1. 질의내용

가. 사실관계

- 2006. 10월 ○○공사로부터 건물을 매입한 대가로 2006년 10월에 계약금과 2007년 2월에 잔금을 지출하고 당해 건물을 2006년 10월부터 현재까지 제3자에게 관리 위탁하여 사용료를 징수하고 있는 경우 임.

<추진현황>

 ․ 2006.10.31 서울시가 SH공사로부터 건물매입 계약체결

 ․ 총 건물대금 46,XXX백만 원(부가세 4,XXX백만 원 포함) 중 계약금 25,XXX백만 원 지급(매입세금계산서 수취)

 ․ 2007.02. 13 잔금 21,XXX백만 원 지급(매입세금계산서 수취)

 ․ 2007.02. 15 소유권 이전.

* 2007. 01. 01자로 과세전환으로 고유번호증(104-83-000XXX)을 반납하고 같은 번호로 사업자등록증 교부 받음.

* SH공사로부터 받은 매입세금계산서는 신고하지 않음

- 2006. 10. 1 ‘서울시 출연기관인 서울○○○○진흥원에 당해 건물관리 위탁, 임대기간(‘06.10.01~07.09.30) 부가가치세 징수하지 않았으며, 사용료만 금년 7월에 소급 징수하였음,(매출세금계산서 발행 안함)

 ․ 지방재정법시행령 및 서울시공유재산관리조례(‘06.1.1시행)개정에 따라 “행정재산에 대한 출연기관의 무상사용 근거 규정“이 폐지되어 업무를 숙지하지 못하던 해당 과에서 ’07년 7월에 건물 사용료(부가세 제외)를 소급 징수하였음.

 ․ 사용료 부과대상 기간 : ‘06.10.01~07.12.31) 총 615,095 원 징수함

 ․ ‘07.10.01 서울○○○○진흥원과 연장계약 체결(임대기간:07.10.01~’08.12.31)

 ․ ‘08년 1년분 사용료는 내년 1월에 징수예정 (금년 10월~12월 사용료는 1차년도 임대기간에 따른 사용료 징수 시 미리 받았음)

나. 질의내용

  재경부 질의회신에 국가 또는 지자체가 면세사업용 감가상가자산을 과세사업에 전용하는 경우 부가가치세법 제17조 제6항 규정이 적용된다고 하였으나 부칙<제8142, 2006.12.31> 제4조 동법 개정규정은 면세사업에 사용․소비되는 감가상각자산을 이 법 시행 후 최초로 과세사업에 사용․소비하는 분부터 적용한다고 명시되어 있는 바, ‘07년 이전에 취득한 감가상각자산(예: 5년 전에 취득한 건물)을 ’2007. 1. 1 이후 과세사업으로 사용할 경우에도 해당되는 지 여부

(갑 설) 상기 건물취득 대가로 지불한 ‘06년 계약금과 ’07년 잔금에 대한 매입세액 공제를 부가가치세법 시행령 제63조 규정에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용․소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제 할 수 있다.

(을 설) 상기 건물취득 대가로 지불한 ‘06년 계약금은 고유번호로 수취한 것으로 등록전 매입세액에 해당되어 매입세액을 공제하지 아니하는 것이며, 국가 또는 지방자치단체가 ’07.01.01 이후 과세사업자로 전환되어 사업자등록 이후에 수취한 ‘07년 잔금 분에 대하여 부가가치세법 시행령 제63조 규정에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용․소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제 할 수 있다.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다. (1999. 12. 28. 개정)

⑥ 제2항 제4호의 규정에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화를 과세사업에 사용하거나 소비하는 때에는 그 사업자는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다. (2006. 12. 30. 신설)

⑦ 제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2006. 12. 30. 항번개정)

○ 부가가치세법 시행령 제63조 【면세사업용 감가상각자산의 과세사업용 전환 시 공제되는 매입세액의 계산】

① 사업자가 법 제17조 제6항에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 때에 공제하는 세액은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 각 호 외의 부분 후단을 준용한다. (2007. 2. 28. 신설)

1. 건물 또는 구축물

공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 × (1 － 5/100 × 경과된 과세기간의 수)

2. 기타의 감가상각자산

공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 × (1 － 25/100 × 경과된 과세기간의 수)

② 사업자가 법 제17조 제6항에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하거나 소비하는 때에 공제하는 세액은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한 금액으로 하되, 그 과세사업에 의한 과세공급가액이 총공급가액 중 100분의 5 미만인 경우에는 공제세액이 없는 것으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 각 호 외의 부분 후단을 준용한다.

1. 건물 또는 구축물

공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 × (1 － 5/100 × 경과된 과세기간의 수) × (과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 속하는 과세기간의 과세공급가액/과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 속하는 과세기간의 총공급가액)

2. 기타의 감가상각자산

공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 × (1 － 25/100 × 경과된 과세기간의 수)×(과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 속하는 과세기간의 과세공급가액/과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 속하는 과세기간의 총공급가액)

③ 제2항을 적용함에 있어서 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 그 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순서에 의한다. 다만, 취득 시 면세사업과 관련하여 매입세액이 공제되지 아니한 건물을 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액에 대한 과세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 과세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 과세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

④ 제3항에 따라 안분계산한 매입세액을 공제한 경우에는 면세사업용 감가상각자산의 과세사업용 사용ㆍ소비로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각 호의 산식에 따라 정산한다.

1. 제3항 제1호 및 제2호에 따라 공제매입세액을 안분계산한 경우

가. 건물 또는 구축물

가산 또는 공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 × (1 － 5/100 × 경과된 과세기간의 수) × (과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 과세공급가액/과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액) － 기공제 매입세액

나. 기타의 감가상각자산

가산 또는 공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 × (1 － 25/100 × 경과된 과세기간의 수) × (과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 과세공급가액/과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액) － 기공제 매입세액

2. 제3항 제3호에 따라 공제매입세액을 안분계산한 경우

가산 또는 공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 × (1 － 5/100 × 경과된 과세기간의 수) × (과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 과세사용면적/과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총사용면적) － 기공제 매입세액

⑤ 사업자가 법 제17조 제6항에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용ㆍ소비하는 때에는 동 과세사업에 사용ㆍ소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고와 함께 재정경제부령이 정하는 과세사업전환 감가상각자산신고서에 의하여 각 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

⑥ 제1항 내지 제4항에 따라 경과된 과세기간의 수를 계산함에 있어서 과세기간 개시일 후에 감가상각자산을 취득하는 경우에는 그 과세기간 개시일에 그 재화를 취득한 것으로 본다.

○ 관련 예규

【서면3팀-1869, 2007.07.02 】

사업자가 「부가가치세법 시행령」 제15조 제1항 제1호의 규정에 의하여 면세전용으로 과세된 감가상각자산을 2007.1.1. 이후 부가가치세 과세사업에 사용 또는 소비하게 되는 경우 같은 법 제17조 제6항 및 같은 법 시행령 제63조의 규정에 의하여 그 과세사업에 사용 또는 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있는 것임.