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질의회신
공익법인의 주식보유한도 및 성실공익법인 판정
서면인터넷방문상담4팀-3490생산일자 2007.12.06.
AI 요약
요지
공익법인이 특수관계법인 주식을 총재산가액의 100분의 30 초과보유시 가산세 부과하는 경우 특수관계법인에는 기업집단에 속하는 계열회사를 포함하는 것이며, 사업개시연도 운용소득이 없는 경우는 성실공익법인에 해당하지 않는 것임
회신
1.「상속세 및 증여세법」제48조 제9항의 규정에 의하여 공익법인 등(제49조 제1항 단서의 규정에 해당하는 공익법인 등을 제외함)이 같은법 시행령 제38조 제12항에서 규정하는 특수관계에 있는 내국법인의 주식을 보유하는 경우로서 매 사업연도말 현재 당해 내국법인의 주식 등의 가액이 총재산가액의 100분의 30을 초과하는 경우에는 같은법 제78조 제7항의 규정에 의하여 30%를 초과하여 보유하는 주식가액의 5%에 상당하는 금액을 가산세로 부과하는 것이며, 이 경우 특수관계에 있는 내국법인에는 같은법 시행령 제19조 제2항 제3호 및 같은법 시행규칙 제9조 제1항에 의하여 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령」제3조 각호의 1에 해당하는 기업집단에 속하는 계열회사를 포함하는 것입니다.2.상속세 및 증여세법 제48조 제9항에서 규정하는 같은법 제49조 제1항 단서 전단의 규정에 의한 성실공익법인 등의 판정은 같은법시행령 제42조 제3항의 규정에 의하여 공익법인 등의 사업연도의 종료일 현재를 기준으로 하는 것이며, 새로이 설립한 공익법인 등에 대한 최초 성실공익법인 등의 판정시기는 당해 공익법인 등이 설립한 사업연도의 다음 사업연도의 종료일 현재를 기준으로 하여 판정하는 것이 타당하며, 이 경우 같은법시행령 제42조 제1항에서 규정하는 성실공익법인 등은 같은법 시행령 제38조 제5항의 규정에 의한 운용소득의 90% 이상을 그 소득이 발생한 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 계속하여 사용하는 공익법인 등을 말하는 것입니다.
질의내용

※ 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

O 사실관계

[법인의 현황]

- 법인의 주주별 지분율

 1) 주주 A(법인의 대표이사) 49.37%

 2) 주주 B(대표이사의 형) 20%

 3) 주주 C(대표이사으 누이) 3.75%

 4) 주주 D(대표이사의 부친) 25%

 5) 주주 E(대표이사의 모친, 사망) 1.88%

- 당해법인은 건설업을 영위하는 비상장내국법인(중소기업) 으로서 “상호출자제한기업집단”에 속하거나 그와 특수관계에 있지 아니한 법인임

- 회사의 모든 경영은 대표이사가 실질적으로 행하고 있으며 기타의 주주는 당해법인의 경영이나 인사 등 업무에 일체 관여하고 있지 아니함

- 위 주주 A는 A의 자녀 2인과 함께 출자하여 제3의 다른 비상장법인의 지분을 100% 소유하고 있음.

O 질문내용

1. 위의 경우 주주 E가 사망함에 따라 생정이 고인의 뜻을 받들어 상속인들은 피상속인이 소유하고 있던 위 비상장주식의 전부(1.88%)에 대하여 상속취득을 포기하고 새로이 설립될 장학재단법인에 출연하여 이를 재원으로 불우청소년을 위한 장학사업을 하고자 함.

  위와같이 피상속인의 비상장주식을 출연한 후의 장학재단의 자산현황을 보면 당해 출연주식가액이 장학재단의 총재산가액의 30%를 초과하게 되는 경우, 당해 비상장법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의한 “상호출자제한기업집단”에 속하지 아니함에도 「상속세 및 증여세법」제48조 제9항 후단에서 정한 가산세의 적용대상이 되는지 여부

2. 당해 공익법인에 출연한 주식가액이 공익법인 총재산가액의 30%를 초과하게 되는 경우에도 「상속세 및 증여세법」제49조 제1항 단서에 해당하는 공익법인은 가산세 적용에서 제외되는 바, 당해 공익법인이 최초 설립된 사업연도에는 출연받은 위 비상장주식 외에는 다른 수익사업소득이 없고, 다만 출연받은 다음연도부터 배당수익을 얻어 비로소 법 소정의 규정대로 90% 이상을 직접 공익목적에 사용할 수 있게 되는 경우 배당금 등의 수익사업소득이 없어 운용소득을 공익목적에 사용하지 못한 최초사업연도에는 위 상속세 및 증여세법 제49조 제1항 단서에 해당하는 공익법인이 될 수 없는 것인지 여부를 질의함.

2. 질의 내용에 대한 자료

 가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙)

O 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】

  (중간생략)

  ⑨ 공익법인 등(제49조 제1항 단서의 규정에 해당하는 공익법인 등을 제외한다)이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등을 보유하는 경우로서 당해 내국법인의 주식 등의 가액이 총재산가액의 100분의 30을 초과하는 때에는 제78조 제7항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 이 경우 그 초과하는 내국법인의 주식 등의 가액의 산정에 관하여는 대통령령으로 정한다. (1999. 12. 28. 신설)

  (이하생략)

O 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 【공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리】

  (중간생략)

  ⑤ 법 제48조 제2항 제4호의 2에서 운용소득과 관련된 “대통령령이 정하는 기준금액”이라 함은 제1호의 규정에 의하여 계산한 금액에서 제2호의 규정에 의한 금액을 차감한 금액(이하 이 항에서 “운용소득”이라 한다)의 100분의 70에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “사용기준금액”이라 한다)을 말한다. 이 경우 직전 과세기간 또는 사업연도에서 발생한 운용소득을 사용기준금액에 미달하게 사용한 경우에는 그 미달하게 사용한 금액(법 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세를 차감한 금액을 말한다)을 운용소득에 가산한다.

  1. 당해 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(법 제48조 제2항 제4호의 규정에 의한 출연재산 매각금액을 제외하고, 「법인세법」 제29조 제1항의 규정에 의한 고유목적사업준비금과 당해 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)과 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액

  2. 당해 소득에 대한 법인세 또는 소득세ㆍ농어촌특별세ㆍ주민세 및 이월결손금

  ⑥ 법 제48조 제2항 제4호의 2의 규정에 의한 운용소득의 사용은 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적(제5항 제1호의 규정에 의하여 당해 과세기간 또는 사업연도중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 실적 및 기준금액은 각각 당해 과세기간 또는 사업연도와 직전 4과세기간 또는 사업연도와의 5년간의 평균금액을 기준으로 계산할 수 있으며 사업개시후 5년이 경과되지 아니한 경우에는 사업개시후 5년이 경과한 때부터 이를 계산한다. (2000. 12. 29. 개정)

  ⑫ 법 제48조 제9항 본문 및 제10항 본문에서 “특수관계에 있는 내국법인”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자가 제1호에 해당하는 기업의 주식등을 출연하거나 보유한 경우의 당해 기업(당해 기업과 함께 제1호에 해당하는 자에 속하는 다른 기업을 포함한다)을 말한다. (2003. 12. 30. 항번개정)

  1. 제19조 제2항 제3호에 해당하는 자 (1999. 12. 31. 신설)

  2. 제19조 제2항 제5호에 해당하는 자 (1999. 12. 31. 신설)

  3. 제1호 및 제2호에 해당하는 자가 이사의 과반수이거나 재산을 출연하여 설립한 비영리법인 (1999. 12. 31. 신설)

  ⑬ 법 제48조 제9항 후단에서 “그 초과하는 내국법인의 주식 등의 가액”이라 함은 각 사업연도 종료일 현재 제1호의 가액에서 제2호의 가액의 100분의 30에 해당하는 금액을 차감하여 계산한 가액을 말한다. (2003. 12. 30. 항번개정)

  1. 「법인세법 시행령」 제74조 제1항 제1호 마목의 규정에 의한 당해 내국법인의 주식등의 취득가액과 대차대조표상의 가액중 적은 금액 (2005. 8. 5. 개정)

  2. 공익법인등의 총재산(당해 내국법인의 주식등을 제외한다)에 대한 대차대조표상의 가액에 제1호의 가액을 가산한 가액 (2000. 12. 29. 신설)

  (이하생략)

O 상속세 및 증여세법 제78조 【가산세 등】

  (중간생략)

  ⑦ 세무서장 등은 공익법인 등이 제48조 제9항의 규정에 의한 내국법인의 주식 등의 보유기준을 초과하여 주식 등을 보유하는 경우에는 매사업연도말 현재 그 초과하여 보유하는 주식 등의 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인 등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. (1999. 12. 28. 신설)

  (이하생략)

O 상속세 및 증여세법 제49조 【공익법인 등의 주식 등의 보유기준】

  ① 공익법인 등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식 등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 기간까지 당해 발행주식총수 등의 100분의 5(이하 “주식 등의 보유기준”이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인 등의 공익기여도 등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등과 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 공익법인 등에 대하여는 그러하지 아니하다. (1998. 12. 28. 개정)

  1. 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등의 지분율이 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20 이하인 경우에는 1999년 12월 31일까지 (1998. 12. 28. 개정)

  2. 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등의 지분율이 발행주식총수 등의 100분의 20을 초과하는 경우에는 2001년 12월 31일까지 (1998. 12. 28. 개정)

O 상속세 및 증여세법 시행령 제42조 【주식 등의 보유기준의 적용대상에서 제외되는 공익법인 등】

  ① 법 제49조 제1항 단서 전단에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등”이라 함은 당해 공익법인 등의 운용소득(제38조 제5항의 규정에 의한 운용소득을 말한다)의 100분의 90 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인 등(이하 이 조에서 “성실공익법인 등”이라 한다)을 말한다. (2000. 12. 29. 개정)

  ② 법 제49조 제1항 단서후단에서 “대통령령이 정하는 공익법인 등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

  1. 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등이 재산을 출연하여 설립한 공익법인 등

  2. 「정부투자기관 관리기본법」상의 정부투자기관이 재산을 출연하여 설립한 공익법인 등 (2005. 8. 5. 개정)

  3. 제2호의 공익법인 등이 재산을 출연하여 설립한 공익법인 등

  ③ 제1항의 규정에 의한 성실공익법인 등의 판정은 공익법인 등의 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재를 기준으로 한다. 다만, 최초로 당해 성실공익법인 등을 판정하는 경우에는 법 제49조 제1항 각호의 1에서 규정하는 기간의 종료일로 한다.

O 상속세 및 증여세법 시행령 제19조 【금융재산 상속공제】

  (중간생략)

  ② 법 제22조 제2항에서 “대통령령이 정하는 최대주주 또는 최대출자자”라 함은 주주 또는 출자자(이하 “주주 등”이라 한다) 1인과 다음 각호의 1에 해당하는 관계가 있는 자의 보유주식 등을 합하여 그 보유주식 등의 합계가 가장 많은 경우의 당해 주주 등을 말한다. (1999. 12. 31. 개정)

  1. 친족 (1999. 12. 31. 개정)

  2. 사용인과 사용인외의 자로서 당해 주주 등의 재산으로 생계를 유지하는 자

  3. 재정경제부령이 정하는 기업집단의 소속기업(당해 기업의 임원을 포함한다)과 다음 각목의 1의 관계에 있는 자 또는 당해 기업의 임원에 대한 임면권의 행사ㆍ사업방침의 결정 등을 통하여 그 경영에 대하여 사실상의 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자 (2003. 12. 30. 개정)

  가. 기업집단소속의 다른 기업 (1999. 12. 31. 개정)

  나. 기업집단을 사실상 지배하는 자 (1999. 12. 31. 개정)

  다. 나목의 자의 친족 (1999. 12. 31. 개정)

O 상속세 및 증여세법 시행규칙 제9조 【특수관계자의 범위】

  ① 영 제19조 제2항 제3호 및 영 제26조 제4항 제2호에서 “재정경제부령이 정하는 기업집단의 소속기업”이라 함은 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령」 제3조 각호의 1에 해당하는 기업집단에 속하는 계열회사를 말한다.

  ② 국세청장은 제1항의 규정을 적용함에 있어서 필요한 경우에는 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령」 제3조 제2호 라목에서 규정하고 있는 사회통념상 경제적 동일체로 인정되는 회사의 범위에 관한 기준을 정하여 고시할 수 있다. (2005. 3. 19. 개정)

[참 고]

O 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제3조 【기업집단의 범위】

  법 제2조(정의) 제2호에서 “대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회사를 말한다. (2007. 7. 13. 개정)

  1. 동일인이 단독으로 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자(이하 “동일인관련자”라 한다)와 합하여 당해 회사의 발행주식〔「상법」 제370조(의결권 없는 주식)의 규정에 의한 의결권 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조, 제3조의 2(기업집단으로부터의 제외), 제17조의 5(채무보증금지대상의 제외요건), 제17조의 8(대규모내부거래의 이사회 의결 및 공시) 및 제18조(기업결합의 신고 등)에서 같다〕 총수의 100분의 30 이상을 소유하는 경우로서 최다출자자인 회사 (2007. 7. 13. 개정)

  가. 배우자, 8촌 이내의 혈족, 4촌 이내의 인척(이하 “친족”이라 한다)

  나. 동일인이 단독으로 또는 동일인관련자와 합하여 총출연금액의 100분의 30 이상을 출연한 경우로서 최다출연자가 되거나 동일인 및 동일인관련자 중 1인이 설립자인 비영리법인 또는 단체(법인격이 없는 사단 또는 재단을 말한다. 이하 같다) (1999. 3. 31. 개정)

  다. 동일인이 직접 또는 동일인관련자를 통하여 임원의 구성이나 사업운용 등에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 비영리법인 또는 단체

  라. 동일인이 이 호 또는 제2호의 규정에 의하여 사실상 사업내용을 지배하는 회사

  마. 동일인 및 동일인과 나목 내지 라목의 관계에 해당하는 자의 사용인(법인인 경우에는 임원, 개인인 경우에는 상업사용인 및 고용계약에 의한 피용인을 말한다)

  2. 다음 각목의 1에 해당하는 회사로서 당해 회사의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 회사 (2001. 3. 27. 개정)

  가. 동일인이 다른 주요 주주와의 계약 또는 합의에 의하여 대표이사를 임면하거나 임원의 100분의 50 이상을 선임하거나 선임할 수 있는 회사

  나. 동일인이 직접 또는 동일인관련자를 통하여 당해 회사의 조직변경 또는 신규사업에의 투자 등 주요 의사결정이나 업무집행에 지배적인 영향력을 행사하고 있는 회사

  다. 동일인이 지배하는 회사(동일인이 회사인 경우에는 동일인을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)와 당해 회사간에 다음의 1에 해당하는 인사교류가 있는 회사

  (1) 동일인이 지배하는 회사와 당해 회사간에 임원의 겸임이 있는 경우

  (2) 동일인이 지배하는 회사의 임ㆍ직원이 당해 회사의 임원으로 임명되었다가 동일인이 지배하는 회사로 복직하는 경우(동일인이 지배하는 회사 중 당초의 회사가 아닌 회사로 복직하는 경우를 포함한다)

  (3) 당해 회사의 임원이 동일인이 지배하는 회사의 임ㆍ직원으로 임명되었다가 당해 회사 또는 당해 회사의 계열회사로 복직하는 경우

  라. 통상적인 범위를 초과하여 동일인 또는 동일인관련자와 자금ㆍ자산ㆍ상품ㆍ용역 등의 거래를 하고 있거나 채무보증을 하거나 채무보증을 받고 있는 회사, 기타 당해 회사가 동일인의 기업집단의 계열회사로 인정될 수 있는 영업상의 표시행위를 하는 등 사회통념상 경제적 동일체로 인정되는 회사

 나. 관련 예규(판례, 심판례, 심사례, 예규)

O 서면4팀-441, 2005.03.24

  【질의】

  국외특수관계자의 주식을 30% 초과하여 보유한 경우 증여세 가산세 부과여부

  【회신】

  공익법인 등이 의결권있는 내국법인의 발행주식총수의 100분의 5를 초과하여 출연받은 경우 그 5%를 초과한 주식에 대하여는 상속세 및 증여세법 제48조 제1항 단서의 규정에 의하여 증여세가 과세되는 것이며, 공익법인 등이 특수관계에 있는 내국법인의 주식을 보유하는 경우로서 매 사업연도말 현재 동 주식가액이 총재산가액의 100분의 30을 초과하는 경우에는 같은조 제9항 및 같은법 제78조 제7항의 규정에 의하여 30%를 초과하여 보유하는 주식가액의 5%에 상당하는 금액을 가산세로 부과하는 것이나, 국외소재 법인의 주식을 출연받아 보유하는 경우에는 그러하지 아니함.

  귀 질의와 관련된 기 질의회신문(서면4팀-304, 2005.2.25. ; 서일46014-11705, 2003.11.25.)을 참고바람.

O 서일46014-11301, 2003.09.17

  【질의】

  공익법인 등이 총재산가액의 30%를 초과하여 계열법인의 주식 등을 보유하는 경우 그 초과하여 보유하는 주식 등의 시가의 100분의 5를 가산세로 부과하는바, 당해 주식 등에는 의결권이 없는 우선주도 포함되는지.

  【회신】

 상속세및증여세법 제48조 제9항의 규정에 의하여 공익법인 등(제49조 제1항 단서의 규정에 해당하는 공익법인 등을 제외함)이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등을 보유하는 경우로서 당해 내국법인의 주식 등의 가액이 총재산가액의 100분의 30을 초과하는 때에는 제78조 제7항의 규정에 의한 가산세를 부과함. 이 경우 당해 내국법인의 주식 등의 가액에는 의결권이 없는 우선주도 포함되는 것임.

O 서일46014-11408, 2002.10.24

  【질의】

  2002. 9월 장학재단을 설립하여 상장주식 ○○만주를 출연받았으나,

  - 대부분의 주식을 처분하지 못함에 따라 보유주식가액이 출연재산 총액의 30%를 초과하게 되었고

  - 2002. 10월에 주식을 출연받음에 따라 배당소득도 없어 상속세 및 증여세법시행령 제42조 제1항의 운용소득도 없는 경우에

  - 장학재산이 설립한 사업연도와 그 다음 사업연도에 같은법 제48조 제9항의 규정에 의하여 가산세 적용대상인지 여부를 질의함.

  【회신】

 상속세 및 증여세법 제48조 제9항에서 규정하는 같은법 제49조 제1항 단서 전단의 규정에 의한 성실공익법인 등의 판정은 같은법시행령 제42조 제3항의 규정에 의하여 공익법인 등의 사업연도의 종료일 현재를 기준으로 하는 것이며, 새로이 설립한 공익법인 등에 대한 최초 성실공익법인 등의 판정시기는 당해 공익법인 등이 설립한 사업연도의 다음 사업연도의 종료일 현재를 기준으로 하여 판정하는 것이 타당함.

  이 경우 같은법시행령 제42조 제1항에서 규정하는 성실공익법인 등은 같은법시행령 제38조 제5항의 규정에 의한 운용소득의 90% 이상을 그 소득이 발생한 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 계속하여 사용하는 공익법인 등을 말하는 것임.

O 서사-681, 2007.02.22

  【질의】

  - (주)○○의 주주내역

  (주)A법인(25.0%), (주)B법인(10.0%), 정(1.5%)

  - (주)A의 주주내역

  갑(60.0%, 주주인 을, 병의 부), 을(1.0%), 병(1.0%), 정(2.0% 임원)

  - (주)B의 주주내역

  을(50.0%), 병(45.0%)

  - (주)B법인이 보유한 (주)○○ 주식을 2001년도에 "을", "병", "정"에게 양도하였음.

  - (주)○○은 2001년도 양도시 현재는 비상장법인이었으나, 2003년도에 코스닥등록법인으로 편입되었음.

  1) (주)B법인이 을, 병에게 (주)B법인이 보유하고 있는 (주)○○ 주식을 양도하였을 경우 비상장주식의 상장등록에 따른 이익의 증여세과세대상인 특수관계인에 해당되는지.

  2) (주)B법인이 정에게 (주)○○ 주식을 양도시 특수관계 해당 여부는.

  3) 기업집단의 소속기업 및 그 기업의 임원인 자의 특수관계 해당 여부는.

  【회신】

  「상속세 및 증여세법」제41조의 3의 규정을 적용함에 있어 귀 질의의 A법인과 B법인이「독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령」제3조 각호의 1에 해당하는 기업집단에 속하는 계열회사인 경우에는 같은법 시행령 제19조 제2항 제3호의 규정에 의하여 A법인의 임원과 B법인은 특수관계가 있는 것임.