1. 질의내용 요약

갑사업자가 을사업자에게 계약에 의하여 프로그램 개발용역을 제공함에 있어서 계약금 중 일부를 지급받아 프로그램을 납품(2000.3월)하고 하자처리도 했으나 을이 계약금 중 일부와 잔금지급을 미루더니 납품지연을 이유로 거액의 손해배상을 제기함과 동시에 계약해지를 통보함. 갑도 잔금지급 소송을 제기하여 조정에 의하여 당초 계약금액보다 감액된 금액으로(을이 당초 지급금액에 일정금액을 추가지급) 확정판결됨. 갑은 계약금에 대해 부가세 신고하고 잔금은 당초 미교부하다가 확정판결(2001.6월) 전후로 교부 및 수정교부하였으나 법인세는 당해연도에 익금가산하여 신고납부함. 이 경우 부가가치세법상 당해용역 공급시기 및 용역공급 대가와 법인세법상 2000년 매출액에서 차감하여 경정청구를 하여야 하는지 아니면 2001년도 대손상각비로 처리하여야 하는지?

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률,시행령,시행규칙)

○ 부가가치세법 제9조 【거래시기】

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. (1994. 12. 22 개정)

○ 부가가치세법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】

법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 (1977. 12. 30 신설)

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

○ 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】

① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.

② 외상판매 및 할부판매의 경우에는 공급한 재화의 총가액을 과세표준으로 한다. (2000. 12. 29 개정)

③ 장기할부판매의 경우에는 계약에 따라 받기로 한 대가의 각 부분을 과세표준으로 한다. (2000. 12. 29 개정)

④ 완성도기준지급 및 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하거나 계속적으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 계약에 따라 받기로 한 대가의 각 부분을 과세표준으로 한다.

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 개정)

○ 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】

법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. (1998. 12. 31 개정)

나. 관련ㆍ유사 사례 (기본통칙, 판례, 심사ㆍ심판례, 예규)

○ 부가46015-1067,1999.05.27

사업자가 건설용역을 공급하고 부가가치세법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 당초의 공급가액에 차감되는 금액이 발생한 경우에는 동법시행령 제59조 단서의 규정에 의하여 그 발생한 때(귀 질의의 경우 법원의 조정결정판결을 받은 때)에 감액수정세금계산서를 교부하는 것임.

○ 부가46015-1697,2000.07.18

사업자가 부가가치세가 과세되는 건설용역을 공급하고 부가가치세법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 당초의 공급가액에 차감되는 금액이 발생한 경우에는 동법시행령 제59조 단서의 규정에 의하여 그 발생한 때(귀 질의의 경우 법원의 확정판결을 받은 때)에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것임. 이 경우 당해 사업자의 납부세액의 계산은 동법 제17조 제1항의 규정에 의하여 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하는 것으로서 귀 질의와 같이 매출세액을 초과하는 매입세액이 발생한 경우에는 환급받을 수 있는 것임.

○ 부가46015-23,1998.01.08

건설공사를 도급받은 사업자가 선수금을 받고 일부 공사를 진행하던 중에 공사중지 및 공사무효확인소송이 제기되어 법원에 계류중인 경우에도 계약내용에 따라 부가가치세법 제9조 및 동법시행령 제22조에 규정하는 거래시기가 도래된 부분에대하여는 각각의 거래시기에 세금계산서를 교부하여야 하는 것이며 법원판결에 의하여 당초 내용이 변경되는 경우 법원의 확정판결이 있는 때에 당초 내용을 변경하는 수정세금계산서를 교부하는 것임

○ 법인46012-2883,1996.10.18

동일거래처에 대하여 금액이 확정되지 아니한 손해배상액과 매출채권이 동시에 있으나 지급금액에 다툼이 있어 쌍방이 소송을 제기한 후 재판상 화해에 의하여 매출 채권상당액이 손해배상액에 대체된 경우에는 동 매출채권을 회수하여 손해배상금으로 지급한 것과 동일하므로 이를 재판상 화해일이 속하는 사업연도의 각 사업연도 소득금액 계산시 손금에 산입하는 것이나, 귀 질의의 경우가 이에 해당하는지의 여부는 구체적인 내용에 의하여 사실 판단할 사항임.