1. 질의내용 요약

상가를 신축ㆍ분양하는 부동산 개발회사로서 부가법령 제48조의2 제4항 개정전의 매매계약된 거래인바, 당초에는 토지와 건물비율을 과세시가 표준액을 기준으로 안분하여 구분계약하고 세금계산서(건물)와 계산서(토지)를 교부하여 왔음. 상가준공 시점에서 그간의 공사과정 중 설계변동 등으로 건물이나 구축물 등에 원가가 더 투입되어 당초 안분한 토지와 건물가액 구분비율보다 차이가 발생하게 되었는데 당해 원가는 당사 장부상 기장되어 그 실지거래가액 정산이 가능함. 당초 총분양금액에는 전혀 변동이 없는 경우 당초 비율과 차이가 나더라도 정산할 필요없이 종전대로 구분하여 계약한 금액대로 세금계산서와 계산서를 교부하는 것인지 아니면 정산(수정)하여 교부하는 것인지?

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙)

○ 부가가치세법 시행령 제48조의 2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거개가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. (97.12.31. 개정)

⑤ 제4항 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순에 의한다. (97.12.31. 개정)

1. 주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자체단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획상의 분양가액

2. 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다.

3. 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액

○ 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서】

법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

나. 관련ㆍ유사사례 (기본통칙, 판례, 심사, 심판례, 예규)

○ 부가46015-4879,1999.12.14

1. 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 부대시설을 함께 공급함에 있어 계약서에 토지와 건물 등의 가액을 구분표시하여 양도하는 경우의 과세표준은 부가가치세법시행령 제48조의 2 제4항의 규정에 의하여 그 건물 및 기타 부대시설의 실지거래가액에 의하는 것이나, 이 경우 실지거래가액은 일반적으로 매매계약서상의 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 계약서상에 구분표시된 토지와 건물 등의 가액이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에 적용하는 것임.

2. 동 조항의 규정을 적용함에 있어 토지와 건물 등의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액도 동조 제4항의 규정에 의한 실지거래가액으로 보는 것임. 이 경우 장부가액은 세무회계상의 장부가액을 의미하는 것임.

○ 부가22601-1185,1989.08.19

1. 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 부가가치세법 시행령 제48조의 2 제3항의 규정에 의하여 실지거래가액에 의하되, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하는 것이며,

2. 공급계약일 현재 미완성된 건물 및 기타 구축물을 토지와 함께 공급하여 부가가치세 시행령 제48조의 2 제3항의 규정에 의하여 안분계산하는 경우 그 계산방법은 당해 건축물의 건축법상 건축허가조건에 따라 건물이 완성된 것으로 보아 지방세법에 의한 과세시가표준액을 적용하는 것이며 추후 건축허가 조건이 변경되거나 건축허가 조건과 다르게 준공검사가 완료된 경우에는 건축허가변경일 또는 준공검사완료일에 공급가액이 변경된 것으로 하여 과세표준을 수정하여야 하는 것임.

○ 부가46015-1297,1996.06.28

건설업을 영위하는 사업자가 다른 사업자와의 계약에 의해 건물신축용역 제공을 완료하고 이에 대한 세금계산서를 교부하였으나 추후에 계약변경으로 당초의 계약 금액을 증액하는 경우에는 그 변경계약시에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것임.

○ 부가46015-412,2001.03.01

사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의하는 것임. 다만, 귀 질의와 같이 2000. 12. 31 이전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우로서 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하는 것이나, 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 보는 것임.