※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

○ 내 용

 - 본인은 경기도 부천시 소재 ○○침례교회에서 목사로 시무하던 중 2005년 6월 30일 교회명의로 되어 있는 대지와 건물을 어느 교인(개인) 명의로 소유권을 이전하였고, 이후 본인은 목사(시무)에서 물러났고 시무목사만 변경되었음

 - 00구청에 종교단체로 등록하였음(종교단체등록증명서 첨부)

  * 부동산등기법 제41조의2 및 법인아닌 사단․재단 및 외국인의 부동산등기용등록번호부여 절차에관한규정 제8조의 규정에 의하여 1995.12.00.자로 00구청장명의로 발급된 종교단체 등록증명서임

 - 관할 00세무서로부터 납세번호증 부여받음(000-89-00000)

○ 질 의

 - 교회 명의 부동산을 양도하는 경우 납세의무

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제1조【납세의무】

① 다음 각호의 1에 해당하는 개인은 이 법에 의하여 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다. (1994. 12. 22. 개정)

1. 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인(이하 “거주자”라 한다)

2. 생략

② 생략

③ 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체 중 「국세기본법」 제13조 제4항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 외의 사단ㆍ재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다. (2006. 12. 30. 개정)

④ 이하 생략

○ 국세기본법 제13조【법인으로 보는 단체】

① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다) 중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. (1994. 12. 22 개정)

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것 (1994. 12. 22 개정)

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것 (1994. 12. 22. 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다. (1994. 12. 22. 개정)

1. 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것 (1994. 12. 22. 개정)

2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것 (1994. 12. 22. 개정)

3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 (1994. 12. 22. 개정)

③ 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다. (1994. 12. 22. 개정)

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다. (1994. 12. 22. 개정)

⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무의 이행을 위하여 대표자 또는 관리인을 선임 또는 변경한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (1994. 12. 22. 개정)

⑥ 관할세무서장은 제5항의 규정에 의한 신고가 없는 때에는 그 구성원 또는 관계인 중 1인을 국세에 관한 의무를 이행하는 자로 지정할 수 있다. (1994. 12. 22. 개정)

⑦ 법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인과 납세번호 등의 교부 및 승인취소에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22. 개정)

○ 국세기본법 시행령 제8조【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등】

① 법 제13조 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (1994. 12. 31. 개정)

1. 단체의 명칭 (1994. 12. 31. 개정)

2. 주사무소의 소재지 (1994. 12. 31. 개정)

3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소 (1994. 12. 31. 개정)

4. 고유사업 (1994. 12. 31. 개정)

5. 재산상황 (1994. 12. 31. 개정)

6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정 (1994. 12. 31. 개정)

7. 기타 필요한 사항 (1994. 12. 31. 개정)

② 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 법인격이 없는 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일내에 신청인에게 통지하여야 한다. (1994. 12. 31. 개정)

③ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에 「부가가치세법 시행령」 제8조 제2항에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 당해 단체가 수익사업을 영위하고자 하는 경우로서 「법인세법」 제111조의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 5. 31. 개정)

④ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체가 법 제13조 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 된 때에는 관할세무서장은 지체없이 그 승인을 취소하여야 한다. (1994. 12. 31. 개정)

○ 소득세법 제4조【소득의 구분】

① 거주자의 소득은 다음 각 호와 같이 구분한다. (2006. 12. 30. 개정)

1 - 2. 생략

3. 양도소득

자산의 양도로 인하여 발생하는 소득

4. (삭제, 2006. 12. 30.)

② 이하 생략

○ 소득세법 제88조【양도의 정의】

① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(「상속세 및 증여세법」 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. (2006. 12. 30. 개정)

②「도시개발법」기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 제1항에서 규정하는 양도로 보지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)

○ 소득세법 제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. (2000. 12. 29. 개정)

1. 토지(「지적법」에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2006. 12. 30. 개정)

2. 이하 생략

② 생략

○ 부동산등기법 제41조의 2 【등록번호의 부여절차】

① 등기권리자의 성명 또는 명칭에 병기하여야 할 부동산등기용등록번호(이하 “등록번호”라 한다)는 다음 각호의 방법에 의하여 부여한다.

1. 국가ㆍ지방자치단체ㆍ국제기관ㆍ외국정부에 대한 등록번호는 행정자치부장관이 지정ㆍ고시한다. (1998. 12. 28. 직제개정)

2. 주민등록번호가 없는 재외국민에 대한 등록번호는 대법원소재지관할등기소의 등기관이 부여하고, 법인에 대한 등록번호는 주된 사무소(회사의 경우에는 본점, 외국회사의 경우에는 국내영업소를 말한다) 소재지관할등기소의 등기공무원이 부여한다. (1998. 12. 28. 개정)

3. 법인 아닌 사단이나 재단에 대한 등록번호는 시장(구가 설치되어 있는 시에서는 구청장)ㆍ군수가 부여한다. (1996. 12. 30. 개정)

4. 외국인에 대한 등록번호는 체류지(국내에 체류지가 없는 경우에는 대법원 소재지에 체류지가 있는 것으로 본다)를 관할하는 출입국관리사무소장 또는 출입국관리사무소출장소장이 부여한다.

② 제1항 제2호의 규정에 의한 등록번호의 부여절차는 대법원규칙으로 정하고, 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 의한 등록번호의 부여절차는 대통령령으로 정한다.

○ 법인아닌사단·재단및외국인의부동산등기용등록번호부여절차에관한규정

제8조 (등록증명서의 발급)

①등록증명서를 발급받고자 하는 자는 등록증명서발급신청서(전자문서로 된 신청서를 포함한다)를 시장·군수에게 제출하여야 한다. <개정 2004.3.17>

②제1항의 규정에 의하여 등록증명서의 발급신청을 받거나 제7조제1항의 규정에 의하여 등록번호를 부여한 시장·군수는 등록증명서를 발급하여야 한다.

③등록증명서발급신청서 및 등록증명서의 서식은 공동부령으로 정한다.

○ 부가가치세 사무처리규정 제9조(사업자등록번호의 부여기준)

②사업자등록번호는 10자리(XXX-XX-XXXXX)로 구성되고 다음 각호의 기준에 의해 부여한다.

1. 청 서코드(3자리)

순수한 신규개업자(폐업후 재개업이 아닌 자)에게만 사업자등록번호 최초 부여관서의 청 서코드를 부여하며 관서간 세적이전， 관할구역 변경의 경우에는 청 서코드를 변경하지 아니한다.

2. 개인 법인 구분코드(2자리)

가. 개인구분 코드

(1) 개인과세사업자는 특정 동 구별없이 01부터 79까지를 순차적으로 부여

(2) 개인면세사업자는 산업 구분없이 90부터 99까지를 순차적으로 부여

(3) 소득세법 제1조 제3항에 해당하는 법인이 아닌 종교 단체 89

(4) 소득세법 제1조 제3항에 해당하는 자로서 "(3)"이외의자(아파트관리사무소 등) 및 영 제7조 제6항의 규정에 의하여 등록한 다단계판매원 80

나. 법인성격코드：법인에 대하여는 성격별 코드를 구분하여 사용한다.

(1) 영리법인의 본점 81， 86， 87

(2) 비영리법인의 본점 및 지점(법인격 없는 사단， 재단， 기타 단체중 법인으로 보는 단체를 포함) 82

(3) 국가， 지방자치단체， 지방자치단체조합 83

(4) 외국법인의 본 지점 및 연락사무소 84

(5) 영리법인의 지점 85

나. 관련 예규 (예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면4팀-3487 (2007.12.06)

【질의】

[내용]

- 본인은 경기도 부천시 소재 ○○침례교회에서 목사로 시무하던 중 2005년 6월 30일 교회명의로 되어 있는 대지와 건물을 어느 교인(개인) 명의로 소유권을 이전하였고, 이후 본인은 목사(시무)에서 물러났고 시무목사만 변경되었음

[질의]

- 상기와 같이 본인이 목사로 시무하던 중 양도한 교회명의 부동산에 대하여 당해 교회는 존속하고 있고 시무목사만 변경된 경우 본인을 부동산 양도자로 볼 수 있는지(교회 명의 부동산을 양도하는 경우 납세의무)

【회신】

1. 소득세법상 양도소득세가 과세되는 자산의 양도라 함은 「소득세법」 제88조의 규정에 따라 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도ㆍ교환ㆍ법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말하는 것임.

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 「국세기본법」 제13조 및 같은법 시행령 제8조에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것으로, 교회가 개인인 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것임.

3. 귀 질의의 교회가 개인(거주자)에 해당하는지는 교회의 조직구조, 운영형태 등을 종합하여 사실판단할 사항임.

○ 징세46101-162, 2001.02.17

【질의】

본 단체는 법인격 없는 단체로서 대표자(관리인)가 선임되어 있고 이익의 분배방법 및 비율이 없어 소득세법 제1조 제3항 및 기본통칙 1-1 ②에 의하여 1거주자에 해당함. 이 거주자의 무신고·무납부로 인하여 1996년부터 1999년까지 4년간의 소득에 대하여 과세하는 경우 과세방법에 대해 질의함. (1996. 12. 31 현재 대표자는 A, 1997. 12. 31 현재 대표자는 B, 1998. 12. 31 현재 대표자는 C, 1999. 12. 31 현재 대표자는 D, 대표자는 모두 자연인임)

〈갑설〉 각 과세기간별 세액을 과세기간 종료일 현재 대표자에게 각각 고지함(A, B, C, D에게 각각 해당세액을 고지).

（이유） 고지는 납세의무 성립일 현재 대표자에게 하는 것임.

〈을설〉 각 과세기간별 세액을 일괄하여 납세고지서 발송일 현재 대표자에게 함(고지서 발송일 현재 대표자인 D에게 일괄 고지).

（이유） 고지서는 납세의무가 있는 자에게 발송하는 것으로 본 건의 경우는 법인격없는 단체에 발송하는 것임. 다만, 대표자의 기재는 고지서의 송달을 위하여 편의상 기재하는 것임.

【회신】

법인으로 보는 단체외의 법인격없는 사단·재단·기타단체가 소득세법상 1거주자에 해당되는 경우에는 당해 단체의 대표자 또는 관리인은 납세의무자는 아니지만 그 단체의 납세의무를 이행하여야 할 책임은 있는 것이므로 그 단체에 대한 고지는 단체의 계속성·동질성이 유지되는 한 고지서 발송일 현재 대표자(관리인)에게 하는 것임.

○ 징세46101-2325, 1996.07.12

【질의】

본교회는 대한예수교장로회(합동측)새반석 교회입니다. 교회 설립은 1981년에 하였고 교인들이 헌금한 돈으로 1987년에 교회부지 2431㎡를 구입하고 그위에 교회를 건축하여 종교활동을 하여오고 있던중 1996년 5월 3일자로 교회부지 661㎡가 도로확장용으로 부산시 남구청에 수용이 되었습니다. 그 수용 보상금으로는 교회를 증축할려고 계획하고 있습니다. 또 교회가 정식비영리법인으로 등기되지는 않았으나 부산시 남구청에 종교단체(등록번호 21174-00701)로 등록이 되어 있습니다. 이러한 경우 국세기본법 제13조 제1항에 해당되어 법인세법을 적용 받을수 있는지.

【회신】

단체가 부동산에 관한 등기를 하기 위하여 부동산 등기법에 의하여 시장(구청장) 군수로부터 "부동산등기용 등록번호"를 부여받는 경우 이는 국세기본법 제13조 제1항 제1호에 규정한 "주무관청에 등록" 에 포함되지 아니함.

( 이 하 여 백 )