1. 질의내용 요약

(사실관계)

○ 질의자는 조세특레제한법 제122조 제2항에 규정된 전자상거래 사업자(개인)로서 2005년 7월부터 2007년 12월까지 계속사업을 영위하고 있으며, 종합소득세 확정신고를 하면서 조세특례제한법 제10조 및 같은법 시행령 제117조 제12항의 규정에 의한 수입금액 증가 등 세액공제신청서 및 전자상거래 수입금액명세서를 납세지관할세무서장에게 제출하지 아니하였으며, 아울러 같은법 시행령 제117조 제5항의 규정에 의한 판매정보시스템 매출명세서를 본인 및 본부(인터넷업체)에서 제출하지 아니하였음

(질의내용)

1. 위와 같이 종합소득세 확정신고시 수입금액증가 등에 대한 세액공제신청서를 제출하지 아니한 경우 조세특례제한법 제122조의 규정에 의한 수입금액 증가 등에 대한 세액공제를 받을 수 없는지 여부

2. 종합소득금액을 추계에 의한 방법으로 신고하는 경우 세액공제 가능 여부

3. 종합소득금액을 추계신고 후 국세기본법 제45조의 2의규정에 의거 경정청구하는 경우 수입금액증가 등에 대한 세액공제신청서를 제출하는 경우 동 세액공제를 받을 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가, 관련 법령

○ 조세특례제한법 제122조 【수입금액의 증가 등에 대한 세액공제】

②「여신전문금융업법」에 따른 신용카드가맹점인 사업자, 판매시점정보관리시스템설비, 대통령령이 정하는 전파식별시스템(이하 “전파식별시스템”이라 한다) 또는 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 통합전산시스템(이하 이 조에서 “통합전산시스템”이라 한다)을 도입한 사업자 중 부동산임대소득 또는 사업소득(이하 이 조에서 “사업소득 등”이라 한다)이 있는 거주자(이하 이 조에서 “사업자”라 한다)로서 대통령령이 정하는 자 또는 「전자거래기본법」에 따른 사이버몰을 통하여 대통령령이 정하는 전자적 방법으로 재화와 용역을 거래(이하 “전자상거래”라 한다)하는 자로서 대통령령이 정하는 자가 2008년 12월 31일까지 신용카드(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 의한 수입금액, 판매시점정보관리시스템설비에 의한 수입금액, 전파식별시스템을 통한 수입금액, 통합전산시스템에 의한 수입금액 또는 전자상거래에 의한 수입금액(이하 이 항에서 “전자상거래 등 수입금액”이라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 의하여 계산한 금액 중 하나를 선택하여 그 금액을 당해 과세연도의 소득세에서 공제받을 수 있다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 종합소득과세표준확정신고시 신고한 사업장별 전자상거래 등 수입금액이 직전 과세연도의 전자상거래 등 수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액(사업장별 총수입금액의 증가분을 한도로 한다)의 100분의 50에 상당하는 금액이 당해 사업장의 총수입금액에서 차지하는 비율을 당해 사업장의 사업소득 등에 대한 종합소득산출세액에 곱하여 계산한 금액 (2000. 12. 29. 개정)

2. 종합소득과세표준확정신고시 신고한 사업장별 전자상거래 등 수입금액의 100분의 5에 상당하는 금액이 당해 사업장의 총수입금액에서 차지하는 비율을 당해 사업장의 사업소득 등에 대한 종합소득산출세액에 곱하여 계산한 금액 (2003. 12. 30. 개정)

⑩ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. (2007. 12. 31. 개정)

○ 조세특례제한법시행령 제117조 【수입금액의 증가 등에 대한 세액공제】

① 법 제122조 제1항 제1호ㆍ제2항 제1호 및 제5항 제1호는 동 세액공제를 받고자 하는 과세연도의 직전과세연도 종료일부터 소급하여 1년 이상 계속하여 당해 사업을 영위한 자에 한하여 적용할 수 있다.

⑫ 법 제122조 제1항부터 제5항까지의 규정에 의한 세액공제를 받고자 하는 자는 종합소득과세표준확정신고 또는 법인세과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 수입증가 등 세액공제신청서, 전자상거래수입금액명세서 및 매입자납부익금 및 손금명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2008.2.29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

나. 관련 판례 및 예규

○ 소득46011-3292, 1999.08.20

조세특레제한법시행령 제117조(구 조세감면규제법시행령 제88조의 5)에서 “종합소득 과세표준확정신고를 한 사업자”라 함은 세액공제를 받고자 하는 과세연도의 직전과세연도 종료일로부터 소급하여 1년 이상 계속하여 당해 사업을 영위한 자로서 종합소득 과세표준확정신고를 이행한 사업자를 말하며, 소득금액을 기장에 의하여 신고하지 아니한 사업자를 포함하는 것임.

○ 서삼46019-10623, 2002.04.16

【제목】

과세표준 신고내용 중 일부항목에 대해 수정신고 했더라도 다른 항목에 대해 경정청구 가능하며, 소득세 확정신고시 수입금액증가 등에 대한 세액공제신청서를 제출하지 않았더라도 경정청구 가능함

【질의】

(사실관계)

(질의내용)

- 과세표준 신고후 신고내용중 A항목에 대하여 수정신고를 한 후 B항목에 대하여 경정청구 사유를 발견한 경우

 · 당해 과세기간에 대한 수정신고가 있으면 경정청구가 안되는지.

 · 수정신고한 부분(A항목)을 제외하고는 경정청구가 가능한지 여부

- 조특법 제122조(수입금액증가 등에 대한 세액공제)에 의한 세액공제신청이 당초 종합소득세확정신고시 없었는데 추후 경정청구를 통하여 공제가 가능한지 여부

【회신】

1. 과세표준신고내용 중 일부항목에 대하여 국세기본법 제45조에 의한 수정신고를 하였더라도 당해 과세표준신고내용 중 수정신고하지 않은 다른 항목에 대하여는 같은법 제45조의 2에 의한 경정 등의 청구가 가능한 것이고,

2. 조세특례제한법 제122조에 의한 수입금액증가 등에 대한 세액공제를 받고자 하는 자가 종합소득세과세표준확정신고시 수입증가 등 세액공제신청서를 제출하지 아니하였더라도 경정청구와 함께 동 신청서를 제출하는 경우 동 세액공제를 받을 수 있는 것임.

<참고 심판례>

○ 국심2005부3339, 2006.01.03

 조세특례제한법 제5조 제4항 및 같은법 시행령 제4조 제2항에서 ‘중소기업투자세액공제를 받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 투자세액공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다’고 규정하고 있으나, 위 관련법령에서 본 바와 같이 중소기업투자세액공제는 중소기업으로서 법령에서 규정된 업종에만 해당하면 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세 등을 감면하게 되어있는 것으로서 다른 특별한 감면요건이 규정되어 있지 아니할 뿐만 아니라, 원칙적으로 감면신청을 하여야 할 것이지만 감면신청을 하지 아니한 경우에 감면대상에서 제외한다는 규정이 없어 위 감면신청규정이 감면신청을 한 경우에만 감면을 적용한다는 강제규정으로 볼 수 없으므로, 청구법인이 2003사업연도 법인세 신고시 중소기업투자세액 공제신청을 하지 않았다 하더라도 감면요건이 충족되면 세액을 감면하는 것이 타당하다(국심 2000서2348, 2001.5.21. 같은 뜻임).