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1. 질의내용 요약

○ 사실관계

 - 의료법인으로 임상병리검사 수익사업을 영위하고 있음

 - 정관의 목적은 의료기관의 설치, 운영하고 보건의료에 관한 연구개발, 공익사업을 영위하는 단체 및 비영리법인 등에 기부를 통하여 사회로부터 소외된 이를 도우며 국민보건향상에 이바지함을 목적으로 함.

 - 정관의 목적사업은 1)의료기관의 설치운영 2)지역영세민 무료 및 무의촌 순회진료 3) 자선사업, 종교사업, 학술사업 및 기타공익사업을 영위하는 단체 및 비영리법인 등에 기부 3) 기타 목적달성에 필요한 부대사업

○ 질의요지

질의1) 의료법인이 ○○노인 종합복지관에 무료건강검진사업 협약을 체결하여 건강검진 서비스를 제공하기로 한 경우, 이에 발생한 비용 등을 고유목적사업준비금의 사용으로 볼 수 있는지 여부

질의2) 지정기부금의 사용요건 및 단체에 특별한 제한없이 법인세법상 지정기부금의 범위에 해당할 경우 고유목적사업 준비금을 사용하는 것으로 보는 것인지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙, 통칙)

○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 따른 이자소득금액 및 동법 제17조 제1항 제5호의 규정에 따른 투자신탁의 이익 (2006. 12. 30. 개정)

2. 「소득세법」 제17조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제6호의 규정에 의한 배당소득금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다. (2005. 12. 31. 개정)

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 (1998. 12. 28. 개정)

4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 (2006. 12. 30. 개정)

② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다. (1998. 12. 28. 개정)

⑦ 제1항의 규정에 의한 고유목적사업의 범위, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2005. 12. 31. 항번개정)

○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 법 제29조 제1항 본문 중 “대통령령이 정하는 단체”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 단체를 말한다. (2001. 12. 31. 개정)

1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체 (2001. 12. 31. 개정)

2. (삭제, 2001. 12. 31.)

3. 법령에 의하여 설치된 기금 (1998. 12. 31. 개정)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이자소득금액은 법 제29조 제1항 제1호의 금액으로 본다. (2007. 2. 28. 개정)

1. 금융보험업을 영위하는 비영리내국법인이 한국표준산업분류상 금융보험업을 영위하는 법인에 일시적으로 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자소득금액 (2007. 2. 28. 개정)

2. 제2조 제1항 제5호 나목에 따른 사업을 영위하는 자가 자금을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액 (2007. 2. 28. 개정)

3. 「한국주택금융공사법」에 따른 주택금융신용보증기금이 동법 제43조의 8 제1항 및 제2항에 따른 보증료의 수입을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액 (2008. 2. 22. 개정)

③ 법 제29조 제1항 제4호에서 “수익사업에서 발생한 소득”이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항 및 「조세특례제한법」 제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제24조 제2항 및 「조세특례제한법」 제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다. (2006. 2. 9. 개정)

④ (삭제, 2004. 3. 22.)

⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다. (1998. 12. 31. 개정)

⑥ 법 제29조 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. (2000. 12. 29. 개정)

1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 (2006. 2. 9. 개정)

2. 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 「국세기본법」 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험ㆍ연금관리ㆍ공제사업 및 제2조 제1항 제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액 (2005. 2. 19. 개정)

3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 “의료법인”이라 한다)이 의료기기 등 재정경제부령이 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액 (2000. 12. 29. 개정)

⑩ 제6항 제3호의 규정을 적용받고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 재정경제부령이 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다. (2006. 2. 9. 항번개정)

○ 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】

법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. (2007. 2. 28. 개정)

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용 (2007. 2. 28. 개정)

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액 (1998. 12. 31. 개정)

3. 인건비 (1998. 12. 31. 개정)

4. 고정자산의 수선비 (1998. 12. 31. 개정)

5. 고정자산에 대한 감가상각비 (1998. 12. 31. 개정)

5의 2. 특수관계자로부터 자산 양수를 하면서 기업회계기준에 따라 장부에 계상한 고정자산 가액이 시가에 미달하는 경우 다음 각 목의 금액에 대하여 제24조 내지 제34조의 규정을 준용하여 계산한 감가상각비 상당액 (2006. 2. 9. 개정)

가. 실제 취득가액이 시가를 초과하는 경우에는 시가와 장부에 계상한 가액과의 차이 (2002. 12. 30. 신설)

나. 실제 취득가액이 시가에 미달하는 경우에는 실제 취득가액과 장부에 계상한 가액과의 차이 (2002. 12. 30. 신설)

6. 자산의 임차료 (1998. 12. 31. 개정)

7. 차입금이자 (1998. 12. 31. 개정)

8. 대손금(부가가치세매출세액 미수금으로서 회수할 수 없는 것 중 「부가가치세법」 제17조의 2의 규정에 의한 대손세액공제를 받지 아니한 것을 포함한다) (2005. 2. 19. 개정)

9. 자산의 평가차손 (1998. 12. 31. 개정)

10. 제세공과금 (1998. 12. 31. 개정)

11. 영업자가 조직한 단체로서 법인이거나 주무관청에 등록된 조합 또는 협회에 지급한 회비 (1998. 12. 31. 개정)

12. 광산업의 탐광비(탐광을 위한 개발비를 포함한다) (1998. 12. 31. 개정)

13. 보건복지부장관이 정하는 무료진료권 또는 새마을진료권에 의하여 행한 무료진료의 가액 (1998. 12. 31. 개정)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 법인46012-740,1997.03.13.

사단법인 한국신장협회에 사업비로 지출하는 기부금은 법인세법 제18조 제1항에 규정하는 지정기부금에 해당하는 것이나 의료업을 영위하는 법인이 사단법인 한국신장협회가 추천하는 신장병환자를 무료로 치료하는 경우 그 치료비상당액을 동 협회에 대한 기부금으로 볼 수 없는 것이고, 보건복지부장관이 정하는 무료진료권 또는 새마을진료권에 의하여 행하는 무료진료가액은 같은법시행령 제12조 제2항 제13호의 규정에 의하여 당해 법인의 손비로 처리할 수 있음.

○ 서면2팀-254,2006.02.01.

「법인세법」 제29조 제1항의 규정에 의한 고유목적사업준비금의 손금산입은 해당 비영리법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위한 것이므로 해당 준비금을 지정기부금에 지출한 것은 같은 조 제2항의 규정에 의하여 고유목적사업 등에 지출한 것에 해당하는 것임.

○ 서면2팀-706, 2004.04.06.

1. 질의 1의 경우 법인세법 제29조 제1항의 규정에 의하여 고유목적사업준비금을 손금산입한 비영리내국법인이 해산하기 전에 동 준비금 잔액을 지정기부금으로 지출한 경우 고유목적사업에 지출한 것으로 보아 동준비금과 상계하는 것이므로 같은법 제24조 규정에 의한 지정기부금 시부인 규정을 적용하지 않는 것임.

2. 질의 2, 3의 경우 법인세법 제29조 제1항의 규정에 의하여 손금산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 해산한 때에는 그 잔액을 같은법 제29조 제3항의 규정에 의하여 해산일이 속하는 사업연도의 소득금액계산상 이를 익금산입하는 것이며, 이 경우 해산일이라 함은 해산등기일을 말하는 것임.