1. 질의내용 요약

□ 질의내용

질의1. 당사는 2007.12.2부터는 ◇◇복권 시스템 운영사업 중 복권발매와 관련된 업무를 중단 예정, 2008.5월말에는 ◇◇복권 시스템 운영사업의 사후관리 업무도 중단 예정으로

◇◇복권 시스템 운영사업의 해외진출 모색 동 운영사업의 재개를 위한 시장조사, 기술개발, 정보수집, 해외의 시스템 운영사업을 위한 제반 활동 등의 업무를 지속할 예정으로 임시특별세액감면 적용대상 사업에 해당하는지 여부

질의2. ◇◇복권 시스템 운영사업 계약기간이 종료된 후, ◇◇복권 시스템 운영사업은 영위하지 못하더라도 ◇◇복권 시스템 운영과 한국표준산업분류상 세분류가 동일한 컴퓨터시스템 설계 및 자문업(72100)에 해당하는 사업을 추가하여 시작하는 경우 본사의 지방이전 전 사업의 계속 영위로 보아 감면기간 내에서 세액감면을 적용받을 수 있는지 여부

□ 사실관계

(1) 회사개요

- 1988.7월 설립, 1990년 즉석식 주택복권을 시작으로 각 종 즉석식 복권· 판촉경품권을 제작·납품하여 왔음.

- 당사는 2002.6월 온라인 복권운영기관인 △△은행과 온라인연합복권(◇◇복권이라 함) 시스템 구축 및 운영용역제공계약을 체결하고 온라인연합복권 시스템을 구축하고 이를 운영하고 있음,

- 2003.8월 본사를 서울에서 천안으로 이전, 2003사업년도부터 조특법 제63조의 2의 법인의 공장 및 본사의 수도권 외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면을 적용받고 있음.

(2) 복권시스템 운영사업 중 복권발매 업무 등의 중단

- 당사와 온라인 복권운영기관(△△은행)간에 체결된 계약에 의해 02.12.2~09.12.1임에도 불구, 조달청과 복권운영기관(△△은행)간에 체결된 계약에는 2007.12.1까지로 되어 있어

- 조달청이 새로운 시스템운영사업자를 선정하기 위해 2007.6.19 입찰공고, 다른 사업자 수행결정

 ․ 입찰조건 ; 정부와 소송진행중인 당사는 참가 불가

- 2006.12.2부터 복권발매 업무 중단예정, 2008.5월말에 복권시스템 운영사업의 사후관리 업무도 중단예정

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제63조의 2 【법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면】 (2002. 12. 11. 제목개정)

① 다음 각호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “수도권외 지역이전법인”이라 한다)은 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 소비성서비스업, 대통령령이 정하는 부동산업 및 건설업을 영위하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다. (2006. 12. 30. 단서개정)

1. 수도권과밀억제권역 안에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것 (2003. 12. 30. 개정)

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권외의 지역(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의한 산업단지에 한한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령이 정하는 바에 따라 2008년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나 수도권외의 지역에 2011년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2008년 12월 31일까지 보유하고 2008년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 이전계획서를 제출하는 경우에 한한다) (2005. 12. 31. 개정)

나. 관련 예규(판례, 심사·심판예, 예규)

○ 서면2팀-1131,2005.7.19

【제목】

수도권과밀억제권역 안에서 5년 이상 계속하여 본점을 둔 법인이라 함은 사실상 휴업기간 없이 정상적인 영업활동(준비기간 포함)을 한 경우 당해 기간을 포함하는 것임.

【질의】

수도권 과밀억제권역 안에서 5년 이상 계속하여 본점을 둔 법인이라 함은 본사의 이전등기일로부터 소급하여 5년 이상 계속하여 ‘사업을 영위한 실적’이 있는 법인을 말하는 것으로서 ‘사업을 영위한 실적’에 사업을 준비하는 기간도 포함하는지.

【회신】

귀 질의 내용과 같이 「조세특례제한법」 제63조의 2(2003.12.11. 개정 전)에서 과밀억제권역 안에 5년 이상 계속하여 본점을 둔 법인이라 함은 본사의 이전등기일로부터 소급하여 5년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있는 법인을 말하는 것으로써,

정보처리 및 컴퓨터 운용관련업을 영위하는 법인이 온라인연합복권시스템 운영사업에 대한 기술도입계약, 해외 기술연수 및 시장조사, 데이터센터 구축에 관련된 연구 및 개발활동 등 사실상 휴업기간 없이 정상적인 영업활동(준비기간을 포함)을 한 경우 당해 기간을 포함하는 것이며 주택건설업의 경우 법인설립 후 토지매입, 사업계획승인, 공사착공 등 사실상 휴업기간 없이 정상적인 영업활동을 하는 기간을 포함하는 것임.

○ 서면2팀-2019,2005.12.9

【제목】

법인본사 지방이전의 감면소득은 이전 전 수도권 안에서 영위하는 업종과 이전 후에 영위하는 업종이 동일한 경우 동규정의 세액감면을 적용 받을 수 있음

【질의】

(사실관계)

ｏ 수도권 과밀억제권역 안에 3년 이상 계속하여 본점을 둔 법인이 수도권외의 지역으로 이전하여 법규정대로 사업을 개시하였음.

ｏ 이전법인이 영위하는 사업내용은 다음과 같은 3가지로 구분 할 수 있음.

- 이전 전 수도권 안에서 영위하던 사업소득

- 이전 후 새로 시작한 추가사업소득

- 자본거래, 증여 등 사업외에서 발생하는 소득

ｏ 조세특례제한법 제63조의 2 제2항 제2호 가목에는 “토지 및 건물의 양도차익을 차감한 금액”이라고 규정하여 부동산의 양도차익이외의 소득에 대하여는 아무런 감면제한 규정이 없음.

(질의내용)

ｏ (질의 1)의 경우

이전 후 새로 시작한 추가사업소득에 대하여도 법인세 감면 대상소득이 되는 지 여부

ｏ (질의 2)의 경우

수도권외 이전법인의 과세표준에 포함된 자본거래와 수증가액(무상으로 받은 자산가액)에 대하여도 법인세의 감면이 되는지 여부

【회신】

귀 질의의 경우 수도권과밀억제권역 안에 본사를 두고 3년 이상 사업을 영위한 법인이 조세특례제한법 제63조의 2의 감면규정을 적용함에 있어서 한국표준산업분류표상 세분류를 기준으로 본사의 이전등기일로부터 소급하여 3년간 영위하던 업종과 이전 후에 영위하는 업종이 동일한 경우 동 규정의 세액감면(자산수증익 등 제외)을 적용받을 수 있는 것임.

○ 서면2팀-720(2005.5.24)

당사자간 약정내용에 관한 다툼이 있어 잠정적인 용역대가가 수수되고 대가확정을 위한 소송이 진행중인 경우, 잠정대가인 수수료에서 부가가치세 상당액을 차감한 금액을 당해 연도 수입금액으로 하고 법원이 판결이 확정되는 날이 속하는 사업연도에 증감액을 익금과 손금에 반영하는 것임.

【질의】

(사실관계)

당 법인은 2002.6.24. 온라인 복권운영기관인 ○○은행(이하 “은행”)과 온라인연합복권시스템 구축 및 운영용역제공계약(이하 “계약”)을 체결하고 온라인연합복권시스템을 구축하고 이를 운영하고 있음. 이건 관련계약에 따르면 당 법인은 7년간의 계약기간 동안 온라인복권 매출액의 9.523％(부가세 포함)를 용역의 대가로 받을 수 있고 실제 계약체결일부터 2004.4.28.까지의 기간중의 매출에 대하여 9.523％를 용역대가로 수취하여 왔음.

그러나 복권의 매출액이 당초 정부가 추정했던 수치를 크게 상회하고 그에 따라 수수료 금액이 급증하자 정부는 수수료를 줄이기 위하여 「복권 및 복권기금법」을 제정하여 복권위원회에서 수수료의 최고한도를 정할 수 있도록 하였으며, 복권위원회는 온라인복권발매시스템의 운용에 관한 수수료의 최고한도를 매회 매출액의 4.9％(부가세 포함)로 결정고시하였음.

한편, 시스템운용 용역제공자인 당 관련법인과 은행의 계약내용 중에 “수수료는 계약기간에도 불구하고 ‘관계법령에 의한 통제가격, 정부 등의 규제가격, 인ㆍ허가 또는 고시가격, 세법 등이 변경된 때’ 상호협의하여 조정할 수 있다”고 규정하고 있음. 은행은 복권위원회가 고시한 수수료의 최고한도를 고시가격으로 보고 수차 수수료의 인하를 요구하였으나 당 관련법인이 이에 응하지 않자 2004.5.2. 고시 발효일인 2004.4.29. 이후의 복권판매에 대한 수수료를 3.144％(부가세 포함)로 적용하겠다는 의사를 일방적으로 표시하고 실제 3.144％의 수수료지급하고 세금계산서를 수수하고 있음.

이에 대하여 당 관련법인은 은행을 상대로 당초 계약이 정한 수수료율(9.523％)을 적용하여야 한다는 민사소송과 복권위원회의 고시가 헌법이 보장한 계약자유원칙 등을 침해하였다는 취지의 위헌심판청구와 복권위원회의 수수료를 최고한도 고시의 취소를 구하는 행정소송을 제기하여 해당 소송들은 계류 중이 있으며, 소송결과는 현재 예측이 불가능한 상태임.

(질의내용)

위와 같이 계약에 의하여 온라인복권판매시스템 관리용역을 제공하고 수수료를 받는 계약기간중에 관계법령에서 계약상 정해진 금액 미만으로 용역대가의 최고한도가 정해진 경우에, 거래당사자간에 용역대가를 확정하지 못하고 소송 중인 상태에서 잠정가액을 수수하는 경우 법인세법상 수익금액 및 손익의 귀속시기는.

【회신】

당사자간의 계약에 의하여 용역제공 대가가 수수되던 중에, 신설된 법률에 의하여 용역제공 대가의 지급한도액이 규정되었으나 당사자간의 약정내용에 대한 다툼으로 인하여 잠정적인 용역대가가 수수되고 용역대가확정을 위한 소송이 진행 중인 경우

잠정대가인 수수료에서 부가가치세상당액을 차감한 금액을 해당 가액이 귀속되는 사업연도의 수입금액으로 하는 것이며, 법원의 판결에 따라 수수료가 증액 또는 감액되는 경우 그 증액 또는 감액되는 금액은 판결이 확정되는 날이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 해당하는 것임.

○ 서면2팀-1731,2004.8.18

【제목】

조세특례제한법을 적용하기 위한 업종분류는 한국산업표준분류에 의하는 것이며, 기준경비율과 한국표준산업분류는 그 사용목적에 따라 각각 적용하는 것임

【질의】

질의자는 주택건설회사의 중소기업특별세액감면 관련 예규 서이 46012-11700, 2002.9.12.의 내용 중 “직접 건설활동을 수행하지 않고 주요공정 등을 하도급을 준다면 감면대상인 건설업이 아니고 한국표준산업분류(7012)에 의한 부동산공급업으로 보아 감면배제한다”에 대하여 아래와 같이 질의함.

1. 이 예규에 의하여 감면을 기 적용해 왔던 기업에 대하여 5년치를 추징해야 하는지.

2. 중소기업적용도 배제해야 하는지.

3. 법인의 능률화를 위하여 분할하여 운영함에도 본 예규를 적용하여야 하며, 그 취지는 무엇인지.

4. 조세특례제한법 제2조 제3항의 업종분류 관련 “통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한다” 내용과, 기준경비율(종전 표준소득율) 내용은 어느 것이 세법에 더 적극적으로 쓰이고 있는지.

5. 기준경비율 분류상 주택신축판매업은 451102, 452103으로 건설업으로 분류하고 있으며 또한 부동산 매매업은 703011, 703012, 703021, 703022로 분류되어 있는데 여기는 주택을 신축하여 판매하는 경우는 제외한다라고 되어 있는데 반하여 한국표준산업분류에 의하면 7012로 표시되어 부동산공급업으로 분류하고 있어 서로 상이한 이유

【회신】

(질의 1) 관련예규(서이 46012-11700, 2002.9.12.)는 2002.1.1. 이후 개시하는 사업연도의 감면사항에 대하여 적용되는 것임.

(질의 2) 부동산공급업의 경우 2002.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터는 조세특례제한법시행령 제2조의 규정에 의거 중소기업에 해당하지 않는 것임.

(질의 3) 관련 예규(서이 46012-11700, 2002.9.12.)는 법인의 분할목적 여부에 불구하고 적용되는 것임.

(질의 4) 조세특례제한법을 적용하기 위한 업종분류의 경우 같은법 제2조 제3항의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국산업표준분류에 의하는 것임.

(질의 5) 기준경비율과 한국표준산업분류는 그 사용목적이 다를 경우 규정하는 바가 달라질 수 있는 것임.

○ 서면2팀-88(2007.1.10)

【제목】

창업벤처중소업 세액감면 적용시 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 다른 업종을 영위하는 경우에는 창업에 해당하는 것임.

【질의】

(사실관계)

- 질의법인(을)은 갑사[수원소재 전자제품제조업(한국표준산업분류:32191)]의 검사장비 연구부서에서 퇴사한 임직원 12명이 신규로 23명을 채용하여 2005.9월 화성시에 검사장비 제조업(한국표준산업분류:33214)을 주업으로 하여 자본금 5억원으로 설립한 법인으로 주주는 100％ 종업원지주회사로 갑사는 지분이 전혀 없어 특수관계자에 해당되지 않으며 거래도 없음.

- 갑사는 연구소를 폐쇄하여 불용자산이 된 계측기기 등의 검사장비와 비품 일부를 을사에 54백만원에 처분한 바 있으며, 을사는 120억원을 투자하여 화성시에 제조공장을 신축중에 있음.

- 2006년 1월 경기지방중소기업청으로부터 벤처기업으로 확인받음.

- 을사는 갑사로부터 현물출자나 특정사업을 포괄적으로 양수도하는 계약을 체결하거나 업무를 인수받기로 약정한 사실없음.

- 갑사의 연구부서의 주된 영업활동은 A검사장비 설계 및 개발업무와 B검사장비 유지보수이나 을사는 B검사장비 제조임.

(질의요지)

1. 전자제품제조업(한국표준산업분류:32191)을 영위하는 법인의 연구부서에서 근무하던 임직원이 퇴사하여 검사장비 제종(한국표준산업분류:33214)을 주업으로 하는 법인을 창업후 2년 이내에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 경우 조세특례제한법 제7조 제2항의 감면을 적용받을 수 있는지 여부

2. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수가 아닌 단순히 일부 자산을 매입하여 한국표준산업분류상 세분류가 다른 업종을 영위하는 경우 창업에 해당하는지 여부

【회신】

내국법인이 창업후 2년 이내에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 “창업벤처중소기업”에 해당하는 경우 「조세특례제한법」 제6조 제2항의 규정에 의한 창업중소기업에 대한 세액감면을 적용받는 것으로, 같은법 제6조 제4항에 의해 ‘합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우’에는 창업으로 보지 아니하는 것이나, 「통계법」 제17조 제1항의 규정에 의하여 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 다른 업종을 영위하는 경우에는 창업에 해당하는 것으로, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 창업의 경위, 정황 등을 감안하여 실질내용에 따라 사실판단할 사항임.

○ 서면2팀-765(2006.5.4)

다른 사업자가 사용하던 사업용자산을 인수하여 한국표준산업분류상 세분류가 같은 사업을 영위하는 경우 창업중소기업에 대한 세액감면을 적용받을 수 없음.

【질의】

(사실관계 및 질의내용)

음식물처리관계 기술을 개발하여 동 기계를 제작하려고 1994년부터 1998년까지 거액을 투입하여 법인 장부상 개발비와 시험연구비가 계상되었으면. 개발이 되지못하고 영업이 부진하여 영업손실이 발생, 비용으로 계상하지 못하고 2004년말 현재까지 이월됨.

2005년 이후 사업연도에 비용처리가 가능한지. 비용처리가 불가능하면 세법상 적법 처리방법은.

【회신】

귀 질의의 경우 산업용 플라스틱 사출성형(한국표준산업분류상：25240) 제조업을 창업하기 위하여 설립된 법인이 조세특례제한법 제6조의 규정을 적용함에 있어 사업장이 다른 사업자가 사용하던 사업용자산을 인수하여 한국표준산업분류상 세분류가 같은 사업을 영위하는 경우 창업중소기업에 대한 세액감면을 적용받을 수 없는 것이나, 이러한 경우가 귀 질의 사례에 해당하는지는 사업의 실질내용에 따라 사실 판단할 사항임.