※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

< 토지 거래 내역 >

- 계약일 : 2006. 11. 24.

- 잔금지급일 : 2006. 12. 28.

- 양도소득세 신고(예정신고) : 2007. 1. 20.

- 토지거래계약 허가구역 해제 : 2008. 6. 7.

- 한편, 토지거래계약 허가구역 해제 후 소유권이전등기함

○ 질의내용

- 위 토지의 양도시기 및 예정신고기한은 언제인지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】

자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22. 개정)

○ 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다. (1998. 12. 31. 개정)

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일 (2001. 12. 31. 개정)

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

3. 이하 생략

② 이하 생략

○ 소득세법 제105조【양도소득과세표준예정신고】 (1999. 12. 28. 제목개정)

① 제94조 제1항 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항의 규정에 의하여 계산한 양도소득과세표준을 다음 각호의 구분에 의한 기간 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (2003. 12. 30. 개정)

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월. 다만, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조 제1항의 규정에 의한 거래계약허가구역 안에 있는 토지를 양도함에 있어서 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2월로 한다. (2006. 12. 30. 단서개정)

2. 제94조 제1항 제3호 각목의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 분기의 말일부터 2월 (2000. 12. 29. 신설)

② 이하 생략

○ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제117조【허가구역의 지정】

① 국토해양부장관은 국토의 이용 및 관리에 관한 계획의 원활한 수립 및 집행, 합리적 토지이용 등을 위하여 토지의 투기적인 거래가 성행하거나 지가가 급격히 상승하는 지역과 그러한 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 대하여는 5년 이내의 기간을 정하여 제118조 제1항의 규정에 의한 토지거래계약에 관한 허가구역(이하 “허가구역”이라 한다)으로 지정할 수 있다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 정부조직법 부칙)

② 국토해양부장관이 제1항의 규정에 의하여 허가구역으로 지정하고자 하는 때에는 중앙도시계획위원회의 심의를 거쳐야 한다. 다만, 지정기간이 만료되는 허가구역을 계속하여 다시 허가구역으로 지정하고자 하는 때에는 중앙도시계획위원회의 심의전에 미리 시ㆍ도지사 및 시장ㆍ군수 또는 구청장의 의견을 들어야 한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 정부조직법 부칙)

③ 국토해양부장관이 제1항의 규정에 의하여 허가구역으로 지정한 때에는 지체없이 대통령령이 정하는 사항을 공고하고, 그 공고내용을 시ㆍ도지사에게 통지하여야 한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 정부조직법 부칙)

④ 제3항의 규정에 의하여 통지를 받은 시ㆍ도지사는 지체없이 그 공고내용을 그 허가구역을 관할하는 등기소의 장과 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 통지하여야 하며, 그 통지를 받은 시장ㆍ군수 또는 구청장은 지체없이 이를 7일 이상 공고하고, 그 공고내용을 15일간 일반이 열람할 수 있도록 하여야 한다. (2002. 2. 4. 제정)

⑤ 허가구역의 지정은 제3항의 규정에 의하여 허가구역의 지정을 공고한 날부터 5일후에 그 효력이 발생한다. (2002. 2. 4. 제정)

⑥ 국토해양부장관은 허가구역의 지정사유가 없어졌다고 인정되거나 관계 시ㆍ도지사, 시장ㆍ군수 또는 구청장으로부터의 허가구역의 지정해제 또는 축소 요청이 이유있다고 인정되는 때에는 지체없이 허가구역의 지정을 해제하거나 지정된 허가구역의 일부를 축소하여야 한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 정부조직법 부칙)

⑦ 제2항 본문, 제3항 및 제4항의 규정은 제6항의 규정에 의한 해제 또는 축소의 경우에 이를 준용한다. (2002. 2. 4. 제정)

나. 관련 예규 (예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면4팀-1289, 2008.05.28

【질의】

(내용)

- 토지거래계약허가구역 내에 있는 토지를 양도하면서 매매대금에 대한 잔금을 청산받았으나, 토지거래계약허가를 받지 못해 양도소득세 예정신고를 못하고 있었음.

- 그 후 토지거래계약허가를 받기 전에 당해 토지는 토지거래계약허가구역에서 해제되어 토지거래계약허가를 받지 않고 등기이전이 가능하게 되었음.

(질의)

위와 같은 경우 당해 토지에 대한 양도소득세의 예정신고기한은 아래 사례 중 언제까지 신고하여야 하는지 여부

① 잔금청산일이 속하는 달의 말일부터 2월 이내

② 토지거래계약허가구역 해제일이 속하는 달의 말일부터 2월 이내

③ 등기접수일이 속하는 달의 말일부터 2월 이내

【회신】

「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제117조 제1항에 의한 토지거래계약 허가구역 안에 있는 토지를 양도하고 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 후 같은 법 같은 조 제6항에 의해 당해 토지가 토지거래계약 허가구역 지정이 해제된 경우, 당해 토지의 양도시기는 대금을 청산한 날이 되는 것이며, 양도소득세 과세표준예정신고는 토지거래계약허가구역 지정이 해제되는 날이 속하는 달의 말일부터 2월이 되는 기간 이내에 하는 것임.

○ 서면4팀-392, 2008.02.18

【질의】

(사실관계)

- 갑(매도자)과 을(매수자)은 2005년 2월에 토지매매계약을 체결하고, 2005년 3월에 잔금을 청산함.

- 2005년 3월에 을(매수자)은 위 토지에 근저당을 설정함.

- 2005년 5월 위 토지가 토지투기지역으로 지정됨.

- 2007년 10월에 토지거래허가를 득하고, 2007년 11월에 소유권이전등기 함.

(질의내용)

1) 갑(매도자)의 경우 위 토지의 양도시기, 기준시가 과세 여부, 양도소득과세표준예정신고ㆍ납부기한, 토지거래허가를 득한 후 2개월 내에 예정신고ㆍ납부시 예정신고납부세액공제 적용 여부

2) 매수자(을)가 취득한 토지의 일부가 “공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률”에 의하여 2008년 협의매수 또는 수용(사업인정고시 : 2001년) 되는 경우 「소득세법 시행령」 제168조의 14 제3항 제3호 적용 여부

【회신】

1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지는 「소득세법」제104조의 3 제2항 및 동법 시행령 제168조의 14 제3항 제3호의 규정에 따라 비사업용 토지로 보지 아니하는 것임.

2. 토지거래계약 허가구역 내 토지의 매매에 따른 양도시기 및 취득시기를 판정함에 있어 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제117조 제1항의 규정에 의한 토지거래계약에 관한 허가를 받지 아니한 경우에는 당해 토지에 대하여 대금을 청산한 경우라도 당해 토지거래계약은 효력이 발생하지 아니하여 자산의 양도 또는 취득으로 보지 아니하는 것이나, 대금청산 후 허가를 받은 경우 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로 「소득세법 시행령」제162조 제1항 본문의 규정에 의하여 당해 자산에 대한 대금을 청산한 날이 양도시기 및 취득시기가 되는 것임.

3. 상기2를 적용함에 있어 거주자가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제117조 제1항의 규정에 의한 토지거래계약 허가구역 안에 있는 토지를 양도함에 있어서 토지거래계약 허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우 양도소득과세표준예정신고는 「소득세법」 제105조 제1항 제1호 단서 규정에 따라 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2월 이내에 납세지 관할세무서장에게 하여야 하는 것이며, 허가를 받기 전에 이행한 양도소득세 과세표준 예정신고는 대금청산 후 허가를 받은 경우에는 그 효력이 인정되는 것임.

4. 한편, 「소득세법」제105조의 양도소득과세표준예정신고와 함께 「같은법」 제106조의 예정신고자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제하는 것임.