1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 농림지역 소재 농지 소유자(종중)가 1989년 자영업 자금으로 종중 기금을 차용하 고 1990년도에 변제하기로 한 바, 사업 실패로 자신이 경작하던 농지를 종중으로 양 도하겠다고 하여 농지는 종중 소유로 불가하므로 종중인 3인 공유로 취득함

- 공유자 갑은 부친과 본 농지와 약 5㎞ 상거한 곳에서 동거하면서 1990년부터 1993년까지 부친과 종중인들이 경작하다가 1994.4. 서울로 전출하여 부친이 2001년 까지 종중인들과 공동 경작하였음

- 공유자 을은 본 농지와 자동차로 30분 거리인 서산에서 거주하면서 주말에 본 농 지 소재지에 거주하는 모친과 종중인 공동으로 경작하였음

- 공유자 병은 인천에 거주하므로 1990년부터 2001년까지 부친이 종중인들과 함께 공동경작하였음

○ 질의내용

- 상기와 같이 소유권은 3인 공유이나 실지는 종중 소유 답으로 8년 이상 공동 경작한

농지를 매도할 경우 양도소득세 부과 여부에 대하여 질의함

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령(법률,시행령,시행규칙)

○ 소득세법 제96조【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. (2005. 12. 31. 개정)

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. (2005. 12. 31. 개정) (각호 생략)

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】 (2006. 12. 30. 제목개정)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액 (2005. 12. 31. 개정)

가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가 나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 (2005.12.31. 개정)

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것 (2000. 12. 29. 개정)

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것 (2000. 12. 29. 개정)

③ 제1항 및 제2항의 규정에 따른 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각 호에 따른다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 취득가액을 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 본문의 금액(제2항의 규정에 해당하는 때에는 제2항의 규정에 의한 금액)에 동항 제2호 내지 제4호의 금액을 가산한 금액 (2005. 12. 31. 개정)

2. 제1호외의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목, 제7항 또는 제114조 제7항의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액 (2006. 12. 30. 개정)

○ 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2002.12.11, 2003.12.30, 2004.12.31, 2005.12.29, 2005.12.31>

② 농업법인이 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 당해 토지를 양도하거나 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 당해 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다. <신설 2002.12.11>

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 31. 제목개정)

① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 "한국농촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다. <신설 2001.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2006.4.28>

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

② 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 법인"이라 함은 「농업·농촌기본법」 제15조의 규정에 의한 영농조합법인 및 동법 제16조의 규정에 의한 농업회사법인을 말한다. <신설 2002.12.30, 2005.2.19>

③ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금"이라 함은 「농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정」 제3조의2의 규정에 의한 경영이양보조금을 말한다. <신설 2003.12.30, 2005.2.19>

④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. <개정 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2006.4.28>

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(「지방자치법」 제3조제4항의 규정에 의하여 설치된 도·농복합형태의 시의 읍·면지역을 제외한다)에 있는 농지중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역

나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지지정일부터 3년이 지난 농지

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다. <개정 2000.12.29, 2001.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19>

⑥ 「소득세법」 제89조제2호 및 법 제70조의 규정에 의하여 농지를 교환·분합 및 대토한 경우로서 새로이 취득하는 농지가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에 있어서는 교환·분합 및 대토전의 농지에서 경작한 기간을 당해 농지에서 경작한 기간으로 보아 제1항 본문의 규정을 적용한다. <개정 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9>

⑦ 법 제69조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 소득"이라 함은 「소득세법」 제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2001.12.31, 2005.2.19>

양도소득금액 × (주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가) － (취득당시의 기준시가)

⑧ 법 제69조제2항에서 "대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. <신설 2002.12.30>

1. 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 휴업·폐업하거나 해산하는 경우

2. 당해 토지를 3년 이상 경작하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우

⑨ 법 제69조제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다. <개정 2000.1.10, 2001.12.31, 2002.12.30>

⑩ 제9항 후단의 규정에 의한 세액감면신청서를 접수한 당해 세무서장은 제2항의 규정에 의한 법인의 납세지 관할세무서장에게 이를 즉시 통지하여야 한다. <신설 2002.12.30, 2003.12.30>

⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산함에 있어서 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. 다만, 상속인이 상속받은 농지를 경작하지 아니한 경우에는 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하는 경우에 한하여 피상속인이 취득하여 경작한 기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다. <신설 2006.2.9>

⑫ 법 제69조제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(다년성)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. <신설 2006.2.9>

나. 관련 예규(예규,해석사례,심사,심판)

○ 서면5팀-3316, 2007.12.27

【회신】

종중 소유농지를 종중의 책임하에 종중구성원이 8년 이상 당해 농지의 소재지에서

거주하면서 경작한 사실이 있는 양도일 현재의 농지인 경우에는 8년 자경 농지로

보는 것이나, 종중과의 약정에 따라 종중 구성원의 책임하에 농지를 경작하고 경작

에 따른 대가를 종중에 지불하는 것은 대리경작으로 보아 8년 자경농지에 해당하지

아니하는 것임. 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항임

○ 서면4팀-2066, 2007.07.04

【회신】

종중 소유농지를 종중의 책임하에 종중구성원이 8년 이상 당해 농지의 소재지에서

거주하면서 경작한 사실이 있는 양도일 현재의 농지인 경우에는 8년 자경 농지로

보는 것이나, 종중과의 약정에 따라 종중 구성원의 책임하에 농지를 경작하고 경작

에 따른 대가를 종중에 지불하는 것은 대리경작으로 보아 8년 자경농지에 해당하지

아니하는 것임. 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항임

○ 서면5팀-908, 2007.03.20

 【회신】

귀 질의의 경우, 종중 소유농지를 종중의 책임하에 종중구성원이 8년 이상 당해 농

지의 소재지에서 거주하면서 경작한 사실이 있는 양도일 현재의 농지인 경우에는 8

년 자경 농지로 보는 것이나, 종중과의 약정에 따라 종중 구성원의 책임하에 농

지를 경작하고 경작에 따른 대가를 종중에 지불하는 것은 대리경작으로 보아 8년

자경농지에 해당하지 아니하는 것임.