1. 질의내용 요약

○ 사실관계

○○조합중앙회(이하 “중앙회”임)는 ○○협동조합(이하 “조합”임)의 업무를 지도․감독하며 그 공동이익의 증진과 건전한 발전을 도모하기 위해 조합을 구성원으로 하여 설립된 비영리법인임. 중앙회는 정관 고유의 목적사업인 조합의 지도․감독업무와 신용사업 등을 영위하고 있음. 중앙회는 ○○시 소재의 대지 및 임야를 취득하여 연수원으로 사용하고 있음. 연수원부지는 종합합산, 별도합산, 분리과세, 면제대상으로 구분되어 관할구청으로부터 재산세를 고지받고 있음. 중앙회는 현재 ○○조합법상 ○○위원회의 경영개선명령에 의거하여 상기 연수원의 매각을 이행해야 하는 상황임.

중앙회는 00년 수도권(서울)에서 지방(본사)으로 본사이전을 완료하여 조세특례제한법 제63조의2에 의한 세액감면을 적용받고 있음. 이 경우 같은 조 제2항 제2호 가목에 의해 본사이전에 대한 감면받는 소득은 당해 과세연도의 과세표준에서 토지․건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익을 차감한 금액임.

○ 질의요지

1) 향후 상기 연수원이 매각될 경우 비사업용 토지 해당여부를 검토함에 있어 질의법인이 보유한 연수원의 토지가 법인세법 시행령 제92조의 6 제4항 제7호 및 법인세법 시행령 제92조의 8 제1항 제13호에 해당 여부

2) 중앙회의 상기 연수원의 매각이 감독기관인 ○○위원회의 경영개선명령에 의해 불가피하게 매각하는 경우에는 비사업용 토지에서 제외되는지 여부

3) 법인본사의 수도권외 이전법인에 대한 조세특례제한법 제63조의2에 의한 세액감면을 적용함에 있어 상기 질의2와 같이 감독기관의 명령에 의해 불가피하게 부동산을 매각시 당해 토지의 양도차익의 감면대상 해당여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】(중략)

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정) (중략)

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정) (이하생략)

○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】(중략)

② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (1998. 12. 31. 개정) (이하생략)

○ 법인세법 제55조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설)

(중 략)

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설)

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설) (중략)

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다. (2005. 12. 31. 신설) (중략)

다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설) (중략)

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 (2005. 12. 31. 신설) (중략)

다. 토지의 이용상황ㆍ관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설) (중략)

③ 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2005. 12. 31. 신설)

④ 다음 각호의 1에 해당하는 토지 등 양도소득에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지 등에 대한 토지 등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 항번개정)

1. 파산선고에 의한 토지 등의 처분으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설)

2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설)

3. 도시 및 주거환경정비법 그 밖의 법률의 규정에 의한 환지처분 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득 (2002. 12. 30. 개정 ; 도시 및 주거환경정비법 부칙)(이하생략)

○ 법인세법 시행령 제92조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

④ 법 제55조의 2 제4항 제3호에서 “대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 소득을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)

1. 「도시개발법」 그밖의 법률에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당됨으로써 발생하는 소득. 이 경우 환지처분 및 체비지는 「소득세법 시행령」 제152조의 규정에 의한 것으로 한다. (2005. 2. 19. 개정)

2. 분할(법 제46조 제1항 각호 및 법 제47조 제1항의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ현물출자(「조세특례제한법」 제38조 제1항의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ조직변경 및 교환(법 제50조의 요건을 갖춘 것에 한한다)으로 인하여 발생하는 소득 (2005. 2. 19. 개정)

3. 「한국토지공사법」에 의한 한국토지공사가 동법에 의한 토지개발사업으로 조성한 토지 중 주택건설용지로 양도함으로써 발생하는 소득 (2005. 2. 19. 개정)

4. 주택을 신축하여 판매(「임대주택법」에 따른 건설임대주택을 동법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 그 면적이 다음 각 목의 면적 중 넓은 면적 이내의 토지를 양도함으로써 발생하는 소득 (2006. 2. 9. 개정)

가. 주택의 연면적(지하층의 면적, 지상층의 주차용으로 사용되는 면적 및 「주택건설기준 등에 관한 규정」 제2조 제3호의 규정에 따른 주민공동시설의 면적을 제외한다) (2006. 2. 9. 개정)

나. 건물이 정착된 면적에 5배(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조의 규정에 따른 도시지역 밖의 토지의 경우에는 10배)를 곱하여 산정한 면적 (2006. 2. 9. 개정)

5. 그밖에 공공목적을 위한 양도 등 기획재정부령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

○ 법인세법 시행령 제92조의 11 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】(중략)

② 법 제55조의 2 제3항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지에 대하여는 해당 각 호에서 규정한 날을 양도일로 보아 제92조의 3의 규정을 적용하여 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. (2005. 12. 31. 신설)

1. 「민사집행법」에 따른 경매에 따라 양도된 토지 : 최초의 경매기일 (2005. 12. 31. 신설)

2. 「국세징수법」에 따른 공매에 따라 양도된 토지 : 공매일 (2005. 12. 31. 신설)

3. 그 밖에 토지의 양도에 일정한 기간이 소요되는 경우 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령이 정하는 날 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

○ 법인세법 시행령 제92조의 6 【임야의 범위 등】(중략)

④ 법 제55조의 2 제2항 제2호 다목에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. (2005. 12. 31. 신설) (중략)

7. 그 밖에 토지의 소유자, 소재지, 이용상황, 소유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있는 임야로서 기획재정부령이 정하는 임야 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

○ 법인세법 시행령 제92조의 8 【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】

① 법 제55조의 2 제2항 제4호 다목에서 “법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설) (중략)

13. 그 밖에 제1호 내지 제12호와 유사한 토지로서 토지의 이용상황 및 관계법령의 이행여부 등을 감안하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

○ 법인세법 시행령 제92조의 3 【비사업용 토지의 기간기준】

법 제55조의 2 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (2005. 12. 31. 신설) (이하생략)

○ 조세특례제한법 제63조의 2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】 (2007. 12. 31. 제목개정)

① 다음 각호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “수도권외 지역이전법인”이라 한다)은 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 소비성서비스업, 대통령령이 정하는 부동산업 및 건설업을 영위하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다. (2006. 12. 30. 단서개정)

1. 수도권과밀억제권역 안에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것 (2003. 12. 30. 개정)

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의한 산업단지에 한한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령이 정하는 바에 따라 2008년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나 수도권 밖에 2011년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2008년 12월 31일까지 보유하고 2008년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 이전계획서를 제출하는 경우에 한한다) (2007. 12. 31. 개정)

② 수도권외 지역이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (2007. 12. 31. 개정)

1. 공장을 이전한 경우에는 당해 공장에서 발생하는 소득 (1999. 12. 28. 신설)

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득 (2004. 12. 31. 개정)

가. 당해 과세연도의 과세표준에서 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익을 차감한 금액 (2005. 12. 31. 개정)

나. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 이전 후에 받는 급여총액이 법인 전체인원이 받는 연간급여총액에서 차지하는 비율 (2002. 12. 11. 개정)

다. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 수도권안의 본사 근무인원과 이전본사 근무인원의 합계인원에서 차지하는 비율(동비율이 100분의 50 미만인 경우에는 이를 영으로 본다) (2002. 12. 11. 개정)

3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 당해 과세연도의 소득금액을 한도로 한다. (1999. 12. 28. 신설) (이하생략)