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1. 질의내용 요약

○ 사실관계

선박2척을 소유하면서 톤세제를 2006년 7월부터 적용받고 있는 회사로, 2003년 10월에 매입한 선박을 올해말에 매각하여 매각후 2년이내 새로운 선박을 매입할 예정

○ 질의요지

질의1) 선박매각이익에 대하여 톤세기간과 비톤세기간을 안분하여 세금을 납부하여야 하는게 맞는지요?

질의2) 만일 안분하여 납부하는게 맞다면 매각후 2년내에 새로운 선박을 매입하는 조건으로 비톤세기간의 이익의 법인세 5천만원을 20%인 1천만원만 법인세로 납부하여도 되는지요?

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제104조의 10 【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례】

① 내국법인 중 「해운법」상 외항운송사업의 영위 등 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 해운기업(이하 이 조에서 “해운기업”이라 한다)의 법인세 과세표준은 2009년 12월 31일까지 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 합한 금액으로 할 수 있다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 외항운송활동과 관련된 대통령령이 정하는 소득(이하 이 조에서 “해운소득”이라 한다)에 대하여는 법인세법 제13조 내지 제54조의 규정에 불구하고 선박별로 다음 산식을 적용하여 계산한 개별선박표준이익의 합계액(이하 이 조에서 “선박표준이익”이라 한다) (2004. 12. 31. 신설)

  개별선박표준이익＝개별선박순톤수×1톤당 1운항일이익×운항일수×사용률

2. 해운소득외의 소득(이하 이 조에서 “비해운소득”이라 한다)에 대하여는 법인세법 제13조 내지 제54조의 규정에 의하여 계산한 금액 (2004. 12. 31. 신설)

② 제1항의 규정에 의한 해운기업의 과세표준 계산의 특례(이하 이 조에서 “과세표준계산특례”라 한다)를 적용받고자 하는 법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 과세표준계산특례 적용을 신청하여야 하며, 과세표준계산특례를 적용받고자 하는 사업연도부터 연속하여 5사업연도(이하 “과세표준계산특례적용기간”이라 한다)동안 과세표준계산특례를 적용받아야 한다. (2004. 12. 31. 신설)

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어 비해운소득에서 발생한 결손금은 선박표준이익과 통산하지 아니하며, 해운소득에 대하여는 이 법, 국세기본법 및 조약과 제3조 제1항 각호에 규정된 법률에 의한 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제 등의 조세특례를 적용하지 아니한다. (2004. 12. 31. 신설)

④ 해운소득에 법인세법 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 소득이 포함되어 있는 경우 그 소득에 대한 원천징수세액은 법인세의 산출세액에서 기납부세액으로 공제하지 아니한다. (2004. 12. 31. 신설)

⑤ 과세표준계산특례 적용을 받기 전에 발생한 이월결손금은 제1항 각호의 금액 계산시 공제하지 아니한다. (2004. 12. 31. 신설)

⑥ 과세표준계산특례를 적용받고 있는 법인이 과세표준계산특례적용기간동안 제1항의 규정에 의한 요건을 2사업연도 이상 위반하는 경우에는 2회째 위반하게 된 사업연도부터 당해 과세표준계산특례적용기간의 잔여기간과 다음 5사업연도기간은 과세표준계산특례를 적용받을 수 없다. (2005. 12. 31. 개정)

⑦ 과세표준계산특례를 적용받는 내국법인이 법인세법 제63조 제4항의 규정에 따라 중간예납을 하는 경우 중간예납의 과세표준은 제1항 내지 제5항의 규정에 의하여 계산한 금액으로 하고, 동법 제63조 제4항 제1호 및 제2호의 규정은 비해운소득과 관련된 부분에 한하여 이를 적용한다. (2004. 12. 31. 신설)

⑧ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 1톤당 1운항일이익은 선박톤수, 해운기업의 운항소득, 법인세 납부실적 및 외국의 운영사례 등을 감안하여 선박의 1톤당 30원을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령으로 정한다.

⑨ 운항일수, 사용률 등 개별선박표준이익의 계산, 과세표준계산특례를 적용받지 아니하고 법인세법을 적용받게 되는 경우 각 사업연도 소득의 계산방법, 구분경리 방법 등 과세표준계산특례 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2004. 12. 31. 신설)

조세특례제한법 시행령 제104조의 7 【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례의 적용범위】

① 법 제104조의 10 제1항에서 “「해운법」상 외항운송사업의 영위 등 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 해운기업”이라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 기업으로서 당해 기업이 2년 미만의 기간으로 용선(다른 해운기업이 재정경제부령이 정하는 공동운항에 투입한 선박을 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조 및 제104조의 8에서 같다)한 외국선박(국적취득조건부 나용선을 제외한다)의 연간운항순톤수(선박의 순톤수에 연간운항일수와 사용률을 곱하여 계산한 톤수를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 합계가 당해 기업이 소유한 선박 등 재정경제부령이 정하는 기준선박의 연간운항순톤수의 합계의 5배를 초과하지 아니하는 기업을 말한다. (2005. 2. 19. 신설)

1. 「해운법」 제3조의 규정에 의한 외항정기여객운송사업 또는 외항부정기여객운송사업 (2005. 2. 19. 신설)

2. 「해운법」 제25조의 규정에 의한 외항정기화물운송사업 또는 외항부정기화물운송사업. 다만, 수산물운송사업을 제외한다. (2006. 2. 9. 단서신설)

② 법 제104조의 10 제1항 제1호에서 “외항운송활동과 관련된 대통령령이 정하는 소득”이라 함은 제1호 또는 제2호에 해당하는 활동으로 발생한 소득과 제3호에 해당하는 소득(이하 이 조 및 제104조의 8에서 “해운소득”이라 한다)을 말한다. (2005. 2. 19. 신설)

1. 외항해상운송활동 (2005. 2. 19. 신설)

2. 외항해상운송활동과 연계된 활동으로서 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 활동 (2005. 2. 19. 신설)

가. 화물의 유치ㆍ선적ㆍ하역ㆍ유지 및 관리와 관련된 활동 (2005. 2. 19. 신설)

나. 외항해상운송활동을 위하여 필요한 시설의 임대차와 관련된 활동으로서 재정경제부령이 정하는 활동 (2005. 2. 19. 신설)

다. 직원의 모집ㆍ교육 및 훈련과 관련된 활동 (2005. 2. 19. 신설)

라. 선박의 취득ㆍ유지ㆍ관리 및 폐기와 관련된 활동 (2005. 2. 19. 신설)

마. 선박의 매각. 다만, 법 제104조의 10 제1항의 규정에 의한 해운기업의 과세표준 계산의 특례(이하 이 조 및 제104조의 8에서 “과세표준계산특례”라고 한다)의 적용이전부터 소유하고 있던 선박의 매각손익은 과세표준계산특례의 적용기간과 「법인세법」의 적용기간별로 안분하여 그 비율에 따라 각각 해운소득과 비해운소득으로 한다. (2005. 2. 19. 신설)

바. 단일운송계약에 의한 재정경제부령이 정하는 복합운송활동 (2005. 2. 19. 신설)

사. 가목 내지 바목과 유사한 활동으로 재정경제부령이 정하는 활동 (2005. 2. 19. 신설)

3. 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 소득 (2005. 2. 19. 신설)

가. 외항해상운송활동과 관련하여 발생한 「소득세법」 제16조의 이자소득, 동법 제17조 제1항 제5호의 투자신탁수익의 분배금(이하 이 조에서 “이자소득등”이라 한다) 및 지급이자. 다만, 기업회계기준에 의한 투자자산에서 발생하는 이자소득등과 그 밖에 재정경제부령이 정하는 이자소득등을 제외한다. (2005. 2. 19. 신설)

나. 외항해상운송활동과 관련하여 발생한 기업회계기준에 의한 화폐성 외화자산 및 부채를 평가함에 따라 발생하는 원화평가금액과 원화기장액의 차익 또는 차손 (2005. 2. 19. 신설)

다. 외항해상운송활동과 관련하여 상환받거나 상환하는 외화채권ㆍ채무의 원화금액과 원화기장액의 차익 또는 차손 (2005. 2. 19. 신설)

라. 외항해상운송활동과 관련하여 발생하는 차입금에 대한 이자율 변동, 통화의 환율 변동, 운임의 변동, 선박 연료유 등 해운관련 주요 원자재 가격변동의 위험을 회피하기 위하여 체결한 기업회계기준에 의한 파생상품거래로 인한 손익

○ 조세특례제한법 제23조 【국제선박 양도차익의 손금산입】

① 내국법인이 당해 사업에 직접 사용하던 선박(「국제선박등록법」에 의하여 등록한 선박을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 2008년 12월 31일까지 양도하고 그 양도대금으로 당해 선박의 양도일이 속하는 사업연도의 종료일까지 새로운 선박을 취득하는 경우에는 새로운 선박의 취득에 사용된 양도차익의 100분의 80에 상당하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 손금에 산입하여 과세를 이연받을 수 있다. (2005. 12. 31. 개정)

② 선박을 양도한 후 그 양도일이 속하는 사업연도에 새로운 선박을 취득하지 아니한 법인이 다음 사업연도의 개시일부터 2년 이내에 새로운 선박을 취득하고자 하는 경우에는 제1항의 규정을 준용하여 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 “사용된 금액”은 “사용하고자 하는 금액”으로 본다. (1998. 12. 28. 개정)

③ 제2항의 규정에 의하여 양도차익을 손금에 산입한 법인이 기한내에 손금에 산입한 금액을 새로운 선박의 취득에 사용하지 아니하거나 선박을 취득하기 전에 해산(합병의 경우를 제외한다)하는 경우에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 그 손금에 산입한 금액을 익금에 산입한다. 이 경우 당해 사업연도 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 법인세로 납부하여야 하며, 당해 세액은 「법인세법」 제64조의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다. (2005. 12. 31. 후단신설)

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 새로운 선박의 취득에 사용된 양도차익과 익금에 산입하는 금액의 계산, 선박취득명세서 및 선박취득계획서의 제출 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28. 개정)

○ 조세특례제한법 시행령 제20조 【국제선박 양도차익의 손금산입】

① 법 제23조 제1항의 규정에 의한 새로운 선박의 취득에 사용된 양도차익은 새로운 선박의 취득가액에서 당해 사업에 직접 사용하던 선박(이하 이 조에서 “종전선박”이라 한다)의 장부가액을 차감한 금액(새로운 선박의 취득가액이 종전선박의 양도가액을 초과하는 경우에는 종전선박의 양도에 따른 양도차익을 한도로 한다)으로 하고, 법 제23조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 일시상각충당금으로 계상하여야 한다. (1998. 12. 31. 개정)

② 법 제23조 제1항의 규정에 의한 양도차익으로 취득한 새로운 선박의 감가상각비는 제1항의 규정에 의한 일시상각충당금의 범위안에서 일시상각충당금과 상계하여야 한다. 다만, 당해 선박을 처분하는 경우에는 상계하고 남은 일시상각충당금의 잔액을 그 처분한 날이 속하는 사업연도에 전액 익금에 산입하여야 한다. (2000. 1. 10. 단서신설)

③ 법 제23조 제3항 후단의 규정에 따른 이자상당가산액은 일시상각충당금을 손금에 산입한 사업연도에 당해 일시상각충당금을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액에 대하여 제1호의 규정에 따른 기간과 제2호의 규정에 따른 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. (2006. 2. 9. 신설)

1. 일시상각충당금을 손금에 산입한 사업연도 종료일의 다음날부터 당해 일시상각충당금을 익금에 산입하는 사업연도의 종료일까지의 기간 (2006. 2. 9. 신설)

2. 1일 1만분의 3 (2006. 2. 9. 신설)

④ 법 제23조 제1항 및 동조 제2항의 규정을 적용받고자 하는 법인은 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 선박취득명세서 또는 선박취득계획서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2006. 2. 9. 항번개정)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면2팀-729,2006.05.02.

조세특례제한법 제104조의 10(해운기업에 대한 법인세과세표준 계산 특례) 규정을 적용받는 해운기업이 동 과세특례 규정의 적용 이전부터 당해 해운업에 사용하던 선박(국제선박등록법에 의하여 등록된 선박을 말함)을 양도하여 매각차익이 발생한 경우,

같은법 시행령 제104조의 7 제2항 제2호 마목의 규정에 따라 동 매각차익을 과세표준 계산 특례의 적용기간과 적용되지 않는 기간별로 안분하여 각각 해운소득과 비해운소득으로 하여, 그 비해운소득에 대하여만 조세특례제한법 제23조(국제선박 양도차익의 손금산입) 규정을 적용할 수 있는 것임

○ 서면2팀-173,2006.01.23.

조세특례제한법 제104조의 10 규정에 의한 해운기업에 대한 과세표준 계산특례 규정을 적용함에 있어 운항일수는 「국제선박등록법」 제4조의 규정에 의하여 국제선박으로 등록한 날부터 기산하는 것이며, 국제선박으로 등록한 선박을 양도하는 경우 조세특례제한법 제23조 규정에 국제선박 양도차익의 손금산입 규정이 적용되는 것이나, 해운기업에 대한 과세표준 계산 특례를 적용받는 과세기간에는 조세특례제한법 제23조 규정에 의한 국제선박 양도차익의 손금산입 규정을 적용받을 수 없는 것임