※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 임대주택 현황

 개포동 13평 1채, 대치동 23.16평 1채 , 동대문구 회기동 25.7평 1채

- 99.11.30. 동대문구청에 위3채의 임대 공동주택을 임대사업자 등록함.

- 2005.10.24. 면세사업자 등록(동대문 세무서).

○ 질의내용

- 위의 동대문구 회기동 아파트를 양도하는 경우 8년이상 임대하였으므로 양도소득세 면세 대상인지 여부.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】(2001. 12. 29. 제목개정)

① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 동법에 의한 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2001. 12. 29. 개정)

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택 (1998. 12. 28. 개정)

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택 (1998. 12. 28. 개정)

②「소득세법」제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정)

③ 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 감면받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다. (2001. 12. 29. 개정)

④ 제1항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28. 개정)

○ 조세특례제한법 시행령 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】(2001. 12. 31. 제목개정)

① 법 제97조 제1항 각호외의 부분 본문에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다. (2001. 12. 31. 개정)

② 법 제97조 제1항 단서의 규정에 의한 건설임대주택의 일부 또는 동일한 지번상에 상가 등 다른 목적의 건물이 설치된 경우의 주택으로 보는 범위 및 필요경비계산에 관하여는「소득세법 시행령」제32조 제3항 및 제4항의 규정을 준용한다. (2005. 2. 19. 개정)

③ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 재정경제부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2001. 12. 31. 개정)

④ 이하 생략

○ 소득세법 시행령 제167조의 3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)

1. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시(다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한다)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2005. 2. 19. 개정)

가. 광역시에 소속된 군 및 「지방자치법」 제3조 제3항ㆍ제4항의 규정에 의한 읍ㆍ면 (2005. 2. 19. 개정)

나. 수도권 중 당해 지역의 주택보급률ㆍ주택가격 및 그 동향 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 지역 (2003. 12. 30. 신설)

2. 법 제168조에 의한 사업자등록과 「임대주택법」 제6조에 의한 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록 등”이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 「임대주택법」 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조 동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 「임대주택법」 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록일에 법 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다. (2005. 5. 31. 개정)

가. 같은 시(특별시 및 광역시를 포함한다)ㆍ군에서 5호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 10년 이상 임대한 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2003. 12. 30. 신설)

나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록 등을 하고 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2003. 12. 30. 신설)

○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2003. 12. 30. 후단신설)

2의 3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) (2003. 12. 30. 신설)

양도소득과세표준의 100분의 60

2의 4. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다) (2005. 12. 31. 신설)

양도소득과세표준의 100분의 60

2의 5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 (2005. 12. 31. 신설)

양도소득과세표준의 100분의 50

2의 6. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다) (2005. 12. 31. 신설)

양도소득과세표준의 100분의 50

○ 소득세법 제168조 【사업자등록 및 고유번호의 부여】 (2000. 12. 29. 제목개정)

① 새로이 사업을 개시하는 사업자는 사업장소재지 관할세무서장에게 등록하여야 한다. (1999. 12. 28. 개정)

② 「부가가치세법」의 규정에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다. (2006. 12. 30. 개정)

③ 「부가가치세법」 제5조의 규정은 이 법에 의하여 사업자등록을 하는 사업자에 대하여 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정)

④ (삭제, 1996. 12. 30.)

⑤ 사업장소재지 또는 법인으로 보는 단체 외의 사단ㆍ재단이나 그 밖의 단체의 소재지 관할 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 고유번호를 부여할 수 있다. (2007. 12. 31. 개정)

1. 종합소득이 있는 자로서 사업자가 아닌 자 (2007. 12. 31. 개정)

2. 「비영리민간단체 지원법」에 따라 등록된 단체 등 과세자료의 효율적처리 및 소득공제 사후검증 등을 위하여 필요하다고 인정되는 자 (2007. 12. 31. 개정).

나. 관련 예규 (예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면4팀-2351, 2007.07.31

【제목】

2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 기존사업자기준일(2003.10.29.) 이전에 사업자등록을 하고 5년 이상 임대한 이후에 양도하는 경우 1세대 3주택 중과세율이 적용되지 아니함

【질의】

(내용)

- 본인의 부친이 40평 아파트(소재지 불명)를 소유하고 있고, 모친이 2000년도에 국민주택규모 2채(소재지 불명)를 매입하여 임대사업자 등록후 임대하다가 2006년도에 이 중 1채를 매도하였으며, 임대사업자등록은 그대로 유지한 상태에서 2007년도에 타지역 소재 국민주택규모 1채를 추가로 매입하였음.

- 즉, 현재는 1세대 3주택 보유자이며, 이 중 1채는 임대사업자등록이 되어 있는 상황임.

(질의)

위와 같이 기 임대사업자등록이 되어 있던 나머지 임대주택을 2008년도에 양도시 양도소득세가 중과되는지 여부

【회신】

2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 기존사업자기준일(2003.10.29.) 이전에 「소득세법」 제168조에 의한 사업자등록과 「임대주택법」 제6조에 의한 임대사업자 등록을 하고 5년 이상 임대한 이후에 양도하는 경우로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 경우에는 「소득세법 시행령」 제167조의 3 제1항 제2호 나목의 규정에 의하여 1세대 3주택 이상의 양도소득세 중과세율(60％) 적용대상에서 제외되는 것이나, 귀 질의의 경우 이에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항임.

○ 재재산-611, 2007.05.23

조세특례제한법 제97조의 규정에 의한 양도소득세의 감면은 거주자가 동조 제1항 각호의 1에 해당하는 5호 이상의 국민주택을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에 적용되는 것이며,

조세특례제한법 제97조의2의 규정에 의한 양도소득세 감면은 거주자가 동조 제1항 각호의 1에 해당하는 국민주택을 포함하여 2호 이상의 국민주택을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에 적용되는 것임

○ 재재산46014-20, 2000.01.20

【질의】

□ 양도소득세가 감면되는 장기임대주택에 대하여 내국인의 소유주택으로 보지 않는 시점과 5년 미만 임대하다가 양도하는 경우 이미 1세대 1주택으로 비과세 받은 소유주택의 양도소득세를 추징할 수 있는지 여부

〈갑설〉일반주택을 비과세로 결정하며 장기임대주택을 5년 이내 처분한 경우라도 일반주택에 대하여는 추징하지 아니함.

〈을설〉장기임대주택은 5년 이상 임대한 경우에 한하여 주택의 수에 포함하지 않는 것이므로 5년 이내에 양도하는 일반주택은 과세대상이 되는 것이며, 장기임대주택을 5년 이상 임대한 이후 양도한 일반주택의 기납부한 세액을 환급

〈병설〉일반주택을 비과세로 결정한 후 사후관리하여 장기임대주택을 5년 이상 임대하지 아니한 경우에는 기 비과세된 일반주택의 양도소득세를 추징

【회신】

조세특례제한법 제97조(장기임대주택) 및 제97조의 2(신축임대주택)의 규정을 적용함에 있어서 임대주택을 내국인의 소유주택으로 보지 않는 시점은 5호(장기임대주택) 또는 2호(신축임대주택) 이상 임대를 개시한 날이며,

임대주택의 임대기간 중 기존 소유주택의 양도에 대하여 1세대 1주택의 비과세를 적용받은 후 임대하던 주택을 조세특례제한법 제97조 및 제97조의 2에서 규정하고 있는 감면요건을 충족하지 않고 양도하는 경우에도 임대기간 중 양도한 기존 소유주택은 1세대 1주택의 비과세에 해당되며,

임대주택의 임대기간 중 기존 소유주택의 양도에 대하여 1세대 1주택의 비과세를 적용받은 후 임대주택을 소유주택으로 변경한 주택에 대한 1세대 1주택의 비과세 판정시 보유기간은 소유주택으로 변경한 날부터 계산하는 것임.

○ 서면5팀-1842, 2007.06.05

1. 생략

2. 소득세법 제89조 제1항 제3호 동법 시행령 제154조 제1항의 1세대 1주택 비과세규정을 적용함에 있어서 같은법 시행령 제167조의 3 제1항 제2호가 정하는 장기임대주택은 이를 당해 거주자의 소유주택 수에 포함하여 판정하는 것임.

3. 생략.