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1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 2006년까지 A는 중소기업에 해당되다가 2007년중에 A(합병법인)는 B피합병법인)을 흡수합병(합병등기일: 2007.01.02.)하여 합병 후 A1은 중소기업기준을 초과하여 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항에 의해 유예기간 적용대상이며, A법인의 상호를 A1이 그대로 사용하고 있음.

- A1(합병법인)은 C(피합병법)인을 흡수합병(합병등기일:2007.8.31일)하여 A2(존속법인)가 되었으며, C는 2003 매출액이 초과되어 2006년까지 유예기간 적용대상으로 중소기업으로 판정되었으며 2007년 합병등기 직전일까지 매출액을 환산한 결과 중소기업에 해당되되며, A1상호를 A2가 사용

○ 질의요지

유예기간 적용대상이던 A1(합병법인)이 C(흡수합병법인)을 흡수합병한 A2(존속법인)가 자본금 및 종업원수 초과로 중소기업기준에 해당되지 않을 경우, A2가 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항에 따라 유예기간 적용대상이 되는 지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】

① 「조세특례제한법」(이하 “법”이라 한다) 제4조 제1항에서 “대통령령이 정하는 중소기업”이라 함은 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 광업, 건설업, 제5조 제6항의 규정에 의한 엔지니어링사업, 제5조 제8항의 규정에 의한 물류산업, 「해운법」에 의한 선박관리업, 운수업중 여객운송업, 어업, 도매업, 소매업, 전기통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업, 제54조 제1항의 규정에 의한 자동차정비공장을 운영하는 사업, 「의료법」에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 폐기물처리업(「폐기물관리법」에 의한 폐기물처리업 및 「건설폐기물의 재활용촉진에 관한 법률」에 의한 건설폐기물처리업을 말하되, 「폐기물관리법」 제46조의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재활용하는 경우를 포함한다. 이하 같다), 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」에 따른 폐수처리업(이하 “폐수처리업”이라 한다), 「하수도법」에 따른 분뇨수집ㆍ운반업 및 개인하수처리시설관리업, 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 따른 가축분뇨수집ㆍ운반업, 가축분뇨처리업 및 가축분뇨시설관리업, 작물재배업, 축산업, 과학 및 기술서비스업, 포장 및 충전업, 영화산업(영화 및 비디오 제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업, 영화 배급업에 한하며, 이하 “영화산업”이라 한다), 공연산업, 전문디자인업, 뉴스제공업, 광고업, 「무역거래기반 조성에 관한 법률」에 의한 무역전시산업, 제6조 제3항의 규정에 따른 직업기술분야 학원, 「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업을 제외한다), 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업 및 제6조 제4항의 규정에 따른 토양정화업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. (2007. 11. 30. 개정 ; 수질환경보전법 시행령 부칙)

1. 상시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것 (2005. 2. 19. 개정)

2. (삭제, 2000. 12. 29.)

3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호의 규정에 적합할 것 (2005. 2. 19. 개정)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다. (2006. 2. 9. 개정)

1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우 (2005. 2. 19. 개정)

2. 유예기간 중에 있는 법인과 합병하는 경우 (2000. 12. 29. 개정)

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우 (2000. 12. 29. 개정)

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 (2006. 2. 9. 개정)

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다. (2000. 12. 29. 개정)

④ 제1항 각호 외의 부분 단서 및 동항 제1호의 규정에 의한 상시 사용하는 종업원수ㆍ자기자본ㆍ자본금ㆍ매출액 및 자산총액의 계산에 관하여 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다. (2002. 12. 30. 개정)

⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기업이 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 개정으로 인하여 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. (2006. 2. 9. 개정)

조세특례제한법 기본통칙 4-2…5 【중소기업유예기간의 적용범위】

① 중소기업의 주된 사업이 중소기업 해당업종인 다른 업종으로 변경됨으로써 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 영 제2조 제2항의 규정에 의한 유예기간을 적용한다. 다만, 주된 사업이 중소기업 해당사업이 아닌 사업으로 변경되어 중소기업에 해당하지 않는 경우에는 그러하지 아니하다. (2002. 4. 15. 신설)

② 영 제2조 제2항 본문의 규정에 의한 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 다른 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일이 속하는 과세연도부터 이를 중소기업으로 보지 아니한다.

나. 기질의 회신사례(예규, 심판, 판례 등)

○ 서면2팀-154, 2004.02.04

중소기업 유예기간 중의 법인이 다른 중소기업과 합병하는 경우 ‘중소기업유예기간의 적용여부’에 대하여 조세특별제한법기본통칙 4-2…5［중소기업유예기간의 적용범위］ 제2항의 내용을 참고하기 바람.

○ 법인46012-1905, 2000.09.09.

조세특례제한법시행령 제2조 제2항 본문의 규정을 적용받는 법인이 다른 중소기업과 합병한 경우에는 합병일이 속하는 과세연도 개시일부터 중소기업에서 제외되는 것이므로, 중소기업에서 제외되는 합병일이 속하는 과세연도분부터는 조세특례제한법 제19조를 적용하지 않는 것이며,

합병시 피합병법인의 공제세액중 미공제된 이월공제 세액은 합병후 존속하는 법인이 피합병법인의 세액공제요건을 그대로 승계한 경우에 한하여 당해 법인이 조세특례제한법 제144조의 규정에 따라 세액공제의 이월공제를 적용하는 것임.