1. 질의내용 요약

[사실관계]

 - 제2자유로 도로 사업으로 본인 소유 토지와 아들에게 증여한 주택이 수용 예정임.(2007년 이후 주택과 주변 농지가 그린벨트에서 일부 해제됨)

 - 수용대상 물건

   (농지) 고양시 일산동구 ○○동 소재 농지로 30여년 이상 재촌자경함.

   (주택) 고양시 일산동구 ○○동 소재 단독주택(농가) 2006년 11월경 아들에게 증여함.

 - 다른 주택 보유 현황 : 고양시 일산서구 ○○동 소재 아파트를 2003.5.21 최초분양받아 현재 본인이 소유하고 있으며 조세특례제한법상 감면대상 주택임.

 - 제2자유로 도로사업 주요내역

   시행사 : 경기도지사(대한주택공사, 파주신도시 사업본부)

   도로구역 결정고시 : 2008. 1. 14

   보상계획공고 : 2008. 2. 5

   협의보상 개시 : 2008. 5. 6 ~ 6. 30

[질의내용]

 - 8년 이상 자경농으로 국책사업으로 인한 토지 수용시 감면 적용 여부?

 - 기증여된 주택의 수용으로 인한 당해 주택의 양도세 산출방법과 세금납부 주체는?

2. 질의 내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 29. 제목개정)

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2005. 12. 31. 개정)

② 생략

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2002. 12. 11. 항번개정)

○ 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 31. 제목개정)

① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다. (2008. 2. 22. 개정)

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역 (2001. 12. 31. 신설)

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역 (2001. 12. 31. 신설)

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역 (2008. 2. 22. 신설)

② ~ ③ 생략

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. (2008. 2. 22. 개정)

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. (2008. 2. 22. 단서개정)

가. ~ 나. 생략

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지 (1998. 12. 31. 개정)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다. (2005. 2. 19. 개정)

⑥ 생략

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 소득”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. (2005. 2. 19. 개정)

                     (주거지역 등에 편입되거나 (취득당시의

                      환지예정지 지정을 받은 － 기준시가)

                      날의 기준시가)

     양도소득금액 ×───────────────────────

                     (양도당시의 기준시가)―(취득당시의 기준시가)

⑧ 생략

⑨ 법 제69조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

⑩ 제9항 후단의 규정에 의한 세액감면신청서를 접수한 당해 세무서장은 제2항의 규정에 의한 법인의 납세지 관할세무서장에게 이를 즉시 통지하여야 한다. (2003. 12. 30. 개정)

⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산함에 있어서 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. 다만, 상속인이 상속받은 농지를 경작하지 아니한 경우에는 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하는 경우에 한하여 피상속인이 취득하여 경작한 기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다. (2006. 2. 9. 신설)

⑫ 법 제69조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. (2006. 2. 9. 신설)

○ 조세특례제한법 제133조 【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】 (2006. 12. 30. 제목개정)

① 개인이 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조 또는 법률 제6538호 부칙 제29조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다. (2007. 12. 31. 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액 중 제69조와 제70조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액이 그 외 감면받을 양도소득을 제외하고 5개 과세기간의 합계액이 1억원(이하 이 항에서 “농지감면한도액”이라 한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 농지감면한도액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액의 합계액으로 계산한다. (2005. 12. 31. 신설)

③ 이하 생략

○ 소득세법 제101조 【양도소득의 부당행위계산】

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (1995. 12. 29. 개정)

② 양도소득에 대한 소득세를 부당하게 감소시키기 위하여 제1항에 규정하는 특수관계자에게 자산을 증여(제97조 제4항의 규정을 적용받는 배우자의 경우를 제외한다)한 후 그 자산을 증여받은 자가 그 증여일부터 5년 이내에 다시 이를 타인에게 양도한 경우에는 증여자가 그 자산을 직접 양도한 것으로 본다. 이 경우 당초 증여받은 자산에 대하여는 「상속세 및 증여세법」의 규정에 불구하고 증여세를 부과하지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정)

③ 이하 생략

○조세특례제한법 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 개정)

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 (2003. 5. 29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙)

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 (2003. 5. 29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙)

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)

③ 이하 생략

나. 관련 예규 (예규, 해석사례, 심사 ․ 심판례, 판례)

○ 서면4팀-798, 2008.03.25

【질의】

(사실관계)

- 父가 “경기도 용인시” 소재 조세특례제한법 제99조의 3 규정에 해당하는 단독주택(이하 “감면대상 신축주택”)을 2002.3.22.에 신축하여 보유하던 중 2004.12.24.에 子에게 증여한 후 子가 2007.12.30.(이하 “양도예정일”)에 양도할 예정임(증여자인 父의 취득일부터 子가 양도일까지 5년 경과).

- 子는 양도예정일 현재 감면대상 신축주택 외에 다른 주택을 보유하고 있지 않고 증여받은 후 3년 이상 보유하였으므로 1세대1주택 비과세 요건을 충족하고 있음.

- 父는 양도예정일 현재 감면대상 신축주택 외에 다른 주택을 보유하고 있어 감면대상 신축주택을 2주택 보유자임.

※ 관련예규 : (서면5팀-181, 2006.9.20.)에 의하면 “(중략)증여자가 양도한 것으로 보는 자산이 조세특례제한법 제99조의 3 규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 해당하는 경우에는 소득세법 제101조 제2항 규정에 따른 부정행위 계산이 적용되지 아니한다”고 하였음.

(질의요지)

〈질의 1〉 위 예규에 의하여 부당행위 계산이 적용되지 않아, 납세의무자는 子가 되어 1세대1주택으로 비과세가 가능한지 여부

〈질의 2〉 만약 부당행위계산이 적용된다면, 父가 양도하는 것으로 보는 경우 「조세특례제한법」 제99조의 3의 신축주택 감면 규정을 적용할 수 있는지 여부

【회신】

귀 질의의 경우, 양도소득에 대한 소득세를 부당하게 감소시키기 위하여 「소득세법시행령」 제98조 제1항 각호의 규정에 의한 특수관계자에게 자산을 증여한 후 그 자산을 증여받은 자가 그 증여일로부터 5년 이내에 다시 이를 타인에게 양도하는 경우 동법 제101조 제2항 규정에 의거 증여자가 그 자산을 직접 양도한 것으로 보아 양도소득세를 산정하는 경우 증여자가 부담하는 농어촌특별세와 양도소득세(취득일부터 양도일이 5년 경과에 따른 세액)의 합계액이 수증자가 부담하는 증여세와 양도소득세의 합계액 보다 큰 경우에는 동법 제101조 제2항의 규정을 적용하는 것임.

○ 서면4팀-1171, 2006.04.28

1. 「소득세법」 제101조 제2항의 양도소득의 부당행위계산 규정을 적용함에 있어서 증여받은 자산에 대하여 수증자가 부담하는 증여세액과 그 증여받은 자산을 다시 타인에게 양도함으로써 부담하는 양도소득세의 합계액이 증여자가 타인에게 그 자산을 직접 양도한 것으로 간주하여 부과하는 양도소득세의 합계액보다 많은 경우에는 동 규정에 의한 양도소득의 부당행위계산은 적용되지 아니하는 것임.

2. 예정신고납부세액공제는 예정신고와 함께 자진납부를 하는 때에 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제하는 것임.

○ 서면5팀-3154, 2007.12.03

「소득세법 시행령」 제98조 제1항 각호의 규정에 의한 특수관계자로부터 자산을 증여받은 자가 그 증여받은 자산을 그 증여일로부터 5년 이내에 다시 이를 타인에게 양도한 경우에 수증자가 부담하는 증여세와 그 증여받은 자산을 다시 타인에게 양도함으로써 부담하는 양도소득세의 합계액이 증여자가 직접 그 자산을 양도한 것으로 하여 부과하는 양도소득세보다 적은 경우에는 「소득세법」 제101조 제2항의 규정에 의한 부당행위계산이 적용되어 증여자가 양도한 것으로 보고 양도소득세를 과세하는 것이며, 이때 양도소득세의 납세의무자는 당초의 증여자가 되는 것이고 양도소득세의 계산 등은 납세의무자의 양도일 현재 과세요건에 따라 결정하는 것임.

○ 서면5팀-1044, 2008.05.15

1. 양도일 현재 농업소득세의 과세대상이 되는 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말함)안의 지역이나 이와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역에 거주하는 거주자가 당해 농지를 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 직접 경작한 토지로서 「조세특례제한법시행령」 제66조 제4항 각호에 해당하지 않은 농지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것임. 다만, 양도하는 농지가 2002.1.1. 이후 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(구 도시계획법을 포함)에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 “주거지역등”이라 함)에 편입된 경우에는 주거지역등에 편입된 날까지 발생한 양도소득금액 중 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제7항의 규정에 의하여 계산한 금액에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것임.

2. 귀 질의와 관련된 유사사례(서면4팀-84, 2008.1.10.)를 참고하기 바람.

○ 서면5팀-3021, 2007.11.19

1. 「조세특례제한법」 제69조에 규정된 자경농지에 대한 양도소득세의 감면규정을 적용함에 있어, 거주자가 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치적인 구를 말함) 안의 지역 또는 이와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함함)에 거주하면서 직접 경작한 토지(「같은 법 시행령」 제4항 각호의 1에 해당하는 것을 제외함)로서 양도일 현재 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함함)이 되는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면함. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 “주거지역등”이라 함)에 편입되거나 「도시개발법」 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 그 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제7항에 규정된 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것임.

2. 「조세특례제한법」 제70조에 규정된 농지대토에 대한 양도소득세의 감면규정을 적용함에 있어, 거주자가 3년 이상 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말함) 안의 지역 도는 이와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함함)에 거주하면서 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면과 소액부징수를 포함함)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 「같은 법 시행령」 제67조 제3항에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것임.

3. 상기 ‘1.’ 및 ‘2.’의 감면 규정을 적용함에 있어, 「조세특례제한법」 제133조 제2항(2005. 12. 31. 신설)에 의거 같은 법 제69조와 제69조와 제70조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득액이 그 외 감면받을 양도소득을 제외하고 5개 과세기간의 합계액이 1억원(이하 “농지감면한도액”이라 함)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니하며, 이 경우 농지감면한도액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액의 합계액으로 계산하는 것임. 다만, 이를 적용함에 있어서 2005.12.31. 이전에 같은 법 제69조의 규정에 의하여 감면받은 세액은 같은 법 부칙(법률 제7839호, 2005.12.31.) 제36조에 의거 이를 합산하지 아니하는 것임.

4. 귀 질의의 토지가 상기 ‘1.’ 및 ‘2.’의 양도소득세 감면대상 농지에 해당하는지는 취득시 잔금청산일을 확인할 수 있는 서류, 등기부등본 또는 토지대장등본, 토지이용계획확인원, 주민등록등본, 농지원부 및 기타 경작한 사실을 입증할 수 있는 서류 등 제반 사항을 종합 확인하여 판단할 사항임.

○ 서면5팀-2474, 2007.09.06

2006.1.1. 이후 토지(농지)를 양도하는 경우로서 감면받을 양도소득세액이 「조세특례제한법」 제133조 제1항 및 제2항 규정에 의한 양도소득세 감면한도액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니하는 것임.