1. 질의내용 요약

 ○ 사실관계

  - 조세특례제한법 제99조의3 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면특례조항과 관련하여 서울행정법원 2006구단8542(2007. 5. 18.)에서 국가가 패소하였음.

 ○ 질의내용

- 서울행정법원 2006구단8542(2007. 5. 18.)과 동일한 건에 대하여 경정청구시 환급을 받을 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

 ○ 국세기본법 제45조의 2 【경정등의 청구】

  ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다. (2005. 7. 13. 개정)

  1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 (1994. 12. 22. 신설)

  2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 (1994. 12. 22. 신설)

  ② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. (2000. 12. 29. 개정)

  1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때 (1994. 12. 22. 신설)

  2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때 (1994. 12. 22. 신설)

  3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때 (1994. 12. 22. 신설)

  4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때 (1994. 12. 22. 신설)

  5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과후에 발생한 때 (1994. 12. 22. 신설)

  ③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. (1994. 12. 22. 신설)

  ④ 제1항 내지 제3항의 규정은 「소득세법」 제73조 제1항 제1호 내지 제8호에 해당하는 소득이 있는 자, 「소득세법」 제119조 제4호 내지 제8호ㆍ제11호 및 제12호에 해당하는 소득이 있는 자 또는 「법인세법」 제93조 제4호 내지 제6호ㆍ제9호 및 제10호에 해당하는 국내원천소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 “원천징수대상자”라 한다)에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 준용한다.

  이 경우 제1항 및 제2항 각 호 외의 부분 중 “과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자”는 “연말정산 또는 원천징수하여 소득세를 납부하고 「소득세법」 제164조ㆍ제164조의 2 및 「법인세법」 제120조의 규정에 따라 지급조서를 제출기한 내에 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자”로, 제1항 각호외의 부분 중 “법정신고기한 경과후”는 “연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한 경과후”로, 제1항 제1호 중 “과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액”은 “원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액”으로, 제1항 제2호 중 “과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액”은 “원천징수영수증에 기재된 환급세액”으로 본다. (2006. 12. 30. 개정)

  1. 원천징수의무자가 「소득세법」 제137조ㆍ제138조ㆍ제143조의 4ㆍ제144조의 2의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 동법 제164조 또는 제164조의 2의 규정에 따라 지급조서를 제출기한내에 제출한 경우 (2006. 12. 30. 개정)

  2. 원천징수의무자가 「소득세법」 제146조 및 제156조의 규정에 따라 원천징수한 소득세를 납부하고 동법 제164조 또는 제164조의 2의 규정에 따라 지급조서를 제출기한내에 제출한 경우 (2006. 12. 30. 개정)

  3. 원천징수의무자가 「법인세법」 제98조의 규정에 따라 원천징수한 법인세를 납부하고 동법 제120조의 규정에 따라 지급조서를 제출기한 내에 제출한 경우 (2006. 12. 30. 신설)

  ⑤ 결정 또는 경정의 청구 및 통지절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2003. 12. 30. 항번개정)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판, 판례)

 ○ 징세46101-25, 2001.01.10

  【회신】

  1. 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자가 면세 적용을 받던 수입황도를 과세 적용을 받게 됨에 따른 소득세 및 부가가치세의 경정청구는 국세기본법 제45조의 2 제1항에 의거 당해 국세의 법정신고기한 경과후 1년 이내 또는 2년 이내(2000. 12. 29이 속하는 과세기간분부터) 경정청구할 수 있는 것이고

  2. 행정처분에 대한 불복청구의 인용결정의 효력은 당해 청구인에게만 미치는 것이므로, 심판결정이 동일한 사항이라 하여 제3자가 이를 원용하여 국세기본법 제45조의 2 제1항의 경정청구기한이 경과한 후에 후발적 사유에 의한 경정청구를 할 수는 없는 것임.