※ 붙임 : 관련 참고자료
1. 질의내용 요약
○ A사는 B사로부터 2006년 4월에 공유수면매립사업권(공사진행율 약 90%진행중)을 양도받으면서 이에 대해 세금계산서를 발행하고 해당분에 대해서는 토지매입관련 경비로 생각하여 매입세액 불공제분으로 2006년 1기 부가가치세 확정신고를 함.
그러나 부가46015-947(2001.06.29)사례를 보면 매립준공 후 소유권 취득시 용역의 공급에 해당하여 부가가치세가 과세되는 것으로 보며 당해 공사관련 매입세액은 매출세액에서 공제되는 것이라고 되어 있음.
이 경우 A사는 2006년 1기 부가가치세 확정신고에 대하여 경정청구를 하고 차후 매립토지에 대한 소유권을 취득하였을 때 매출세금계산서를 발행하여 부가가치세를 납부하여야 하는지 아니면 매립사업권 양수시 매입세액을 불공제신고로 소유권 취득시 매출세액신고를 하지 않아도 되는지 여부.
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙)
○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】
① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. (2006. 12. 30. 개정)
(이하 생략)
○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (1993. 12. 31. 개정)
○ 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】
⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다. (2002. 12. 30. 개정)
1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액 (2002. 12. 30. 개정)
2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액 (2002. 12. 30. 개정)
3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 (2002. 12. 30. 개정)
나. 유사 사례 (예규, 심사․심판례, 판례)
【부가46015-3304, 2000.09.23】
1. 사업자가 자기의 사업과 관련하여 교부받은 세금계산서를 부가가치세 신고시 신고 누락하였을 경우 신고누락한 세금계산서의 매입세액은 국세기본법 제45조의 2 제1항의 규정에 의한 경정청구시에 매입처별 세금계산서합계표를 제출하여 공제받을 수 있으며 이 경우 부가가치세법 제22조 제4항의 규정에 의한 가산세는 적용되지 아니하는 것임.
2. 다만, 매입세금계산서를 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출함으로써 매입세금계산서 합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 매입세액을 공제받는 경우에는 동법 동항의 가산세는 적용되는 것임.
공유수면매립법 등에 의하여 공유수면의 매립면허를 받은 자가 공유수면을 매립·준공한 후 그 대가로 매립지 일부의 소유권을 취득하는 경우에는 부가가치세법 제7조 제1항의 규정에 의한 용역의 공급에 해당하여 부가가치세가 과세되는 것이며, 당해 공사와 관련한 매입세액은 공제되는 것임.
【서면3팀-1758, 2007.06.19】
1. 「공유수면매립법」에 의하여 공유수면의 매립면허를 받은 자가 공유수면을 매립ㆍ준공한 후 그 대가로 매립지 일부의 소유권을 취득하는 경우에는 「부가가치세법」 제7조 제1항의 규정에 의한 용역의 공급에 해당하여 부가가치세가 과세되는 것이며, 당해 공유수면매립공사용역의 공급에 대한 매입세액을 같은 법 제17조 제1항 제1호의 규정에 의하여 매출세액에서 공제되는 것임.
2. 공동사업이라 함은 민법상의 조합계약에 의하여 2인 이상이 그 지분 또는 손익분배의 비율, 대표자 기타 필요한 사항 등을 정하여 공동으로 출자하여 공동으로 경영되고 따라서 당사자 전원이 그 사업의 성공 여부에 대해 이해관계를 가지는 사업을 말하는 것으로, 부가가치세법 제5조 및 같은 법 시행령 제7조의 규정에 의한 사업자등록신청 및 사업자등록증 교부시 공동사업자 해당여부는 소관세무서장이 사실판단 할 사항임.
【서면3팀-187, 2008.01.23】
귀 질의의 경우 세금계산서는 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 「부가가치세법」제9조에서 규정하는 시기(대통령령이 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말함.)에 교부하여야 하는 것으로, 그 공급시기에 교부하지 아니한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 같은법 제22조의 규정에 의한 가산세를 적용받는 것임.