1. 질의내용 요약

국내에 사업장을 두고 있는 외국법인 갑이 특수관계자에 해당하는 을법인에게 재화를 공급함에 있어, 일부는 갑이 외국에서 직접 공급(을이 재화를 수입)하고 일부는 국내사업장에서 공급하는 경우 직접 공급하는 분과 국내사업장에서 공급하는 분의 일관된 이전가격 정책을 유지하고자 을에게 일정비율의 영업이익을 실현할 수 있는 수준에서 공급가액을 정하기로 약정한 경우에 있어, 그 영업이익을 사전에 정확히 예측할 수 없어 매 공급시마다 최선의 추정가액으로 공급하고 세금계산서를 교부한 후, 사후에 그 공급가액을 확정하는 경우 수정세금계산서의 교부와 관련된 부가가치세법 적용 질의

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률,시행령,시행규칙)

○ 부가가치세법 제1조【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

○ 부가가치세법 제6조【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제16조【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서” 라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

○ 부가가치세법시행령 제59조【수정세금계산서】

법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

○ 부가가치세법기본통칙 16-59-1【수정세금계산서 및 수정영수증 작성 교부】

① 세금계산서를 교부한 후에 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 당초에 교부한 세금계산서는 주서로 , 수정하여 교부하는 세금계산서는 흑서로 각각 작성하여 함께 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액만이 추가 또는 차감되는 경우에는 그 증감사유가 발생한 때에 추가되는 금액에 대하여는 흑서로, 차감되는 금액에 대하여는 주서로 교부하여야 한다.

○ 부가1265-822, 1983.05.02.

사전약정에 의해 판매실적에 따라 당초 공급단가를 조정하는 조건으로 재화를 공급하는 경우 약정내용에 따라 당초 공급단가를 변동시키는 조정사유가 발생한 때에는 부가가치세법시행령 제59조의 규정에 의하여 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있음.

○ 간세 1235-251, 1978.01.25.

사업자가 재화공급계약의 특수조건에 의하여 당해 재화의 공급시기 경과후 공급가액이 변경되는 경우에는 부가가치세법 시행령 제59조의 규정에 의하여 당해 공급가액이 변경되는 때에 세금계산서를 수정하여 교부하여야 하며, 당해 공급가액이 변경되는 날이 속하는 예정신고 또는 확정신고시의 과세표준에서 그 변경으로 인하여 당초 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액을 가산 또는 공제할 수 있음.

○ 부가22601-1477, 1988.08.23.

사업자가 거래당사자간의 대금의 정산특약에 따라 공급가액을 확정하지 아니한 상태에서 잠정합의한 가격으로 재화를 공급하고 추후 확정가격에 의거 대금을 정산한 경우 세금계산서 교부방법은 재화가 인도되는 때에 잠정합의된 가격으로 세금계산서를 교부하는 것이며, 추후 당해 재화의 가격이 확정되는 때에 그 확정된 금액으로 세금계산서를 수정하여 교부하는 것임.

○ 부가46015-432, 1995.03.06..

사업자가 임가공용역을 제공함에 있어서 발주자와의 임가공계약시 일정률의 불량률을 초과하는 불량품이 발생하는 때에는 그 초과분에 대하여 당해 임가공료에서 차감하기로 대금정산에 관한 특약을 한 경우, 부가가치세법 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 후 동 정산특약에 의거하여 당초의 공급가액에 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 같은법시행령 제59조의 규정에 의하여 수정세금계산서를 교부할 수 있는 것임.