1. 질의내용 요약

○ 사실관계

  - 갑사(질의자)와 을사는 복합건물을 신축하여 분양하는 사업을 공동으로 수행함.

  - 공동사업을 수행하면서 갑사와 을사가 담당한 역할은 다음과 같음.

    갑사는 사업시행인허가를 위한 조력업무와 분양대상건물의 시공을 담당.

    사업부지를 취득하고 자금의 조달을 담당한 분양대상 토지의 소유자이자 분양대상 건물의 시공을 담당.

    을사는 사업부지를 취득하고 자금조달을 담당한 분양대상토지의 소유자이자 분양대상건물의 건축주로서 법률적인 사업시행주체로서의 역할을 담당.

  - 감사와 을사는 양사가 당초 공동사업협약 체결 당시 합의하여 책정한 공사비(공사예정원가의 성격)에 공동사업의 이익중 약정된 갑사의 지분 해당금액을 가산한 금액으로 산정한 도급공사금액을 시공 회사인 갑사가 건축주인 을사에게 청구하는 방법으로 공동사업에 대한 정산 완료.

  - 공동사업에 관한 정산이 완료된 후 3년이 경과한 시점에 사업 주체인 을사에게 당초 사업계획시점과 정산시점에는 고려하지 못했던 법인세 특별부가세가 부과됨(2001년 귀속, 2006년 납부기한).

    당초 시점에서는 양사 모두 전술한 공동사업이 특별부가세 과세대상에 해당된다는 사실을 인지하지 못하였기 때문에 당초 정산시에는 특별부가세를 공동사업에 관한 비용으로 반영하지 않은 상태에서 정산함.

  - 을사는 공동사업과 관련하여 자신에게 부과된 특별부가세는 공동사업 협약서상에 공통비용으로 규정되어 있는 “사업과 관련된 제세공과금”에 해당하므로 갑사와 을사가 분담하여야 한다는 주장을 하면서 법원에 갑사의 재산에 대한 가압류 신청.

    법원에서 을사의 가압류 신청을 받아들이자, 갑사는 을사의 요구대로 특별부가세를 분담하기로 합의하고 분담금액을 을사에게 지급.

○ 질의요지

    갑사의 법인세 과세대상소득을 산정함에 있어 공동사업의 사업주체인 을사에게 부과된 특별부가세(구 법인세법 제99조 및 102조)를 갑사에서 분담한 금액의 손금산입여부.

    (갑설): 갑사에게 직접 부과된 법인세는 아니지만 갑사가 참여한 공동사업에 관한 법인세이므로 법인세법 제21조(제세공과금의 손금불산입에서 열거하고 있는 각 사업년도에 납부하였거나 납부할 법인세 또는 소득할 주민세에 해당하며 따라서 손금불산입 항목이다.

    (을설): 갑사에서 을사에게 지급한 금액은 당초 정산시 누락된 공동사업에 관한 추가비용의 발생으로 인한 정산대상 공동사업 이익의 감소에 따라 도급공사대금을 재정산하여 감액된 성격의 금액이기 때문에 손금산입 대상 비용이다.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 구 법인세법 제102조 【신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수】

    (삭제, 2001. 12. 31.)

   ① 제99조의 규정에 의한 특별부가세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 토지등의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 청산소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 기타의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항의 규정을 준용한다. (2000. 12. 29. 개정).

○ 구 법인세법 제99조 【과세표준】

   (삭제, 2001. 12. 31.)

   ① 특별부가세의 과세표준은 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다. (2000. 2. 3. 개정)

   1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) (2000. 2. 3. 신설)

   2. 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2000. 2. 3. 신설)

   3. 부동산에 관한 권리로서 다음 각목의 1에 해당하는 것 (2000. 2. 3. 신설)

   가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) (2000. 2. 3. 신설)

   나. 지상권 (2000. 2. 3. 신설)

   다. 전세권과 등기된 부동산임차권 (2000. 2. 3. 신설)

   4. 주식 또는 출자지분으로서 다음 각목의 1에 해당하는 것 (2000. 2. 3. 신설)

   가. 비영리내국법인이 양도하는 주식 또는 출자지분으로서 소득세법 제94조 제1항 제3호의 규정에 해당하는 것(제103조의 규정에 의한 비영리내국법인의 부동산 등 양도소득에 대한 특례의 경우에 한한다) (2000. 12. 29. 개정)

   나. 주식 또는 출자지분의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성ㆍ특정자산의 보유현황 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 것 (2000. 2. 3. 신설).

○ 법인세법 제21조 【제세공과금의 손금불산입】

   다음 각 호의 제세공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)

   1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제57조에 규정하는 외국법인세액을 포함한다) 또는 소득할주민세와 각 세법에 규정된 의무불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 기타 대통령령이 정하는 경우의 세액을 제외한다) (2001. 12. 31. 개정)