2. 질의내용

가. 사실관계

- 교회가 택지개발지구내(현재 토지 투기지역으로 지정되어 있음)에 있어 수용되며, 수용순서는 1차토지 2차 지장물(건물)순입니다.

 - 현재 교회는 고유번호증상 82코드로 기재된 비영리 법인입니다.

 - 이때 수용되는 토지와 건물에 대하여 비영리 법인의 경우 양도소득세를 준용(소득세법 제92조 준용)하여 법인세를 신고납부하는 방법과 수용된 연도 다음연도 3월말까지 법인세로 신고납부하는 방법(법인세법 제60조)중 선택 가능한 것으로 알고 있음

<질의>

법인세법 제62조의2 비영리법인의 자산양도소득에 대한 과세특례 규정에 의거 양도소득세를 준용하여 신고납부하는 방식의 경우 이견이 있어 질의함

  (갑설) 비영리법인인 교회가 양도소득세를 준용하여 법인세를 신고납부하는 경우 거주자로 보아 세액계산하고 최종적으로 계산된 세액만 법인세로 신고납부하는 것이므로, 당연히 요건 충족시 조특법 제85조 적용되어 기준시가를 적용할 수 있다.

  (을설) 비영리법인인 교회가 양도소득세를 준용하여 법인세를 신고납부 하더라도 조특법 제85조 규정은 적용되지 않고 실거래가액으로만 신고하여야 한다.

나. 쟁점

   수익사업을 영위하지 않는 교회가 처분일 현재 3년이상 고유목적에 직접사용하지 않은 부동산을 처분한 경우 법인세법 제62조의2 【비영리법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】 규정에 의거 같은법 제60조 법인세 신고 규정에 따라 신고하는 방법과, 소득세법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동 법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 신고납부 하는 방법을 선택할 수 있음.

    이 경우 소득세법 제92조 규정을 준용하여 신고하는 방법으로 신고하는 경우에 요건충족시 기준시가가 적용되는 조세특례제한법 제85조【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】적용되는지 여부.