※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 2004. 9. 1. 조세특례제한법 제99조의 4에 해당하는 농어촌주택(A주택)을 1채 취득함

- 2004. 10. 21. B주택을 취득함(2004. 6. 1. 재개발입주권을 승계취득한 후 2004. 10. 21. 사용승인 받음)

○ 질의내용

농어촌주택을 취득 한 후 일반주택(B주택)을 취득하여 양도하는 경우 「조세특례제한법」제99조의 4 규정 적용 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○조세특례제한법 제99조의 4【농어촌주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령이 정하는 1세대(이하 이 조에서 “1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일부터 2008년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 “농어촌주택취득기간”이라 한다) 중에 다음 각호의 요건을 갖춘 1개의 주택(이하 이 조에서 “농어촌주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 당해 농어촌주택 취득전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 당해 농어촌주택을 당해 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용한다. (2005. 12. 31. 개정)

1. 취득당시 다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항의 규정에 의한 읍 또는 면에 소재할 것 (2005. 12. 31. 개정)

가. 광역시에 소속된 군에 소재하는 지역 및 수도권지역. 다만, 접경지역지원법 제2조의 규정에 의한 접경지역(광역시에 소속된 군에 소재하는 지역 및 수도권지역 중 지역특성 등이 접경지역과 유사한 지역을 포함한다) 중 부동산가격동향 등을 감안하여 대통령령이 정하는 지역을 제외한다. (2005. 12. 31. 개정)

나. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제6조 및 동법 제117조의 규정에 의한 도시지역 및 허가구역 (2003. 12. 30. 신설)

다. 「소득세법」 제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역 (2003. 12. 30. 신설)

라. 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령이 정하는 지역 (2003. 12. 30. 신설)

2. 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 면적이 대통령령이 정하는 기준 이내일 것 (2003. 12. 30. 신설)

3. 주택 및 이에 부수되는 토지의 가액(소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가를 말한다)의 합계액이 당해 주택의 취득 당시 1억5천만원을 초과하지 아니할 것 (2007. 12. 31. 개정)

② 이하 생략

○소득세법 제89조【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정)

1 ~ 2. 생략

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2005. 12. 31. 개정)

4. (삭제, 2005. 12. 31.)

② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 신설)

○소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. (2008. 2. 22. 단서개정)

1. 이하 생략

② 이하 생략

○소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다. (1998. 12. 31. 개정)

1 ~ 3. 생략

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축 허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

5. 이하 생략

② 이하 생략

나. 관련 예규 (예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면5팀-242, 2007.01.19

【질의】

(사실관계)

- 무주택 세대로 2000.1월 건설임대주택(A)을 임차하여 거주함.

- 2004.3월 조세특례제한법 제99조의 4 제1항에 해당하는 농어촌주택(B)을 신축함.

- 2006.5월 중 5년 이상 거주한 위 건설임대주택(A)을 분양받아 소유하게 됨.

(질의내용)

- 위의 A주택을 양도하는 경우 조세특례제한법 제99조의 4 규정이 적용되어 비과세 규정이 적용되는지 여부

【회신】

거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 2003.8.1.부터 2008.12.31.까지의 기간(이하 “농어촌주택취득기간”이라 함)중에 「조세특례제한법」 제99조의 4 제1항 각호의 요건을 갖춘 1개의 주택(이하 “농어촌주택”이라 함)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함함)하여 3년 이상 보유하고 당해 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택(일반주택)을 양도하는 경우에는 당해 농어촌주택을 당해 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 1세대 1주택 비과세(고가주택은 제외) 규정을 적용하는 것이나, 농어촌주택 취득 이후에 다른 주택을 취득하여 양도하는 경우 동 규정이 적용되지 않는 것임. 한편, 소득세법 제98조 및 동법 시행령 제162조 제1항의 규정에 따른 자산의 취득시기는 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날이며, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기 등을 한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기접수일임.