2005. 12. 31. 개정)

  1. 법인의 명칭과 대표자의 성명 (1998. 12. 28. 개정)

  2. 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소의 소재지 (2005. 12. 31. 개정)

  3. 사업목적 (1998. 12. 28. 개정)

  4. 설립일 (1998. 12. 28. 개정)

○ 법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】

  ① 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)

  ② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)

  1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표ㆍ손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서) (1998. 12. 28. 개정)

  2. 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다) (1998. 12. 28. 개정)

  3. 기타 대통령령이 정하는 서류 (1998. 12. 28. 개정)

  ③ 제1항의 규정은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 이를 적용한다. (1998. 12. 28. 개정)

  ④ 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서 그 신고서에 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니한 경우에는 이를 이 법에 의한 신고로 보지 아니한다. 다만, 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다. (1998. 12. 28. 개정)

  ⑤ 납세지 관할세무서장 및 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출된 신고서 기타 서류에 미비 또는 오류가 있는 때에는 이를 보정할 것을 요구할 수 있다. (1998. 12. 28. 개정)

○ 법인세법 제55조 【세 율】

  ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조의 규정에 의한 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “산출세액”이라 하며, 제55조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세액이 있는 경우에는 이를 합한 금액으로 한다)을 그 세액으로 한다. (2003. 12. 30. 개정)

  과세표준 세 율

  1억원 이하 과세표준의 100분의 13

  1억원 초과 1천300만원＋1억원을 초과하는 금액의 100분의 25

  ② 사업연도가 1년 미만인 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 그 사업연도의 제13조의 규정을 적용하여 계산한 금액을 그 사업연도의 월수로 나눈 금액에 12를 곱하여 산출한 금액을 그 사업연도의 과세표준으로 하여 제1항의 규정에 의하여 계산한 세액에 그 사업연도의 월수를 12로 나눈 수를 곱하여 산출한 세액을 그 세액으로 한다. 이 경우 월수의 계산은 대통령령이 정하는 바에 의한다. (1998. 12. 28. 개정)

○ 법인세법 제36조 【국고보조금 등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입】 (1999. 12. 28. 제목개정)

  ① 내국법인이 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」ㆍ「지방재정법」 그밖에 대통령령이 정하는 법률에 의하여 보조금 등의 자산(이하 이 조에서 “국고보조금 등”이라 한다)을 지급받아 그 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 대통령령이 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 “사업용자산”이라 한다)의 취득 또는 개량에 사용한 경우 당해 사업용자산의 가액 중 그 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용된 국고보조금 등에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다. (2006. 12. 30. 개정)

  ② 국고보조금등을 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업용자산을 취득 또는 개량하지 아니한 내국법인이 그 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 1년 이내에 이를 취득 또는 개량하고자 하는 경우에는 제1항의 규정을 준용하여 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 “사용된”은 “사용하고자 하는”으로 본다. (1999. 12. 28. 개정)

  ③ 제2항의 규정에 의하여 국고보조금 등 상당액을 손금에 산입한 내국법인이 손금에 산입한 금액을 기한내에 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용하지 아니하거나 사용하기 전에 폐업 또는 해산하는 경우 그 사용하지 아니한 금액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 다만, 합병 또는 분할하는 경우로서 합병법인 등이 그 금액을 승계한 경우를 제외하며，이 경우 그 금액은 합병법인 등이 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입한 것으로 본다. (2001. 12. 31. 단서개정)

  ④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 내국법인이 국고보조금 등을 금전외의 자산으로 받아 사업에 사용한 경우에는 이를 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용된 것으로 본다. (2001. 12. 31. 신설)

  ⑤ 제1항 및 제2항의 규정을 적용받고자 하는 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 국고보조금 등과 국고보조금 등으로 취득한 사업용자산의 명세서(제2항의 경우에는 국고보조금 등의 사용계획서)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2001. 12. 31. 항번개정)

  ⑥ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2001. 12. 31. 항번개정

○ 법인세법 기본통칙36-0…1 【손금에 산입할 국고보조금 등의 범위】

  국고보조금 등으로 취득한 고정자산의 손금산입은 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률 또는 지방재정법의 규정에 의한 보조금을 지급받아 고정자산을 취득하는 경우에 적용되는 것이므로 공장이전보상금과 탄가규제와 관련하여 교부받는 보조금은 법 제36조에 규정하는 국고보조금 등에 해당하지 아니한다.

○ 법인세법 시행령 제64조 【국고보조금등의 손금산입】 (1999. 12. 31. 제목개정) (부칙)

  ① 법 제36조 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업용 자산”이라 함은 사업용 고정자산과 석유류를 말한다. (1998. 12. 31. 개정)

  ② 법 제36조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 개별 사업용 자산별로 당해 사업용 자산의 가액 중 그 취득 또는 개량에 사용된 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」, 「지방재정법」 또는 제6항 각호의 1에 해당하는 법률에 의한 보조금 등(이하 이 조에서 “국고보조금 등”이라 한다)에 상당하는 금액으로 한다. (2005. 2. 19. 개정)

  ③ 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 당해 사업용 자산별로 다음 각호의 구분에 따라 일시상각충당금 또는 압축기장충당금으로 계상하여야 한다. (1998. 12. 31. 개정)

  1. 감가상각자산 : 일시상각충당금 (1998. 12. 31. 개정)

  2. 제1호외의 자산 : 압축기장충당금 (1998. 12. 31. 개정)

  ④ 제3항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 일시상각충당금과 압축기장충당금은 다음 각호의 방법으로 익금에 산입한다. (1998. 12. 31. 개정)

  1. 일시상각충당금은 당해 사업용 자산의 감가상각비(취득가액중 당해 일시상각충당금에 상당하는 부분에 대한 것에 한한다)와 상계할 것. 다만, 당해 자산을 처분하는 경우에는 상계하고 남은 잔액을 그 처분한 날이 속하는 사업연도에 전액 익금에 산입한다. (1998. 12. 31. 개정)

  2. 압축기장충당금은 당해 사업용 자산을 처분하는 사업연도에 이를 전액 익금에 산입할 것 (1998. 12. 31. 개정)

  ⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 당해 사업용 자산의 일부를 처분하는 경우의 익금산입액은 당해 사업용 자산의 가액중 일시상각충당금 또는 압축기장충당금이 차지하는 비율로 안분계산한 금액에 의한다. (1998. 12. 31. 개정)

  ⑥ 법 제36조 제1항에서 “대통령령이 정하는 법률”이라 함은 다음 각호의 법률을 말한다. (2001. 12. 31. 신설)

1. 「농어촌 전기공급사업 촉진법」 (2006. 2. 9. 개정)

2. 「전기사업법」 (2005. 2. 19. 개정)

3. 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 (2005. 3. 8. 개정 ; 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 시행령 부칙)

4. 「한국철도공사법」 (2005. 2. 19. 신설)

5. 「농어촌정비법」 (2006. 2. 9. 신설)

6. 「도시 및 주거환경정비법」 (2006. 2. 9. 신설)

⑦ 법 제36조 제1항 및 제2항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 재정경제부령이 정하는 국고보조금 등 상당액 손금산입조정명세서(국고보조금 등 사용계획서)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2001. 12. 31. 항번개정)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 법인46012-1573,1995.06.09

 상법 규정에 의하여 설립등기된 법인은 법인세법 제60조 제1항의 규정에 의한 법인설립신고 여부에 불구하고 설립등기일 이후 발생하는 각사업연도 소득 및 청산소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있는 것임.

○ 서면2팀-938,2006.05.25

 「법인세법」 제2조에 의한 내국법인은 「법인세법」 제14조에 의해 각 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액을 각 사업연도의 소득금액으로 하여 「법인세법」 제13조에 의해 산정한 과세표준에 대해 「법인세법」 제60조에 의해 과세표준 등의 신고를 하여야 함.

○ 서면2팀-1741,2007.09.21

  내국법인이 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」ㆍ「지방재정법」 그밖에 「법인세법 시행령」 제64조 제6항에서 정하는 법률에 의하여 보조금 등의 자산을 지급받아 같은 법 제36조 제1항 및 제2항에 따라 사업용고정자산 등(이하 “사업용자산”이라 한다)의 취득 또는 개량에 사용한 경우 당해 사업용 자산의 가액 중 그 사업용 자산의 취득 또는 재량에 사용된 국고보조금 등에 상당하는 금액은 같은 법 시행령 제64조에서 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있는 것으로, 귀 질의의 경우 이에 해당되는지 여부는 관련법령에 따라 사실판단하기 바람.

○ 서면2팀-1925, 2006.09.27

  귀 질의의 경우, 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」, 「지방재정법」에 의한 보조금, 「법인세법 시행령」 제64조 제6항에 규정하는 보조금 등에 상당하는 금액은 「법인세법」 제36조의 규정에 의하여 손금에 산입할 수 있는 것이며, 동 법 규정에 해당하지 아니하는 보조금을 다른 법인으로부터 수령하여 사업용고정자산을 취득한 경우 당해 보조금은 수령한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산상 익금에 산입하는 것임.

  국고보조금 등은 「법인세법 기본통칙」 36-64…1에 따라 회계처리 및 세무조정을 하는 것이며, 연구비 수령과 관련한 계산서 발급 여부에 대하여는 기 질의 회신문(서면2팀-1976, 2005.12.5.)을 참고하기 바람.