1. 질의내용 요약

개인사업자 ‘갑’은 당초 임대사업자로 등록한 후 건물을 취득하여(2000년 2기) 관련 매입세액(37백여만원)을 환급받았다가(2001.2.6) 그 후 사정변경이 있어 임대사업을 폐지하고(2001.3.16) 본 건물을 직접 학원용도로 사용하면서 기 환급받은 부가세를 납부(34백여만원)한 사실(2001.4.4)이 있음. 관할세무서는 이에 대하여 당초 환급받은 세액에 대하여 신고불성실(3.7백여만원) 및 납부불성실(7백여만원) 가산세를 적용하여 고지처분(48백여만원)하고 당초 납부한 세액을 환급(34백여만원)한 바, 당초 고지에 대하여 신고불성실 가산세와 납부불성실 가산세가 중복하여 적용되는지 여부와 이 경우 납부불성실 가산세가 적용된다면 당초 신고한 환급액에서 기 자진납부세액을 차감한 잔여액에 대하여 부담하는 것이 타당한지 여부?(현재 세무서는 당초 환급받은 세액을 기준으로 납부불성실 가산세를 계산하고 기 납부한 세액에 대한 환급가산금은 고려치 않고 그 원금액만 반환했음)

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률,시행령,시행규칙)

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994. 12. 22. 신설)

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (1993. 12. 31 개정)

○ 부가가치세법 제22조 【가산세】

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. (1998. 12. 28 개정)

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액.

납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

나. 관련ㆍ유사 사례 (기본통칙, 판례, 심사ㆍ심판례, 예규)

○ 제도46015-12279,2001.07.20

과ㆍ면세 겸업자가 면세사업과 관련된 매입세액을 공제받아 환급받은 경우 부가가치세법 제22조 제5항의 규정에 의한 가산세가 적용되는 것임.

○ 부가46015-1278,1995.07.12

부가가치세법 제12조의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 사업을 영위하는 자에 대하여는 부가가치세법 제22조의 규정을 적용하지 아니하는 것임.

○ 부가22601-2514,1986.12.13

당해 소관세무서장이 그 신고내용 중 과세대상이 아닌 것을 신고 및 납부한 사실을 확인한 경우에는 부가가치세법 제21조의 규정에 의하여 경정하고 착오납부된 금액을 환급할 수 있는 것임.