※ 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

O 사실관계

- 의료법인 ○○의료재단(이하 “의료재단”이라 함)은 의료기관을 설치 운영하여 국민보건에 기여하겠다는 설립자의 뜻에 따라 1992년 1월경 설립되어 1992년 4월10일부터 1998년 9월 4일까지 설립자 등으로부터 10필지 17,382㎡를 출연받는 등 총 14필지 18,923㎡의 부동산을 출연 및 취득하여 고유목적사업인 의료기관을 설립하여 국민보건에 기여하고자 하였으나

- 출연받은 부동산 등이 대구광역시로부터 도시계획사업 시설부지로 편입됨에 따라 1992년 7월경 의료법인이 도시계획사업 시행자로 지정되었으며, 그 후 3년이 경과한 1995년 9월경에 교통영향 심의 평가를 받고 그후 2년이 경과한 1997년 10월경에 도시계획사업 실시계획인가를 받게 되었으며, 의료법인이 인가받은 사업규모는 시행부지면적이 43,371㎡, 건축면적이 6,583.42㎡ 건축연면적이 101,047.73㎡로 지하3층 지상18층의 가칭 00종합병원을 신축하는 것이었음.

- 의료법인은 도시계획사업에 따라 종합의료시설을 신축하고자 도시계획사업 시행부지에 포함되는 출연받은 부동산을 제외한 타인소유 부동산을 매수하기 위한 협의를 진행하여 오던 중 사업부지내 출연받은 토지 중 일부가 인근 칠곡1택지개발지구에 편입됨에 따라 당초 인가받은 사업규모를 축소하지 않을 수 없게되어 도시계획사업변경신청을 하였으며, 2000년 6월경 대구광역시로부터 종합의료시설 시행부지면적을 당초 43,371㎡에서 3,949㎡축소한 39,422㎡으로 변경결정을 받게됨

- 따라서 의료법인은 1992년 설립이후 출연받은 부동산이 도시계획사업 시설부지로 편입되고, 또한 일부가 택지개발사업부지로 편입되는 관계로 당초 인가받은 종합의료시설이 축소되는 등 최종적으로 변경 결정된 2000년까지 8년이 경과된 시점에서야 행정적으로 의료기관을 신축하기 위한 제반여건이 마련되었으며, 이러한 과정속에서 2년내에 의료기관을 개설해야 한다는 의료법의 규정에 따라 의료기관 개설기한 연장신청을 공익법인 설립허가 담당부서에 1차 1996년 1월경, 2차 1998년 1월경, 3차 2000년 1월경 연장신청을 하여 승인을 받음

- 그 후 의료법인은 도시계획사업 변경결정에 따라 종합의료시설을 신축하기 위하여 사업시행부지 내에 포함된 타인소유 부동산을 매수하기 위한 협의를 진행하였으나, 편입토지 소유자들이 당시 시세보다 과다한 가격을 제시하는 등 매수에 난항을 겪게 되고 일부만 매입할 수 밖에 없었고 이 과정에서 국민고충처리위원회, 지방토지수용위원회의 처분지시에 따른 편입토지 소유자와의 민원 등 문제점들이 해소되지 않아 부득이 의료기관 개설기한을 또다시 2002년 1월까지 연장할 수 밖에 없었음

- 의료법인은 의료기관 신축을 위한 제반문제를 해결하기 위해서는 사업규모를 축소하지 않고는 고유목적인 의료기관 신축이 불가능하다는 판단을 하게 되었으나, 당시 IMF 사태 이후 경기침체가 지속되고 금융기관 구조조정, 부동산 담보가치 하락 등으로 인한 편입토지 매수 및 병원신축자금 등 자본조달계획이 차질을 빚게되어 부득이 외자유치를 통한 의료기관 신축을 위하여 일본 00대학측과 합작의료기관 설립방안, 출자조건,운영방법 등 사업추진일정을 수차례어 걸쳐 협의하는 등 최대한의 노력을 하고 있음을 대구광역시와 협의하고, 의료기관 설립계획 등 구체적인 방안을 마련하여 2004년 5월 29일 까지 의료기관 설립공사를 착공하겠다는 의사를 통보함

- 의료법인은대구광역시의 요구사항을 완료하려고 적극적 노력을 하였으나, 결과적으로 신축자금조달의 어려움, 인근토지의 협의매수 불투명, 추가 출연자들의 출연기피, 출연 및 추가취득한 부동산 18,293㎡만으로는 의료기관 신축이 불가능하다는 점 등 여러 가지 문제점이 빠른 시일내에 해소되지 못함에 따라 당초 약속한 2004년 5월 29일 까지 신축할 수 없게되어 의료법인의 설립목적을 달성할 수 없다는 판단을 하게 되었으며, 2004년 5월 29일 이사회의 결의에 의하여 자진해산하겠다는 의사를 표시하였으며, 대구광역시는 이를 받아들여 2004년 5월 31일 의료법의 규정에 의하여 설립허가를 취소하게 됨

- 대구광역시는 설립허가를 취소하면서 의료법 및 의료법인의 정관, 민법의 규정에 따른 해산 및 청산절차를 이행할 것을 요구하였으며, 의료법인은 2006년 10월경 청산인을 선임하여 승인을 받고 현재 청산절차를 진행중에 있음

O 질문내용

  위와같은 경우 상속세및증여세법 제48조 제2항 제1호 및 같은법 시행령 제38조 제3항의 규정에 의한 공익법인의 3년이내 사용의무 등에 의한 증여세 과세여부에 대하여 질의함

[갑설]

 상속세 및 증여세법 제48조 제2항 제1호의 규정에 의하면 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등 외에 사용하거나, 출연받은 날로부터 3년이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 않은 경우에는 증여세를 부과하나, 다만 그 사용에 장기간을 요하는 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유, 즉 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 3년 이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관이 인정한 경우에는 제5항의 규정에 의한 보고서의 제출과 함께 납세지관할 세무서장에게 그 사실을 보고한 경우에는 증여세부과를 제외한다고 되어있으므로, 위와같이 출연받은 재산이 도시계획사업부지에 편입되고 일부토지가 택지개발사업부지에 편입되는 등 행정상의 부득이한 사유로 3년 이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우에 해당하고 주무부장관인 대구광역시가 그러한 사실을 확인한 사실이 인정되며, 제5항에 의한 보고서를 관할세무서장에게 제출하였으므로 증여세 부과대상에서 제외함이 타당하다

[을설]

  출연한 재산 사용에 장기간을 요하는 경우에는 주무부장관이 인정하고(기간에 대한 의무규정 완화) 결국에는 고유목적에 사용하여야만 증여세가 부과되지 않는 것으로

  최종 연장시한이 경과한 후에까지도 고유목적에 사용하지 아니하여 공익법인 설립허가가 취소되었고 법인은 해산되어 청산중에 있으므로 증여세를 부과하여야 한다

[병설]

 상속세 및 증여세법 제48조 제2항 및 같은법 시행령 제38조 제3항의 규정은 출연받은 재산을 직접 공익목적사업에 사용함에 있어 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 3년이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관이 인정한 경우에 해당되면 증여세부과대상에서 제외되는 것이지 고유목적사업에 사용하여야만 된다는 취지가 아닌 것이므로

  위와같이 출연받은 재산이 도시계획사업부지에 편입되고 일부토지가 택지개발사업부지에 편입되는 등 행정상의 부득이한 사유로 3년이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우에 해당하고 의료법인이 사업을 추진하기 위하여는 부지내에 타인소유 부동산을 취득하지 않으면 사업을 추진할 수 없는 등의 사유로 의료법인이 고유목적을 달성할 수 없다고 판단하여 자진해산 결정을 하여 이에따라 주무부장관이 설립허가를 취소하였으므로 공익법인 설립허가 취소와 관계없이 상속세 및 증여세법 제48조 제2항 제1호 규정에 의한 증여세 부과대상은 아닌 것임

  단지, 위 의료법인의 경우 출연재산이 고유목적사업에 사용되지 못한 상태에서 설립허가가 취소되어 공익사업을 종료하였으므로 청산절차에 따라 잔여재산을 국가, 지방자치단체 또는 당해 공익법인과 동일하거나 유사한 공익법인 등에 귀속시키지 않은 때에 증여세를 부과하여야 한다