1. 질의내용 요약
가. 사실관계
회사는 항만개발을 위한 민간제안사업의 시행사로서, 사회기반시설에 대한 민간투자법, 동법 시행령 민간투자사업기본계획에 따라 해양수산부와 실시협약을 체결하였음.
(실시협약에 따른 사업의 범위와 내용)
범위(건설시설) | 내 용 | |
본 시 설 | 본사업시설 여객터미널시설, 냉동,냉장창고, 수산물가공공장 부지 등 | 준공과 동시에 국가에 기부채납하며 회사는 23년 실시협약 제6조는 30년으로 기재되어 있으나, 최종23년으로 체결됨. 동안 무상사용권을 취득하여 부가가치세 과세사업에 사용함. |
기타시설 방파제, 방파호안 등 | 회사의 책임하에 건설 후 국가에 귀속시킴. | |
배후부지 | 본시설과 연계되어 편의시설을 조성할 목적으로 공유수면매립을 통해 부지를 조성하고 조성된 부지 중 도로 등의 사회기반시설은 국가에 귀속되고, 잔여분은 회사가 취득함. | |
회사의 입장에서 상기 사업은 회사의 자체자금과 건설분담금 민간투자법 제53에 의한 무상환 보조금으로서 본시설의 공사에만 사용가능(해양수산부에서 지급)을 사용하여 본시설과 배후부지를 건설한 후 본시설을 국가에 기부채납하고 본사업시설을 부가가치세가 과세대상 사업인 ‘시설이용자로부터 사용료를 징수하거나 임대하는 사업’에 23년 동안 사용함과 동시에 배후부지(회사 귀속분)의 분양을 통하여 수익을 창출하는 사업구조임.
상기 협약에서 본시설에 대한 총사업비를 사회기반시설에대한민간투자법시행령 제22조에 따라 산정하여 체결 실시협약 제15조하였으나, 배후부지에 대한 총사업비는 별도 체결한 바 없음.
회사는 본사업과 관련된 시설을 착공한 후 약3년에 걸친 공사과정을 거쳐 준공하였으며, 해양수산부로부터 본시설에 대한 준공확인필증과 총사업비확인서를 교부 받은 후 영세율 매출세금계산서(조세특례제한법 제105조 1항 3의2호)를 교부하였음.
나. 질의요지
질의1 : 본시설과 배후부지를 건설한 후 본시설 및 배후부지(국가 귀속분)를 기부채납하고 본 사업시설에 대한 일정기간 무상사용권과 배후부지(회사 귀속분)를 취득하는 경우 과세방법
[갑 설] 본시설 건설용역과 배후부지 건설용역을 별도의 거래로 구분하여 본시설 건설용역 공급거래에 대하여는 영세율을 적용하고, 배후부지 건설용역 공급거래에 대하여는 10% 세율을 적용함.
[을 설] 본시설과 배후부지 건설용역을 하나의 거래로 보아 전체에 대하여 영세율을 적용함.
질의2 : [질의1]에서 갑설이 타당한 경우 배후부지 조성과 관련된 용역공급 거래의 부가가치세 과세표준 산정방법
[갑 설] 공유수면매립법에 의해 산정한 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 하여야 함(부가가치세법 시행령 제48조 제6항 규정 적용)
[을 설] 회사가 공급한 용역의 시가를 과세표준으로 하여야 함.
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
O 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다.
3의 2. 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제7호의 규정에 의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 동법 제4조 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회기반시설 또는 동 시설의 건설용역
O 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】
⑥ 「공유수면매립법」에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 한다.