1. 질의내용 요약

주차장 및 임대업을 영위하는 사업자로서 건설회사와 총공사대금을 16억원(부가세 별도), 대금은 별도 약정한 기성고(완성도)기준의 지급조건으로 도급계약을 체결하여 건축용역을 제공받고 그 대가를 분할지급한 바 있음. 당초 96년 4월에 공사착공하여 동년 12월에 준공키로 하였으나 공사지연 및 추가공사 등으로 97년 7월에야 준공받아 임대업을 개시하게 되었음. 총 공사대음 중 11억 정도는 세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제받았으나 잔여액에 대하여는 당초 시공사에서 세금계산서를 교부하지 아니하여 공제받지 못하였음. 그러다가 98년도에 당초 시공사의 부도(현재는 타회사에 합병되었음)로 동 시공사에 대한 채권자들의 채권압류가 들어오고 지체상금과 미시공 및 추가공사 금액 등의 문제로 공사대금 지급 및 세금계산서 수수가 지연되었음. 잔여 공사대금 지급과 관련하여 당초 시공사에 대한 채권자들이 소송을 제기하여 2001년 8월에 판결문이 나오게 된 바, 당초 지급할 공사대금에서 지체상금 미 추가공사, 채권압류금액 등이 차가감되어 실지급(대위변제할) 금액이 확정되었음. 이 경우 잔금부분에 대한 세금계산서 교부시기(용역공급시기)와 관련매입세액 공제가능 여부 등?

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률,시행령,시행규칙)

○ 부가가치세법 제9조 【거래시기】

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때랄 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. (1994. 12. 22 개정)

○ 부가가치세법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】

법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 (1977. 12. 30 신설)

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액” 이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

○ 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】

① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.

④ 완성도기준지급 및 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하거나 계속적으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 계약에 따라 받기로 한 대가의 각 부분을 과세표준으로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서】

법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. (1994. 12. 31 개정)

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액” 이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액” 이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액” 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액” 이라 한다)으로 한다. (1995. 12. 29 개정)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994. 12. 22 신설)

나. 관련ㆍ유사 사례 (기본통칙, 판례, 심사ㆍ심판례, 예규)

○ 부가46015-3885,2000.11.28

1. 건설업을 영위하는 사업자가 완성도기준지급조건부로 건설용역을 공급함에 있어 공급계약상의 특정내용에 따라 발주자에게 기성부분에 대한 검사를 필한 후 대가의 지급을 청구하고 발주자는 기성부분에 대한 검사를 완료하여 그 대가를 지급하기로 한 경우 당해 기성부분에 대한 부가가치세의 공급시기는 부가가치세법 제9조 제2항 및 동법시행령 제22조 제2호의 규정에 의하여 그 대가를 받기로 한 때(당해 기성부분이 확정되어 그 대가의 지급이 확정되는 때)인 것임. 이 경우 당사자의 약정에 의하여 준공검사일 이후에 잔금을 받기로 한 경우 당해 잔금에 대한 공급시기는 건설용역의 제공이 완료되는 때로 하는 것이나, 귀 질의의 경우 건설용역 제공의 완료시점에 대하여는 당초 계약서 및 변경계약서 등 관련사실을 종합하여 사실 판단할 사항임.

2. 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 부가가치세법 제9조에 규정하는 시기에 동법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하여야 하는 것이며, 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부한 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 이후의 과세기간에 교부한 경우 당해 세금계산서의 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제1의 2호의 규정에 의하여 공급받는 자의 매출세액에서 공제되지 아니하는 것임.

○ 부가46015-1697,2000.07.18

사업자가 부가가치세가 과세되는 건설용역을 공급하고 부가가치세법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 당초의 공급가액에 차감되는 금액이 발생한 경우에는 동법시행령 제59조 단서의 규정에 의하여 그 발생한 때(귀 질의의 경우 법원의 확정판결을 받은 때)에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것임. 이 경우 당해 사업자의 납부세액의 계산은 동법 제17조 제1항의 규정에 의하여 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하는 것으로서 매출세액을 초과하는 매입세액이 발생한 경우에는 환급받을 수 있는 것임.

○ 부가46015-243,1997.01.31

건설업자가 계약에 의해 국립교육기관에 강의동 신축공사용역을 제공받고 그 대가를 지급받음에 있어 당해 대가에 대하여 법원으로부터 압류 및 전부명령이 있더라도 당해 건설업자는 동 용역을 공급한 분에 대하여 부가가치세법 제9조 제2항에 규정하는 공급시기에 동법 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부하여야 하는 것임.

다만, 이 경우 당해 건설업자가 건설용역을 공급하다가 중도에 부도발생한 후 실질적으로 폐업하여 관할세무서장에 의해 직권폐업 및 사업자등록번호 말소조치된 경우 당해 폐업 및 직권말소일 이후에는 동법 제16조 규정에 의한 세금계산서를 교부할 수 없는 것임.