※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

① 급식업체(△△고등학교녹원회관)가 학교급식법 제4조 제1호에 해당하는 △△여자중학교, △△고등학교에 학교급식 위탁운영에 관한 계약을 체결하여 학교급식을 공급하는 부분의 면세적용 여부

② 면세되는 경우 일반과세자로 2007년 5월 1일 사업자등록(음식/구내식당)을 하고 부가가치세를 납부한 사항에 대하여 부가가치세 경정청구 가능여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙)

 ○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2009년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하고, 제4호의 2의 규정은 2008년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하며, 제8호의 규정은 2010년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 분에 한하여 이를 적용한다. (2007. 12. 31. 개정)

  2. 공장ㆍ광산ㆍ건설사업현장 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 사업장과 초ㆍ중등교육법 제2조 및 고등교육법 제2조의 규정에 의한 학교(이하 이 호에서는 “사업장 등”이라 한다)의 경영자가 그 종업원 또는 학생의 복리후생을 목적으로 당해 사업장 등의 구내에서 식당을 직접 경영하여 공급하거나 학교급식법 제4조 각호의 1에 해당하는 학교의 장의 위탁을 받은 학교급식공급업자가 동법 제10조의 규정에 의한 위탁급식의 방법으로 당해 학교에 직접 공급하는 음식용역(식사류에 한한다). 이 경우 위탁급식공급가액의 증명 등 위탁급식의 부가가치세 면제에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1999. 4. 30. 개정)

 ○ 국세기본법 제45조의 2 【경정 등의 청구】 (2007. 12. 31. 제목개정)

  ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한 경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다. (2007. 12. 31. 개정)

  1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 (1994. 12. 22. 신설)

  ③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. (1994. 12. 22. 신설)

나. 유사 사례 (예규, 심사․심판례, 판례)

  【서면3팀-1422, 2007.05.10】

  조세특례제한법 제106조 제1항 제2호의 규정에 의해 학교급식법 제4조 각호의 1에 해당하는 학교의 장의 위탁을 받은 학교급식공급업자가 동법 제10조의 규정에 의한 위탁급식의 방법으로 당해 학교에 직접 공급하는 음식용역(식사류에 한함)은 부가가치세가 면제되는 것이나, 학생을 대상으로 공급하는 식사류에 한하는 것이며

   국ㆍ공립 학교에서 학교 교직원 및 학생들의 복리후생을 목적으로 구내식당을 직접 경영하는 경우 당해 국ㆍ공립학교가 제공하는 음식용역은 「부가가치세법 시행령」 제38조 제3호 나목 및 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제2호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것임.

【부가46015-821, 2000.04.14】

  학교급식법 제4조 각호의 1에 해당하는 학교장의 위탁을 받은 학교급식공급자가 동법 제10조의 규정에 의한 위탁급식의 방법(학교안에 학교급식을 위한 시설과 설비를 갖추지 못한 학교의 경우 학교급식공급업자와 계약을 통하여 학교급식을 위한 시설의 설치·운영을 위탁하거나, 조리·가공한 식품을 운반하여 위탁급식을 실시)으로 당해 학교에 직접 공급하는 음식용역(식사류에 한함)은 조세특례제한법 제106조 제1항 제2호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것이나, 학생을 대상으로 공급하는 식사류에 한하는 것임.

  【부가46015-1056, 1999.05.27】

   1. 사업자가 부가가치세가 면제되는 재화나 용역을 공급받고 세금계산서를 교부받은 경우에 당해 세금계산서의 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제1의 2호의 규정에 의하여 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이며,

   2. 부가가치세를 과다신고납부한 사업자는 국세기본법 제45조의 2 제1항에 의한 경정청구 기한내에 경정청구를 할 수 있고, 이 경우 과세관청은 동조 제3항의 규정에 따라 경정하여야 하나 사업자가 기한내에 경정청구를 하지 않은 경우에도 부가가치세법 등의 규정에 의해 과다신고납부한 사실이 확인되면 과세관청은 국세기본법 제26조의 2에 규정된 부과제척기간내에 경정할 수 있는 것임.