1. 질의내용 요약

○ 사실관계

조특법 제104조의 10[해운기업에 대한 법인세과세표준계산특례] 및 톤세 업무처리지침의 적용범위에 있어 명확한 해석이 없음

1) 기부금 한도액 계산시 소득금액

2) 기존의 감가상가계산 특례 적용자산 보유

3) 기존의 선박화재로 인한 보험금 수령분으로 선박취득 해당분에 대하여 일시상각충당금으로 계상하고 익금불산입한 금액중 선박을 대체취득함

○ 질의요지

1) 기부금 한도액 계산시 소득금액기준 여부

2) 동 특례 적용자산은 해운소득인지, 비해운소득인지 여부

3) 동 대체취득 선박에 대한 감가상각비 해당분을 2005년 법인세 신고시 비해운소득으로 보아 손금불사입하는지, 해운소득으로 보아 아무런 조정이 필요없는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제24조【기부금의 손금불산입】

① 내국법인이 각 사업년도에 지출한 기부금중 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선·학술등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 "지정기부금"이라 한다)중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 사업년도의 소득금액(제2항의 규정에 의한 기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)

2. 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입되는 기부금과 제13조제1호의 규정에 의한 결손금의 합계액

② 제1항 및 제29조의 규정은 다음 각호의 기부금(이하 "법정기부금"이라 한다)에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 법정기부금을 합한 금액이 당해 사업년도의 소득금액에서 제13조제1호의 결손금을 차감한 후의 금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "법정기부금의 손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 당해 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. <개정 2005.12.31, 2006.3.24>

1. 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액. 다만, 「기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률」의 적용을 받는 기부금품은 동법 제5조제2항의 규정에 의하여 접수하는 것에 한한다.

2. 국방헌금과 국군장병 위문금품의 가액

3. 천재·지변으로 생기는 이재민을 위한 구호금품의 가액

4. 다음 각 목의 기관(병원을 제외한다)에 시설비·교육비·장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금

가. 「사립학교법」에 의한 사립학교

나. 비영리교육재단(사립학교의 신축·증설, 시설확충 그 밖에 교육환경 개선을 목적으로 설립된 비영리 재단법인에 한한다)

다. 「기능대학법」에 의한 기능대학

라. 「평생교육법」에 의한 원격대학형태의 평생교육시설

마. 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」에 의하여 설립된 외국교육기관

바. 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 의한 산학협력단

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하지 아니한 지정기부금의 손금산입한도액 초과금액 및 법정기부금의 손금산입한도액 초과금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업년도의 다음 사업년도의 개시일부터 3년(법정기부금의 경우에는 1년)이내에 종료하는 각 사업년도에 이월하여 이를 손금에 산입한다. <개정 2005.12.31>

○ 조특법 제30조 【감가상각비의 손금산입특례】

① 내국인이 사업에 사용하기 위하여 대통령령이 정하는 고정자산을 2004년 6월 30일까지 취득하거나 투자를 개시하는 경우 당해 고정자산에 대한 감가상각비는 각 과세연도의 결산을 확정함에 있어서 손비로 계상하였는지 여부와 관계없이 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의한 손금산입특례를 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 취득시기, 투자의 개시시기, 감가상각비의 손금계상방법 및 상각범위액을 초과하는 금액의 처리방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

○ 조특법 제104조의 10【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례】

① 내국법인중 「해운법」상 외항운송사업의 영위 등 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 해운기업(이하 이 조에서 "해운기업"이라 한다)의 법인세 과세표준은 2009년 12월 31일까지 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 합한 금액으로 할 수 있다. <개정 2006.12.30>

1. 외항운송활동과 관련된 대통령령이 정하는 소득(이하 이 조에서 "해운소득"이라 한다)에 대하여는 법인세법 제13조 내지 제54조의 규정에 불구하고 선박별로 다음 산식을 적용하여 계산한 개별선박표준이익의 합계액(이하 이 조에서 "선박표준이익"이라 한다)

개별선박표준이익 ＝ 개별선박순톤수 × 1톤당 1운항일이익 × 운항일수 × 사용률

2. 해운소득외의 소득(이하 이 조에서 "비해운소득"이라 한다)에 대하여는 법인세법 제13조 내지 제54조의 규정에 의하여 계산한 금액

② 제1항의 규정에 의한 해운기업의 과세표준 계산의 특례(이하 이 조에서 "과세표준계산특례"라 한다)를 적용받고자 하는 법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 과세표준계산특례 적용을 신청하여야 하며, 과세표준계산특례를 적용받고자 하는 사업연도부터 연속하여 5사업연도(이하 "과세표준계산특례적용기간"이라 한다)동안 과세표준계산특례를 적용받아야 한다.

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어 비해운소득에서 발생한 결손금은 선박표준이익과 통산하지 아니하며, 해운소득에 대하여는 이 법, 국세기본법 및 조약과 제3조제1항 각호에 규정된 법률에 의한 비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제 등의 조세특례를 적용하지 아니한다.

④ 해운소득에 법인세법 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 소득이 포함되어 있는 경우 그 소득에 대한 원천징수세액은 법인세의 산출세액에서 기납부세액으로 공제하지 아니한다.

⑤ 과세표준계산특례 적용을 받기 전에 발생한 이월결손금은 제1항 각호의 금액 계산시 공제하지 아니한다.

⑥ 과세표준계산특례를 적용받고 있는 법인이 과세표준계산특례적용기간동안 제1항의 규정에 의한 요건을 2사업연도 이상 위반하는 경우에는 2회째 위반하게 된 사업연도부터 당해 과세표준계산특례적용기간의 잔여기간과 다음 5사업연도기간은 과세표준계산특례를 적용받을 수 없다. <개정 2005.12.31>

⑦ 과세표준계산특례를 적용받는 내국법인이 법인세법 제63조제4항의 규정에 따라 중간예납을 하는 경우 중간예납의 과세표준은 제1항 내지 제5항의 규정에 의하여 계산한 금액으로 하고, 동법 제63조제4항제1호 및 제2호의 규정은 비해운소득과 관련된 부분에 한하여 이를 적용한다.

⑧ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 1톤당 1운항일이익은 선박톤수, 해운기업의 운항소득, 법인세 납부실적 및 외국의 운영사례 등을 감안하여 선박의 1톤당 30원을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령으로 정한다.

⑨ 운항일수, 사용률 등 개별선박표준이익의 계산, 과세표준계산특례를 적용받지 아니하고 법인세법을 적용받게 되는 경우 각 사업연도 소득의 계산방법, 구분경리 방법 등 과세표준계산특례 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.