1. 질의내용 요약

○ ○○은행(정부업무대행단체)의 소매업 과세전환에 따라 2001.07.01자 부가가치세가 과세되는 사업자로 전환(사업자등록번호 변경)된 면지역에 소재하는 ○○주유소가 2001.06.30이전에 부가가치세가 면제되는 농업용 석유류를 공급하고 2001.06.15~2001.06.30 기간 중 공급한 농업용 석유류에 대하여 지역○○은행이 2001.07.02 확인한 “면세공급확인서”를 당해 지역○○은행으로부터 제출받아 제출받은 날로부터 1월 이내에 당초에 석유류를 공급한 대리점【(○○(주)○○지사】에 제출하여 구)조특법시행령 제106조 제10항의 규정에 의하여 2001.07.31자 수정세금계산서(적자세금계산서)를 교부받은 경우 당해 수정세금계산서에 의하여 교부받은 날이 속하는 과세기간의 매입세액에서 차감할 수 있는 것인지 여부

(참고사항) 2001.06.30 이전에 당해 ○○은행은 면세사업자로서 당초 유류구입시 교부받은 매입세금계산서의 매입세액은 공제하지 아니하였음

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙)

○ 부가가치세법 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

○ (구)조세특례제한법 제106조【부가가치세 면제 등】

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다

7. 농업용 또는 어업용 석유류로서 대통령령이 정하는 것

○ (구)조세특례제한법시행령 제106조【부가가치세 면제 등】

⑩ 사업자는 그가 공급한 석유류가 제8항 제2호의 석유류에 해당하는 경우 제12항 제4호의 면세공급확인서를 제출받은 때에 해당 석유류가 환입되어 다시 공급한 것으로 보아 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

◈ 농업기계 및 내수면어업선박ㆍ시설용 부가가치세 면세석유류 공급절차 ◈

(1999. 7. 3 국세청고시 제99-18호)

조세감면규제법시행령 제96조 제9항에 의하여 국세청장이 고시한 “농업기계 및 내수면어업선박ㆍ시설용 부가가치세 면세석유류 공급절차” (국세청 고시 제98-3호, 1998. 1. 8)를 조세특례제한법시행령 제106조 제11항의 규정에 의하여 다음과 같이 개정 고시합니다.

3. 주유소 및 판매업소의 면세석유류 공급절차

② 면세유류를 공급한 주유소, 액화석유가스충전소 또는 판매업자로부터 면세석유류구입권을 제출받은 지역농업협동조합장 또는 수산업협동조합중앙회장은 1역월의 합계 또는 1일부터 15일까지, 16일부터 말일까지의 합계로 별지 제3호 서식의 면세공급확인서 5부를 작성하여 1부는 보관하고 4부를 주유소, 액화석유가스충전소 또는 판매업자에게 교부하여야 한다.

③ 전항의 규정에 의하여 면세공급확인서를 교부받은 주유소, 액화석유가스충전소 또는 판매업자는 동 확인서 3부를 이를 제출받은 날로부터 1월 이내에 자기에게 석유류를 공급한 사업자(대리점 또는 액화석유가스충전소, 석유정제업자, 석유수출입업자를 말하며, 이하 대리점 등이라 한다)에 제출하여야 하며, 이 경우 주유소, 액화석유가스충전소 또는 판매업자는 자기에게 석유류를 공급한 대리점 등으로부터 영 제106조 제10항의 규정에 의한 수정세금계산서를 교부받을 수 있다.

○ 조세특례제한법 부칙(2000. 12. 29 법률 제6297호) 제30조 【석유류의 면세에 관한 특례】

① 종전의 제106조 제1항 제7호 및 제8호와 제111조 제3호 및 제4호의 규정에 의한 석유류에 대하여는 2003년 6월 30일까지 공급하거나 공급받는 분, 제조장 또는 보세구역으로부터 반출되는 분에 한하여 부가가치세ㆍ특별소비세 및 교통세를 면제한다.

나. 유사사례 (기본통칙, 판례, 심판례, 심사례, 예규 등)

○ 부가46015-1523, 1999.06.02

조세특례제한법 제106조 제1항 제7호 및 동법시행령 제106조 제8항의 규정에 의한 면세석유류를 농민 등에게 판매한 사업자는 면세석유류구입권과 면세석유류구입권집계표를 지역○○은행장 등에 제출하고 면세공급확인서를 교부받아 자기에게 석유류를 공급한 사업자(대리점 등)에게 제출하여야 한며, 이 경우 면세석유류 판매업자는 자기에게 석유류를 공급한 대리점 등에 면세공급확인서를 제출하는 때에 당해 대리점 등으로부터 수정세금계산서를 교부받을 수 있는 것임.