1. 질의내용 요약

○○종합유통단지 전자관사업 협동조합의 본인을 비롯한 조합원들이 ○○시로부터 분양받은 사업용지에 지상권을 사용하여 상가건물을 건축할 수 있도록 조합원들은 조합에 건축비를 납부하고 조합은 건축발주자가 되어 ○○중공업(주)를 비롯한 수개의 업체에 도급발주한 바 있음. 당초 조합원인 본인은 조합에 납부한 건축비에 대하여 세금계산서를 교부받아 매입세액 공제를 하여 환급받은 사실이 있는데, 이후에 조합이 본인에게 동의도 구하지 않고 일방적으로 적자세금계산서를 교부하여 ○○세무서에 신고함에 따라 본인은 그에 상당하는 세액을 추징받게 되었음. 이 경우 조합이 본인에게 뚜렷한 근거없이 내부적인 업무처리에 의하여 공급받는 자의 동의없이 적자(수정)세금계산서를 발행하여 신고할 수 있는지 여부 등 그 책임, 근거,해결방법 등?

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률,시행령,시행규칙)

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서” 라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액 4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

⑤ 제1항 및 제3항외에 세금계산서의 작성ㆍ교부에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서】

법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. (1994. 12. 31 개정)

나. 관련ㆍ유사 사례 (기본통칙, 판례, 심사ㆍ심판례, 예규)

○ 부가22601-1380,1999.9.3

세금계산서의 교부라 함은 세금계산서를 발행하여 거래상대방에게 넘겨주는 것을 말하므로, 공급받는 자의 동의없이 일방적으로 수정세금계산서를 작성하여 자기만이 당해 수정세금계산서를 정부에 제출하는 경우에는 정당하게 교부된 수정세금계산서로 볼 수 없는 것임.

○ 부가46015-1609,1999.06.07

○○협동조합이 조합원으로부터 출자를 받아 당해 조합명의로 건물을 신축하여 출자자인 조합원에게 이전하는 것은 재화의 공급에 해당되어 부가가치세가 과세되는 것으로 당해 조합은 당해 건물을 공급받은 조합원에게 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 거래징수하는 것이며, 당해 세금계산서를 교부받은 조합원이 일반과세자로 등록한 사업자인 경우에는 당해 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는 것이나, 일반과세자로 등록하기 전에 교부받은 세금계산서의 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제5호의 규정에 의하여 매출세액에서 공제받을 수 없는 것임. 그리고 간이과세자나 과세특례자는 납부세액계산을 매출세액에서 매입세액을 차감하여 계산하지 않기 때문에 교부받은 세금계산서의 매입세액은 공제받을 수 없는 것임.

○ 부가46015-847,1998.04.25

중소기업협동조합법에 의한 ○○협동조합이 조합원으로부터 출자를 받아 당해 조합의 명의로 건물을 신축하여 각 조합사와 타인에게 분양하는 것은 부가가치세법 제6조의 규정에 의한 재화의 공급에 해당하므로 부가가치세가 과세되는 것이며 당해 건물의 신축과 관련한 매입세액은 당해 조합의 매출세액에서 공제하는 것이나 부가가치세가 과세되지 아니하는 당해 조합의 다른 사업에 사용되는 부분에 대하여는 매입세액이 공제되지 아니하는 것임.

○ 부가46015-384,2000.02.19

중소기업협동조합법에 의하여 설립된 ○○협동조합이 조합원으로부터 출자를 받아 당해 조합의 명의로 건물을 신축하여 출자자인 조합원에게 건축물을 이전하는 경우의 공급시기는 부가가치세법 제9조 제1항 제2호의 규정에 의하여 재화가 이용가능하게 되는 때이나, 당해 재화의 공급이 동법시행규칙 제9조의 규정에 의한 중간지급조건부에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한때가 되는 것임.