[ 관련 첨부서류 ]
1. 질의내용 요약
○ 사실관계
1. 대한예수교 장로교(합동)소속 주**교회에서 부동산을 3천만원에 매입하여 4년 경과후에 1억원에 매도하여 양도차익이 칠천만원 발생하여 자진 납부코자함. 동 부동산은 비사업용 토지이며, 고유번호증을 발급받았고, 부동산은 교회명의로 등기되어 있음.
○ 질의요지
이 경우 소득세로 신고 납부하여야 하는 지, 법인으로 신고하여야 하는 지 여부
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○ 법인세법 제62조의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】
① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.
1. 「소득세법」 제94조 제1항 제3호의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분
2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)
② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)
③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 “양도가액”이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 「소득세법」 제95조 제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. (2006. 12. 30. 개정)
④ 「소득세법」 제96조ㆍ동법 제97조ㆍ동법 제98조 및 동법 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액ㆍ필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 비영리내국법인이 대통령령이 정하는 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」 제13조 제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. (2006. 12. 30. 개정)
⑤ 「소득세법」 제101조 및 동법 제102조의 규정은 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용하고, 동법 제93조의 규정은 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정)
⑥ 제2항의 규정에 의한 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항의 규정을 준용한다. (2001. 12. 31. 신설)
⑦ 제2항의 규정에 의하여 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조 내지 제108조의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 및 동법 제112조의 2의 규정은 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정)
⑧ 비영리내국법인이 제7항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조 제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. (2006. 12. 30. 단서개정)
⑨ 제1항 내지 제8항에 규정하는 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2001. 12. 31. 신설)
나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 서면2팀-111, 2007.01.15
[법인] 비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례
【제목】
비영리법인의 자산양도소득은 법인세 과세표준에 포함하여 신고하거나 소득세법상 양도소득세 신고방식에 의해 계산하는 것임
【질의】
(사실관계)
- 교회건물이 있는 상태에서 교회 본당으로 사용코자 2005.4월 농협건물을 매입하여 증축설계를 허가받았으나 주차장이 여의치 않아 매매코자 함. 상기 건물은 교회 교육관으로 사용되었으며 양도대금으로 기존 교회건물을 증축코자 함. 이 경우 양도한 건물 양도차익에 대한 양도세부과여부를 서면질의함.
(질의요지)
비영리법인의 토지 및 건물의 자산양도소득 법인세 신고방법
【회신】
「법인세법」 제3조 제2항 제1호의 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인이 매입한 부동산을 종교단체의 고유목적사업으로 사용하던 중 3년 이내에 양도하는 경우에는 같은법 제60조 및 제62조의 2의 규정을 선택하여 적용할 수 있는 것이며, 제62조의 2의 규정을 적용할 경우에는 같은조 제4항에 의해 「소득세법」 제96조, 제97조, 제98조 및 제100조의 규정을 준용하여 양도차익 등을 계산하는 것임.
○ 서면2팀-2168, 2006.10.26
「법인세법」 제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인이 같은 법 제62조의 2 제1항 각 호의 자산양도소득이 있는 경우에는 같은 법 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있으며, 법인세 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대해서는 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 「소득세법」 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하는 것임.
○ 서면2팀-1894, 2006.09.25
[법인] 비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례
【제목】
자산양도소득만 있는 학교법인은 법인세로 신고하는 방법과 소득세법을 준용하여 신고하는 방법을 선택할 수 있으며, 법인세로 신고하는 경우 소득세법을 준용하여 납부한 세액은 기납부세액으로 공제됨
【질의】
(질의요지)
1. 법인세법 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하자 아니하는 사립학교법에 의해 설립된 비영리내국법인이 수익사업에서 발생한 양도차익(고정자산처분수입)만 있는 경우 양도차익 전액을 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 있는지 여부세무조정으로 손금산입할 수 있는지 여부 및 조정계산서 작성 방법
2. 자산양도소득에 대한 법인세신고특례로 양도소득세 과세표준 예정신고를 한 경우에도 법인세법 제1항의 규정에 의해 신고할 경우 법인세 납부세액이 없을 경우 예정신고 납부세액을 환급하여 주는지 여부
(사실관계)
법인세법 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하자 아니하는 비영리내국법인(학교법인)이 같은 법 제62조의 2 규정에 의하여 각사업연도 소득에 대한 법인세로 신고하는 방법과 자산양도소득에 대한 과세특례를 적용하여 법인세(양도소득세)로 신고하는 방법 중 선택하여 신고할 수 있도록 하고 있음.
【회신】
1. 「법인세법」 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하지 아니하는 「사립학교법」에 의해 설립된 학교법인이 수익사업에 해당하는 자산양도소득만 있는 경우 같은 법 제62조의 2 규정에 의하여 각사업연도 소득에 대한 법인세로 신고하는 방법과 「소득세법」을 준용하여 양도소득세 예정신고하는 방법 중 선택하여 신고할 수 있으며, 각사업연도 소득에 대한 법인세로 신고하는 경우 「소득세법」을 준용하여 납부한 세액은 기납부세액으로 공제하는 것임.
2. 「조세특례제한법」 제74조 규정에 의하여 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있는 것이며, 「법인세법」 제60조 규정에 의해 과세표준과 세액을 신고하되 동조 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니한 경우에도 무신고로 보지 아니하는 것임.