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1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 법인은 2008년 7월 인천광역시 남동구 남촌동 소재 본점을 충남 천안시 광덕면 지점사업장으로 이전하고 지점을 폐쇄를 계획하고 있음

- 현 인천의 공장의 사업장은 특별한 사업이 없는 한 매각, 임대등을 계획하고 있으나 경제정황으로 봐도 매각 및 임대도 쉽지 않으리라 판단됨.

- 인천 남동구 지역에 1994.08.10일 구입하여 사원기숙사로 쓰이고 있던 아파트 1채가 법인명의로 되어 있는데 매각예정임

○ 질의요지

질의1) 본점의 지방 이전시 세제상 혜택이 주어지는 사항이 있는 지 여부

질의2) 사원기숙사로 쓰던 아파트를 양도시 토지등 양도소득세과세특례 해당여부

  2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

법인세법 제55조2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설)

1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제125조의 규정에 의하여 국토해양부장관이 조사한 당해 지역의 직전분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기 대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지 등을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득에 100분의 10(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 20)을 곱하여 산출한 세액 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 정부조직법 부칙)

2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2003. 12. 30. 개정)

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설)

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설) (이하 내용생략)

③ 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2005. 12. 31. 신설)

④ 다음 각호의 1에 해당하는 토지 등 양도소득에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지 등에 대한 토지 등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 항번개정)

1. 파산선고에 의한 토지 등의 처분으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설)

2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설)

3. 도시 및 주거환경정비법 그 밖의 법률의 규정에 의한 환지처분 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득 (2002. 12. 30. 개정 ; 도시 및 주거환경정비법 부칙)

⑤ 제1항 및 제4항에서 “미등기 토지 등”이라 함은 토지 등을 취득한 법인이 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 토지 등을 말한다. 다만, 장기할부조건으로 취득한 토지 등으로서 그 계약조건에 의하여 양도 당시 그 토지 등의 취득등기가 불가능한 토지 등 그 밖에 대통령령이 정하는 토지 등을 제외한다. (2005. 12. 31. 개정)

⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다. (2005. 12. 31. 항번개정)

⑦ 제1항 내지 제6항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주업의 판정기준, 당해 사업연도에 토지 등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지 등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2005. 12. 31. 개정)

법인세법 시행령 제92조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

① 법 제55조의 2 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 지역 중 지가가 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 기획재정부령이 정하는 지역을 말한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

1. 「조세특례제한법 시행령」 제56조 제2항의 규정에 의한 대도시권 (2005. 2. 19. 개정)

2. 「개발이익환수에 관한 법률」 제2조 제2호의 규정에 의한 개발사업이 진행 중이거나 예정되어 있는 지역 및 그 인근지역 (2005. 2. 19. 개정)

② 법 제55조의 2 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. (2003. 12. 30. 신설)

1. 「임대주택법」에 의하여 5호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 법인이 10년 이상 임대한 국민주택 (2005. 2. 19. 개정)

1의 2. 해당 법인이 임대하는 「임대주택법」 제2조 제2호에 따른 건설임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택 (2008. 2. 22. 개정)

가. 대지면적이 298 제곱미터 이하이고 주택의 연면적(「소득세법 시행령」 제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149 제곱미터 이하일 것 (2008. 2. 22. 개정)

나. 5년 이상 임대하는 것일 것 (2008. 2. 22. 개정)

다. 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 양도 당시 6억원을 초과하지 아니할 것 (2008. 2. 22. 개정)

1의 3. 「부동산투자회사법」 제2조 제1호에 따른 부동산투자회사 또는 「간접투자자산 운용업법」 제27조 제3호에 따른 부동산간접투자기구가 2008년 1월 1일부터 2008년 12월 31일까지 취득 및 임대하는 「임대주택법」 제2조 제3호에 따른 매입임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 5호 이상인 경우 그 주택 (2008. 2. 22. 신설)

가. 대지면적이 298 제곱미터 이하이고 주택의 연면적(「소득세법 시행령」 제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149 제곱미터 이하일 것 (2008. 2. 22. 신설)

나. 10년 이상 임대하는 것일 것 (2008. 2. 22. 신설)

다. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권 밖의 지역에 소재할 것 (2008. 2. 22. 신설)

2. 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택 (2008. 2. 22. 개정)

3. 저당권의 실행으로 인하여 취득하거나 채권변제를 대신하여 취득한 주택으로서 취득일부터 3년이 경과하지 아니한 주택 (2006. 2. 9. 개정)

4. 그 밖에 부득이한 사유로 보유하고 있는 주택으로서 기획재정부령으로 정하는 주택 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

③ 법 제55조의 2 제4항 제2호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 「소득세법 시행령」 제153조 제1항의 규정에 의한 경우를 말한다. 이 경우 동항 제3호 단서의 규정 중 “농지소재지에 거주하면서 경작”은 “경작”으로 본다. (2005. 12. 31. 개정)

④ 법 제55조의 2 제4항 제3호에서 “대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 소득을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)

1. 「도시개발법」 그밖의 법률에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당됨으로써 발생하는 소득. 이 경우 환지처분 및 체비지는 「소득세법 시행령」 제152조의 규정에 의한 것으로 한다. (2005. 2. 19. 개정)

2. 분할(법 제46조 제1항 각호 및 법 제47조 제1항의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ현물출자(「조세특례제한법」 제38조 제1항의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ조직변경 및 교환(법 제50조의 요건을 갖춘 것에 한한다)으로 인하여 발생하는 소득 (2005. 2. 19. 개정)

3. 「한국토지공사법」에 의한 한국토지공사가 동법에 의한 토지개발사업으로 조성한 토지 중 주택건설용지로 양도함으로써 발생하는 소득 (2005. 2. 19. 개정)

4. 주택을 신축하여 판매(「임대주택법」에 따른 건설임대주택을 동법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 그 면적이 다음 각 목의 면적 중 넓은 면적 이내의 토지를 양도함으로써 발생하는 소득 (2006. 2. 9. 개정)

가. 주택의 연면적(지하층의 면적, 지상층의 주차용으로 사용되는 면적 및 「주택건설기준 등에 관한 규정」 제2조 제3호의 규정에 따른 주민공동시설의 면적을 제외한다) (2006. 2. 9. 개정)

나. 건물이 정착된 면적에 5배(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조의 규정에 따른 도시지역 밖의 토지의 경우에는 10배)를 곱하여 산정한 면적 (2006. 2. 9. 개정)

5. 그밖에 공공목적을 위한 양도 등 기획재정부령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

⑤ 법 제55조의 2 제5항 단서에서 “그밖에 대통령령이 정하는 토지 등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)

1. 법률의 규정 또는 법원의 결정에 의하여 양도당시 취득에 관한 등기가 불가능한 토지 등 (2001. 12. 31. 신설)

2. 법 제55조의 2 제4항 제2호의 규정에 의한 농지 (2005. 12. 31. 개정)

⑥ 제68조의 규정은 법 제55조의 2 제1항의 규정에 의한 토지 등 양도소득의 귀속사업연도, 양도시기 및 취득시기에 관하여 이를 준용한다. 다만, 제68조 제3항의 규정에 의한 장기할부조건에 의한 토지 등의 양도의 경우에는 동조 제2항의 규정에 불구하고 동조 제1항 제3호의 규정에 의한다. (2003. 12. 30. 개정)

⑦ 법 제55조의 2 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 예약매출에 의하여 토지 등을 양도하는 경우에는 그 계약일에 토지 등이 양도된 것으로 본다. (2003. 12. 30. 개정)

⑧ 제7항의 규정에 의하여 계약일에 토지 등이 양도되는 것으로 보는 경우의 토지 등 양도소득은 제69조 제2항의 규정에 의한 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용 중 제1항에 규정된 지역에 포함되는 기간에 상응하는 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금으로 하여 계산한다. 다만, 제69조 제2항의 규정에 의한 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령이 정하는 경우에는 계약금액 및 총공사예정비를 그 목적물의 착수일부터 인도일까지의 기간에 균등하게 배분한 금액 중 제1항에 규정된 지역에 포함되는 기간에 상응하는 금액을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금으로 하여 계산한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

⑨ 법인이 각 사업연도에 법 제55조의 2의 규정을 적용받는 2 이상의 토지 등을 양도하는 경우에 있어서 토지 등 양도소득은 당해 사업연도에 양도한 자산별로 법 제55조의 2 제6항의 규정에 의하여 계산한 금액을 합산한 금액으로 한다. 이 경우 양도한 자산 중 양도당시의 장부가액이 양도금액을 초과하는 토지 등이 있는 경우에는 그 초과하는 금액을 차감하여 토지 등 양도소득을 계산한다. (2005. 12. 31. 개정)

나. 기질의 회신사례(예규, 심판, 판례 등)

○ 서면2팀-1906, 2006.09.25.

내국법인이 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(‘법인세법 시행령’ 제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함) 및 사용인에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택을 양도하는 경우에는 법인세법 제55조의 2의 규정을 적용하지 아니하는 것임.

○ 서면2팀-1918, 2006.09.26.

【질의】

사업양수에 의하여 취득한 종업원 기숙사용 아파트의 주택무상제공기간을 사업양도법인의 제공기간을 포함하여 계산하는지 여부

【회신】

사업의 양수도에 의하여 취득한 주택인 경우의 무상제공기간은 양수도에 의해 취득한 날 이후 양도일까지의 기간 중에 실제 무상제공한 기간을 말하는 것임.