1. 질의내용 요약

○ 사실관계

▷ ○○기업은 임야 등을 매입하여 공장대지로 구획정리하여 “산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률”에 의하여 창업 중소기업에게 양도하는 부동산 매매업자임.

▷ ○○기업은 2006년 12월부터 2007년 12월까지 5개의 창업입주기업에게 계속 양도하고 있음

▷ 소득세법 제69조 제3항에 의하면 부동산매매업자의 토지등 매매차익 예정신고 시에는 같은법 제104조 제1항 각호에 의한 양도소득세 세율을 적용하게 되어 있고 같은법 제64조 【부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례】에 의하면 같은법 제104조 제1항 제2호의 3 내지 7에 해당하는 주택매매차익과 비사업용토지의 매매차익 경우에만 종합소득 산출세액과 양도소득 산출세액 중 많은 것을 적용하는 비교과세를 하고 있음

○ 질의내용

질의1] 소득세법 제69조 제3항의 부동산매매업자의 토지 등 매매차익 예정신고 시 적용하는 양도소득세율은 같은법 제64조에 의한 비교과세 적용 대상인 주택매매차익과 비사업용토지의 매매차익 경우에만 적용하는 것인지

질의2] 부동산매매업자의 경우 부동산 매매차익 전체에 대하여 예정신고 시에는 양도소득세율을 적용하여 예정신고 하고 확정 신고 시에 환급신청 하여야 하는지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제64조 【부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례】

① 부동산매매업을 영위하는 거주자(이하 “부동산매매업자”라 한다)로서 종합소득금액에 제104조 제1항 제2호의 3 내지 제2호의 7의 어느 하나에 해당하는 주택 또는 토지의 매매차익(이하 이 조에서 “주택등매매차익”이라 한다)이 있는 자의 종합소득산출세액은 다음 각 호의 세액 중 많은 것에 의한다.

1. 제55조 제1항의 규정에 의한 종합소득산출세액 (2003. 12. 30. 신설)

2. 다음 각 목에 따른 세액의 합계액 (2006. 12. 30. 개정)

가. 주택등매매차익에 제104조의 규정에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액

나. 종합소득과세표준에서 주택등 매매차익의 당해 연도분 합계액을 공제한금액을 과세표준으로 하고 이에 제55조의 규정에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액

○ 소득세법 제69조【부동산매매업자의 토지등 매매차익예정신고와 자진납부】

① 부동산매매업자는 토지 또는 건물(이하 “토지 등”이라 한다)의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2월이 되는 날까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 토지 등의 매매차익이 없거나 매매차손이 발생한 때에도 이와 같다. (2006. 12. 30. 개정)

② 제1항의 규정에 의한 신고를 “토지등 매매차익예정신고”라 한다.

③ 부동산매매업자의 토지등 매매차익에 대한 산출세액은 그 매매가액에서 제97조의 규정을 준용하여 계산한 필요경비를 공제한 금액에 제104조 제1항 각 호에 규정하는 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

④ 부동산매매업자가 제1항의 규정에 의하여 토지 등 매매차익 예정신고와 함께 자진납부를 한 때에는 그 산출세액에서 신고ㆍ납부한 매매차익에 대한세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제(이하 “토지 등 매매차익 예정신고 납부세액공제”라 한다)한다. (1994. 12. 22. 개정)

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매 사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산

양도소득과세표준 세율

1천만원 이하 과세표준의 100분의 9

1천만원 초과 4천만원 이하 90만원 ＋ 1천만원을 초과하는 금액의 100분의 18

4천만원 초과 8천만원 이하 630만원 ＋ 4천만원을 초과하는 금액의 100분의 27

8천만원 초과 1천710만원 ＋ 8천만원을 초과하는 금액의 100분의 36

2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년이상 2년 미만인 것 (2003. 12. 30. 개정)

양도소득과세표준의 100분의 40

2의 2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것 (2003. 12. 30. 신설)

양도소득과세표준의 100분의 50

2의 3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) (2003. 12. 30. 신설)

양도소득과세표준의 100분의 60

2의 4. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다)

양도소득과세표준의 100분의 60

2의 5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 (2005. 12. 31. 신설)

양도소득과세표준의 100분의 50

2의 6. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를제외한다)

양도소득과세표준의 100분의 50

2의 7. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지 (2005. 12. 31. 신설)

양도소득과세표준의 100분의 60

○ 소득세법 제55조 【세 율】

① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 당해연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “종합소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.

종합소득과세표준 세 율

1천만원 이하 과세표준의 100분의 8

1천만원 초과 4천만원 이하 80만원 ＋ 1천만원을 초과하는 금액의 100분의 17

4천만원 초과 8천만원 이하 590만원 ＋ 4천만원을 초과하는 금액의 100분의 26

8천만원 초과 1천630만원 ＋ 8천만원을 초과하는 금액의 100분의 35

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판, 판례)

○ 서면1팀-365, 2006.03.20

1. 토지 등 매매차익 예정신고는 매매일이 속하는 달의 말일부터 2월이되는 날까지 신고하여야 하는 것임.

2. 부동산매매업의 수입시기(매매일)는 대금청산일이나 대금청산 전에 소유권이전을 등기ㆍ등록하거나 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 등기ㆍ등록일 또는 사용수익일이 수입시기가 되는 것이며, 동 수입시기에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액이 총수입금액이 되는 것임.

○ 서면1팀-434, 2006.04.05

부동산매매업자가 재고자산인 토지 등을 매매하고 소득세법 제69조의 규정에의해 그 매매일이 속하는 달의 말일부터 2월 이내에 토지 등의 매매차익예정신고와 함께 자진납부를 하는 경우에는 그 산출세액에서 신고ㆍ납부한매매차익에 대한 세액의 100분의 10을 공제하게 되는 것이며,

당해 연도에 대한 소득세과세표준확정신고 및 자진납부시에 당해 예정신고납부시 공제받은 예정신고납부세액공제액은 종합소득산출세액에서 공제하는세액공제액에 포함되는 것임.

○ 소득46011-2931, 1996.10.22

토지 등 매매차익에 대한 산출세액은 그 실지매매가액에서 소득세법 제97조(양도소득의 필요경비계산)의 규정을 준용하여 계산한 필요경비를 공제한금액에 같은법 제104조 제1항 각호의 세율(양도소득세율)을 곱하여 계산한금액으로 하는 것임.(소득세법 제69조 제3항)