1. 질의내용 요약

○ 연어 부산물을 갈아서 냉동ㆍ포장한 광어 양식 사료의 수입시 당초에 세관장으로부터 면세 계산서를 교부받았으나 추후 과세대상물품으로 확정되어 세관장에게 부가가치세를 거래징수 당한 후 수입세금계산서를 교부받은 경우 당해 매입세액의 공제(환급)여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙)

○ 부가가치세법 제16조【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서” 라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

③ 세관장은 수입되는 재화에 대하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 세금계산서를 수입자에게 교부하여야 한다.

○ 부가가치세법시행령 제56조【수입세금계산서】

법 제16조 제3항의 규정에 의하여 교부하는 세금계산서는 법 제16조 제1항의 규정을 준용하여 관세청장이 정하는 바에 의한다.

○ 부가가치세법 제17조【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액” 이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액” 이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액” 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액” 이라 한다)으로 한다.

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

나. 유사사례 (기본통칙, 판례, 심판례, 심사례, 예규 등)

○ 부가46015-397, 2001.02.27

사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액 및 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항에서 규정한 불공제되는 매입세액을 제외하고는 자기의 매출세액에서 공제할 수 있는 것임.

○ 부가46015-1654, 1999.06.11

귀 질의의 경우에는 유사한 내용의 붙임 기 질의ㆍ회신문(부가22601-432, 1992. 4. 2)을 참조하기 바람.

(참조 : 부가 22601-432, 1992. 4. 2)

외국으로부터 재화를 수입하는 수입업자가 재화를 수입하고 세관장으로부터 수입세금계산서를 교부받은 후 당초 관세 및 부가가치세 경감 규정을 적용하는 과정에 착오가 있었다 하여 추가로 부가가치세를 세관장에게 납부하고 수입세금계산서를 추가로 교부받은 경우에 수입세금계산서상의 매입세액은 그 수입금액세금계산서를 교부받은 날이 속하는 과세기간에 자기의 매출세액에서 공제하거나 환급할 세액에 가산하여 환급받을 수 있는 것임

○ 국심94전2405, 1994.07.02

삶아 건조한 고사리 수입시 면세로 계산서를 교부받았으나 과세대상물품이라 하여 세금계산서를 교부받았는 바, 사실과 다른 세금계산서로 보기 어려우므로 매입세액 공제

○ 간세1235-4652, 1977.12.23

부가가치세법 제23조 제3항의 규정에 의하여 세관장이 세관징수의 예에 의하여 부가가치세를 징수하는 때가 수입재화의 공급받는 시기이며, 사업자가 자기의 사업에 관련된 재화의 수입으로 인하여 세관장으로부터 징수당한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항의 규정에 의하여 수입재화의 공급받은 시기가 속하는 예정신고 및 확정신고시 매출세액에서 공제하는 것임.