1. 질의내용 요약

가. 사실관계

- A는 2006.12.28 은평구 소재 토지가 수용되었으나 조특법 제85조 본문 규정에 의거 기준시가로 신고할 수 있었음에도 실거래가액을 양도소득세를 과다신고 하였음(63년 취득으로 85.1.1 의제취득일로하여 소득세법 제97조 제1항 나목에 의거 취득가액을 환산가액으로 계산하여 신고함).

- A는 착오를 발견하고 확정신고후인 2008.1 관할세무서장에게 경정청구를 하였으나 받아들이지 아니함.

※ 관련법규는 붙임의 관련법령과 유사사례의 내용을 참조

나. 질의내용

- 구 조세특례제한법 제85조 본문 및 단서조항을 해석함에 있어,

(갑설) 취득가는 실거래가로 소득세법 제97조 가항 본문 규정(실거래가액)을 명시하고 있으므로 동법 제97조 나항(환산가액)은 해당하지 아니하여 기준시가로 경정청구를 할 수 있다.

(을설) 확정신고기한까지 기준시가보다 실거래가로 과소신고한 경우에 한하여 기준시가로 경정청구할 수 없다.

(병설) 확정신고 기한까지 기준시가보다 실거래가로 과다신고한 경우에도 기준시가로 경정청구 할 수 없다.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제85조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】

거주자가 「소득세법」 제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 「소득세법」 제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 「소득세법」 제104조의 2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 「소득세법」 제96조 제2항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 개정)

1. 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날 (2004. 12. 31. 신설)

2. 산업입지및개발에관한법률 제7조의 3의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날 (2004. 12. 31. 신설)

3. 지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률 제4조의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날 (2004. 12. 31. 신설)

4. 주한미군(대한민국과미합중국간의상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제15조의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날 (2004. 12. 31. 신설)

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구ㆍ지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날 (2004. 12. 31. 신설)

○ 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. (2005. 12. 31. 개정)

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. (2005. 12. 31. 개정)

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 (2005. 12. 31. 개정)

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】 (2006. 12. 30. 제목개정)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액 (2005. 12. 31. 개정)

가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가 (2005. 12. 31. 개정)

나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 (2005. 12. 31. 개정)

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것 (2000. 12. 29. 개정)

3. (삭제, 2000. 12. 29.)

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것 (2000. 12. 29. 개정)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면4팀-360, 2007.01.26

【질의】

(사실관계)

- 부동산 소재지 : 충남 □□시 소재 4필지(지목 : 전)

- 취득일자 : 1979.7.6.(매매)

- 양도일자 : 2004.7.26.(대한주택공사의 공공용지 협의매수)

- 기타 : 2003.5.29. 투기지역으로 지정됨.

- 2004.9.30. 실지거래가액으로 양도소득세 예정신고 및 자진납부(일부 8년 자경농지 감면포함) 하였음.

- 이후 조세특례제한법 제85조가 2004.12.31. 신설되어 2005.1.1. 이후 신고분부터는 자정지역내의 토지라 하더라도 사업인정고시일로부터 소급하여 2년이 되는 날 전에 취득한 토지로서 공익사업용으로 양도하는 경우 기준시가로 신고를 할 수 있도록 개정되었으나, 이를 모르고 경정청구 및 확정신고를 하지 아니하였음.

(질의내용)

2004년도에 실지거래가액에 의해 예정신고 및 자진납부를 한 경우 확정신고기한이 경과한 이후에 조세특례제한법 제85조 규정을 적용하여 기준시가로 경정청구가 가능한지

【회신】

2004년도에 「소득세법」 제96조제1항제6호의 2(2005.12.31. 개정되기 전)에서 규정하는 지정지역에 소재한 부동산을 공익사업용으로 양도하고 실지거래가액{같은법 제97조제1항(2005.12.31. 개정되기 전) 규정에 의하여 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액으로 신고한 경우 포함}에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득과세표준에 대한 예정신고 및 자진납부를 2004년도에 이행한 경우 확정신고 기한 이후에는 기준시가로 경정등의 청구를 할 수 없는 것임.

○ 재조세-642, 2007.05.18

【질의】

(사실관계)

1979.7.6. 2002.1.5. 2002.9.27. 2003.5.29. 2004.1.5. 2004.7.26. 2004.9.30.

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쟁점토지 사업인정 택지개발 투기지역 사업인정 쟁점토지 예정신고

 취득 고시일로 예정지구 지정일 고시일 양도 및 납부

          부터 2년 지정일

ｏ 청구인은 1979.7.6. 충남 천안시 소재 3필지(이하 “쟁점토지”라 함)를 취득하였고, 쟁점토지는 2002.9.27. 택지개발예정지구로 지정, 2003.5.29. 투기지역으로 지정됨.

ｏ 청구인은 2004.7.26. 대한주택공사(사업시행사)에 쟁점토지를 공익사업용으로 양도하고, 2004.9.30. 실지거래가액을 2004년 귀속양도소득세를 예정신고 및 자진납부

※ 청구인은 쟁점토지를 8년 자경농지로 감면대상으로 신고하였으나, 처분청이 자경요건 3년을 갖추지 못한 것으로 보아 경정결정

ｏ 조세특례제한법 제85조(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례) 신설(2004.12.30.)로

- 지정지역내 부동산을 택지개발예정지구지정일(또는 사업인정고시일로부터 소급하여 2년, 투기지역 지정일 중 빠른 날) 이전에 취득, 2006.12.31. 이전에 공익사업 시행자에게 양도하는 경우 양도차익 기준시가로 산정가능

- 부칙 제12조는 이 법 시행 후 양도소득 과세표준확정신고기한이 도래하는 분(2004년 양도분)부터 적용한다고 규정

(쟁점)

ｏ 2004년 실지거래가액에 의하여 예정신고 및 자진납부를 하고, 별도의 확정신고를 하지 아니한 경우 조세특례제한법 제85조 규정에 의한 기준시가에 의한 경정청구가 가능한 지 여부

【회신】

납세자가 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2에서 규정하는 지정지역내 부동산을 공익사업용으로 양도하고, 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 예정신고 및 자진납부를 이행한 후 확정신고기한까지 기준시가 등에 의한 신고를 하지 않은 경우에는 기준시가에 의한 양도차익 과세 방식을 적용하는 내용의 경정 청구를 할 수 없음.

○ 서면4팀-2120, 2005.11.09

【질의】

가. 보상협의 공고일 : 2005.4.27.(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한법률)

나. 도시계획시설결정(공공청사 및 문화체육센터) 고시일 : 2005.6.20.(국토의 이용 및 계획에 관한법률)

다. 보상협의실시 : 2005.9.8. ∼ 현재(위의 나항의 근거로 실시)

라. 실시계획인가일 : 2005.11월 예정(국토의 이용 및 계획에 관한법률)

1. 조세특례제한법 제85조 “지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례” 규정과 관련하여 위의 나항 “도시계획시설결정일”을 근거로 보상협의를 하고 있는 경우, 사업인정고시일(실시계획인가일)전에 협의 매수한 토지도 동법의 규정을 적용받을 수 있는지.

2. 당해 사안을 인지하지 못해 이미 납세한 경우 차후 확인원을 발급받아 환급받을 수 있는지.

【회신】

1. 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 「조세특례제한법」 제85조 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날 및 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역으로 지정한날 중 가장 빠른날)전에 취득하여 2006.12.31. 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함)하는 경우에는 그 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있는 것이며, 이는 2005.1.1.이후 양도소득 과세표준 확정신고기한이 도래하는 분부터 적용함.

2. 2004년도에 「소득세법」 제96조 제1항 제6호의 2에서 규정하는 지정지역에 소재한 부동산을 공익사업용으로 양도하고 실지거래가액(같은법 제97조 제1항 규정에 의하여 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액으로 신고한 경우 포함)에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득과세표준에 대한 예정신고 및 자진납부를 2004년도에 이행한 경우 확정신고 기한 이전에는 기준시가로 경정 등의 청구를 할 수 있는 것이나, 확정신고 기한 후에는 기준시가로 경정 등의 청구를 할 수 없는 것임.