※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 부부가 부산광역시에 각각 1주택을 소유하고 있음

- 아내는 밀양시 ○○면으로 주민등록을 옮겨 현재 과수농사를 짓고 있음

- 아내는 남편의 형수 집에서 같이 생활하고 있음

- 영농을 계속하기 위하여 시골에도 창고와 주택이 필요한 상황임

○ 질의내용

(1) 배우자 명의로 시골에 농가주택을 짓는 경우 조세특례제한법 제99조의 4에 규정된 특례 적용 요건

(2) 농가주택의 부수토지 면적이 661제곱미터인 경우 조세특례제한법 제99조의 4 규정 적용 여부

(3) 위 농가주택이 1세대 3주택 중과 여부 판정시 주택수에 포함되는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제99조의 4【농어촌주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령이 정하는 1세대(이하 이 조에서 “1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일부터 2008년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 “농어촌주택취득기간”이라 한다) 중에 다음 각호의 요건을 갖춘 1개의 주택(이하 이 조에서 “농어촌주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 당해 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 당해 농어촌주택을 당해 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용한다. (2005. 12. 31. 개정)

1. 취득당시 다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항의 규정에 의한 읍 또는 면에 소재할 것 (2005. 12. 31. 개정)

가. 광역시에 소속된 군에 소재하는 지역 및 수도권지역. 다만, 접경지역지원법 제2조의 규정에 의한 접경지역(광역시에 소속된 군에 소재하는 지역 및 수도권지역 중 지역특성 등이 접경지역과 유사한 지역을 포함한다) 중 부동산가격동향 등을 감안하여 대통령령이 정하는 지역을 제외한다. (2005. 12. 31. 개정)

나. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제6조 및 동법 제117조의 규정에 의한 도시지역 및 허가구역 (2003. 12. 30. 신설)

다. 「소득세법」 제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역 (2003. 12. 30. 신설)

라. 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령이 정하는 지역 (2003. 12. 30. 신설)

2. 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 면적이 대통령령이 정하는 기준 이내일 것 (2003. 12. 30. 신설)

3. 주택 및 이에 부수되는 토지의 가액(소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가를 말한다)의 합계액이 당해 주택의 취득 당시 1억5천만원을 초과하지 아니할 것 (2007. 12. 31. 개정)

② (삭제, 2007. 12. 31.)

③ 1세대가 취득한 농어촌주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍ㆍ면 또는 연접한 읍ㆍ면에 소재하는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. (2003. 12. 30. 신설)

④ 1세대가 제1항의 규정에 의한 농어촌주택의 3년 이상 보유요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 제1항의 규정을 적용한다. (2003. 12. 30. 신설)

⑤ 제4항의 규정에 의한 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우에는 과세특례를 적용받은 자가 과세특례를 적용받지 아니하였을 경우 납부하였을 세액에 상당하는 세액으로서 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액을 그 보유하지 아니하게 된 과세연도의 과세표준신고시 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 수용 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. (2003. 12. 30. 신설)

⑥ 제1항 및 제4항의 규정에 의한 과세특례를 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 과세특례신청을 하여야 한다. (2003. 12. 30. 신설)

⑦ 농어촌주택의 면적 및 취득가액의 산정방법, 농어촌주택의 보유기간의 계산, 농어촌주택의 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2003. 12. 30. 신설)

○ 조세특례제한법 시행령 제99조의 4【농어촌주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 법 제99조의 4 제1항 각호외의 부분에서 “대통령령이 정하는 1세대”라 함은 제99조의 2 제3항의 규정에 의한 1세대를 말한다. (2003. 12. 30. 신설)

② 법 제99조의 4 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 경기도 연천군, 인천광역시 옹진군 및 그 밖에 지역특성이 이와 유사한 지역으로서 기획재정부령이 정하는 지역을 말한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

③ 법 제99조의 4 제1항 제1호 라목에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 「관광진흥법」 제2조의 규정에 의한 관광단지를 말한다. (2005. 2. 19. 개정)

④ 법 제99조의 4 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기준 이내”라 함은 주택의 연면적이 150제곱미터(공동주택의 경우에는 전용면적 116제곱미터)이내를 말한다. (2003. 12. 30. 신설)

⑤ (삭제, 2008. 2. 22.)

⑥ 법 제99조의 4 제5항 본문에서 “대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액”이라 함은 일반주택을 양도한 시점에서의 당해 일반주택에 대한 「소득세법」 제104조의 규정에 의하여 계산한 세액을 말한다. (2005. 2. 19. 개정)

⑦ 법 제99조의 4 제5항 단서에서 “대통령령이 정하는 부득이한 사유”라 함은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 의한 수용(협의매수를 포함한다), 사망으로 인한 상속 또는 멸실의 사유로 인하여 당해 농어촌주택을 3년 이상 보유하지 아니하게 되는 경우의 당해 사유를 말한다. (2005. 2. 19. 개정)

⑧ 법 제99조의 4에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 기획재정부령이 정하는 과세특례신고서를 「소득세법」 제105조 또는 동법 제110조에 따른 양도소득세과세표준신고기한 내에 제출하여야 한다. 이 경우 납세지 관할 세무서장은 「전자정부법」 제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 다음 각 호의 서류를 확인하여야 하며, 신청인이 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 이를 첨부하도록 하여야 한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

1. 일반주택의 토지대장 및 건축물관리대장 (2003. 12. 30. 신설)

2. 농어촌주택의 토지대장 및 건축물관리대장 (2003. 12. 30. 신설)

⑨ 법 제99조의 4 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 농어촌주택의 면적 및 가액을 산정함에 있어서 일반주택의 양도일까지 농어촌주택의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에는 당해 증가된 건물ㆍ 토지의 면적 및 가액을 포함하여 계산한다. (2003. 12. 30. 신설)

⑩ 농어촌주택의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의 4 제1항 및 제4항의 규정에 의한 농어촌주택의 보유기간은 당초 농어촌주택의 취득일부터 기산하여 계산한다. (2003. 12. 30. 신설)

⑪ 농어촌주택의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의 4 제1항 각호 외의 부분의 규정에 의한 농어촌주택취득기간 이내의 취득 또는 동조 동항 제1호의 규정에 의한 지역에 해당하는 여부의 판정은 당초 농어촌주택의 취득일을 기준으로 한다. (2003. 12. 30. 신설)

○ 소득세법 시행령 제167조의 3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)

1. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시(다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한다)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2005. 2. 19. 개정)

가. 광역시에 소속된 군 및 「지방자치법」 제3조 제3항ㆍ제4항의 규정에 의한 읍ㆍ면 (2005. 2. 19. 개정)

나. 수도권 중 당해 지역의 주택보급률ㆍ주택가격 및 그 동향 등을 감안하여 기획재정부령이 정하는 지역 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

2. 이하 생략

②이하 생략

나. 관련 예규 (예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면4팀-3705, 2007.12.28

1. 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 2003. 8. 1.부터 2008. 12. 31.까지의 기간(이하 “농어촌주택취득기간”이라 함) 중에 조세특례제한법 제99조의 4 제1항 각호의 요건을 갖춘 1개의 주택(이하 “농어촌주택”이라 함)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함)하여 3년 이상 보유하고 당해 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택을 양도하는 경우에는 당해 농어촌주택을 당해 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 소득세법 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용하는 것임.

2. 한편, 위 “1”의 조세특례제한법 제99조의 4에 따른 과세특례를 적용받고자 하는 경우에는 “농어촌주택 취득자에 대한 과세특례적용신고서”(조세특례제한법 시행규칙 별지 제63호의 4 서식)를 소득세법 제105조 또는 동법 제110조에 따른 양도소득세과세 표준신고기한 내에 제출하여야 함.

○ 서면4팀-1646, 2005.09.12

거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 2003.8.1.부터 2005.12.31^주)까지의 기간(이하 “농어촌주택취득기간”이라 함) 중에 조세특례제한법 제99조의 4 제1항 각 호의 요건을 갖춘 1개의 주택(이하 “농어촌주택”이라 함)을 취득하여 3년 이상 보유하고 당해 농어촌주택 취득전에 보유하던 다른 주택(일반주택)을 양도하는 경우에는 당해 농어촌주택을 당해 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 1세대 1주택 비과세규정을 적용하는 것이나, 취득하는 농어촌주택의 대지면적이 660㎡를 초과하는 경우에는 농어촌주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용 받을 수 없는 것임.

* 현행은 2008. 12. 31까지임.

○ 서면4팀-3567, 2007.12.14

양도소득세의 중과세율(60％)이 적용되고 장기보유특별공제가 배제되는 「소득세법 시행령」 제167조의 3의 규정에 의한 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위를 판정함에 있어서는 서울ㆍ경기도ㆍ광역시에 소재하는 주택(다만, 광역시 중에서 군지역 및 경기도 중에서 읍ㆍ면지역에 있는 주택 중 국세청 기준시가 3억원 이하 주택은 제외)과 그 외의 지역에 소재하는 주택으로서 국세청 기준시가 3억원을 초과하는 주택을 기준으로 하는 것이며, 이 경우 양도하는 주택이 「소득세법 시행령」 제167조의 3 제1항 각호에 해당하는 때에는 중과 대상에서 제외하는 것임.