1. 질의내용 요약

○ 사실관계

조세특례제한법 제85조의 2를 적용함에 있어 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시예정지역(진천)내에서 제조업을 영위하는 법인이 개별예정지구 밖으로 이전하기 위하여 법인 소유 부동산중 토지에 대하여는 2007.12월에 수용 합의하여 대금을 수령한 후 소유권을 이전하고 건축물에 대하여는 2008년 중 소유권 이전예정이며 2009년 안으로 신 공장을 요건에 해당하는 지역으로 이전 예정임

○ 질의요지

이 경우 조특법 제85조의 2 개정 (혁신도시포함, 2007.12.31 개정) 규정이 적용 가능한 지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조특법 제85조의 2 【행정중심복합도시ㆍ혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례】 (2007. 12. 31. 제목개정)

① 「신행정수도 후속대책을 위한 연기ㆍ공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」에 따른 행정중심복합도시 예정지역 또는 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」에 따른 혁신도시 개발예정지구(이하 이 조에서 “행정중심복합도시등”이라 한다) 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 대통령령이 정하는 행정중심복합도시등 밖(이하 이 조에서 “지방”이라 한다)으로 이전하기 위하여 해당 공장의 대지와 건물을 2009년 12월 31일 이전까지 동법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 다음 각 호에 해당하는 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 과세이연을 받을 수 있다. (2007. 12. 31. 개정)

1. 내국법인 : 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액계산의 경우 익금에 산입하지 아니하는 방법. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도의 기간 동안 균등액 이상을 익금에 산입하여야 한다. (2006. 12. 30. 신설)

2. 거주자 : 대통령령이 정하는 바에 따라 과세이연을 받는 방법 (2006. 12. 30. 신설)

② 제1항의 규정을 적용받은 내국인이 대통령령이 정하는 바에 따라 지방으로 이전하지 아니하거나 해당 공장 양도일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐지 또는 해산한 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산의 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나 과세이연받은 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 할 금액에 대하여는 제33조 제3항 후단의 규정을 준용한다. (2006. 12. 30. 신설)

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용하는 경우 양도차익명세서의 제출 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2006. 12. 30. 신설)

부 칙 (2007. 12. 31. 법률 제8827호)

제1조 【시행일】

이 법은 2008년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제106조의 4부터 제106조의 6까지 및 제126조의 3의 개정규정은 2008년 7월 1일부터 시행하고, 제100조의 14부터 제100조의 26까지 및 제122조 제5항의 개정규정은 2009년 1월 1일부터 시행한다.

제22조 【행정중심복합도시등 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례에 관한 적용례】

제85조의 2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 이전하거나 양도하는 분부터 적용한다.

○ 조특법 시행령 제79조의 3 【행정중심복합도시ㆍ혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례】 (2008. 2. 22. 제목개정)

① 법 제85조의 2 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 행정중심복합도시등 밖”이란 「신행정수도 후속대책을 위한 연기ㆍ공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」 제2조에 따른 행정중심복합도시 예정지역 또는 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」에 따른 혁신도시 개발예정지구(이하 이 조 및 제79조의 8에서 “행정중심복합도시등”이라 한다) 밖으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 지역(이하 이 조에서 “지방”이라 한다)을 말한다. (2008. 2. 22. 개정)

1. 수도권과밀억제권역 (2007. 2. 28. 신설)

2. 부산광역시(기장군을 제외한다)ㆍ대구광역시(달성군을 제외한다)ㆍ광주광역시ㆍ대전광역시 및 울산광역시의 관할구역. 다만, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지를 제외한다. (2007. 2. 28. 신설)

부 칙 (2008. 2. 22. 대통령령 제20620호)

제1조 【시행일】

이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제106조의 9부터 제106조의 11까지 및 제121조의 3 제7항ㆍ제10항ㆍ제11항의 개정규정은 2008년 7월 1일부터 시행하고, 제2장 제10절의 3(제100조의 15부터 제100조의 27까지) 및 제117조의 개정규정은 2009년 1월 1일부터 시행한다.

제9조 【행정중심복합도시ㆍ혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례에 관한 적용례】

제79조의 3의 개정규정은 개정법률 시행 후 최초로 이전하거나 양도하는 분부터 적용한다.

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 법규과-5861(07.12.21) 행정복합도시 내 공장 지방이전 과세특례 적용여부

행정중심복합도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하던 내국법인이 행정중심복합도시 외의 지방으로 이전하기 위하여 「신행정수도 후속대책을 위한 연기․공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」에 따라 해당 공장의 대지와 건물을 2009.12.31.이전까지 동법에 따른 사업시행자에게 양도하는 경우에는 「조특법」(법률 제8146호,2006.12.30. 개정) 부칙 제23조의 규정에 따라 2007.1.1. 이후 최초로 지방으로 이전하는 분부터 같은 법 제85조의 2의 규정에 의한 과세특례를 적용받을 수 있는 것이며

해당 공장의 대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 양도차익 외에 기계장치 이전 및 영업손실과 관련하여 사업시행자로부터 지급받는 보상금에 대하여는 동 규정에 의한 과세특례를 적용받을 수 없는 것입니다.