질의회사(이하, ‘갑’)는 연구개발업을 주 업종으로 하는 생명과학/신약개발 벤처기업임. ‘갑’은 지난 2005년 ‘갑’이 단독으로 개발한 000치료제 후보물질에 관한 사업지분 50%를 XXX회사(이하, ‘을’)에게 이전하는 대가로 기술료 일정액과 추후 소요되는 개발비 전액을 부가세 10%를 별도로 하여 지원받기로 기술이전 및 공동개발계약(이하, ‘기존계약’)을 체결한 바 있음. 다만, 기술료 외에 ‘을’이 전액 부담하기로 하였던 개발비는 2007년 12월 31일 까지 발생하는 비용으로 한정하였음

2007년 말 ‘기존 계약’에 더하여 2008년 이후 발생할 공동개발비에 대하여 양자가 지분비율(50:50)로 신규 출자하여 ‘갑’의 관리하에 사용하기로 하며 상호 출자된 공동개발비의 사용승인 및 집행과 공동개발방향 등 과제의 중요사안에 대한 의사결정 합의체인 공동개발위원회(이하, ‘위원회’)를 설치하기로 하는 내용을 골자로 한 새로운 계약(이하, ‘신계약’)을 체결하였음

‘위원회’는 ‘갑’과 ‘을’ 양사의 인원으로 구성되며, 공동개발예산의 수립, 집행승인 및 조정기능과 공동개발방향에 대한 논의 및 의사결정을 위한 목적으로 구성됨. 다만, 실질적인 개발행위(연구, 임상, 실험 등)는 ‘갑’ 및 ‘갑’과 ‘을’이 ‘위원회’에서 합의하여 결정한 제3의 연구/개발기관에 의해서 수행되고, ‘을’이 개발행위(연구, 임상, 실험 등)를 하지는 않음

상기 사실관계와 같은 경우 "을"이 "갑"에게 지급하는 개발비에 대하여 아래와 같이 부가가치세 과세거래로 보아 세금계산서를 발행해야 한다는 의견과 동업형태로 보아 세금계산서 교부대상이 아니라는 의견있음.

1) 부가가치세 과세 대상이라는 의견

실질적인 개발행위가 ‘갑’ 또는 ‘갑’과 ‘을’이 협의 또는 합의하여 지정된 제3의 연구개발기관에서만 이루어 지고, ‘을’이 직접적인 개발활동에 참여하지 않으면서 단순한 개발비를 지원하고 개발산출물을 공유한다는 측면에서 과세하는 것이 타당함.

2) 부가가치세 과세 대상이 아니라는 의견

‘기존 계약’의 이행에 따라, 50%의 사업지분을 나누어 소유하고 있고 ‘신계약’이 상호 출자에 의하여 조성된 공동개발비의 사용승인, 집행 및 공동개발방향 등 중요결정에 대한 상호 의사결정 합의체인 ‘위원회’의 결정에 따르도록 규정하고 있는 바, ‘갑’과 ‘을’ 양사의 책임하에 개발이 진행되고 각자의 지분비율대로 산출물을 소유하는 것이므로 부가세를 과세대상이 아님.