1. 질의내용 요약

에너지절약전문업체로 당초 ○○대학교에 장기도급공사 에너지절약용역 사업을 수행하고 사업비 상환합의서에 의하여 준공 전에 3차례 기성대가를 각각 지급받고 잔여금은 준공 후 10년간 연1회씩 원리금을 균등분할 상환받게 되어 있는 바, 준공 전에 지급받은 기성금에 대하여는 이미 세금계산서를 교부하고 신고납부하였음. 그리고 추가로 2001년도에 공사 기성고에 의하여 ○○대학교에 잔여분 대가에 대한 세금계산서를 발행하고 이에 따른 부가세 신고를 이행하였으나 ○○대학교에서는 상환합의에 의한 대금지급 때 세금계산서를 교부받는 것을 이유로 수취를 거절하고 있는 바, 이 경우 당사에서는 이에 대하여 당초 발행한 세금계산서를 취소하는 수정세금계산서를 재발행하여 경정청구할 수 있는지 여부? 참고로 취소하는 수정세금계산서를 재발행하지 않으면 2중발행이 불가피하여 짐.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙)

○ 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서】

법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. (1994. 12. 31 개정)

○ 부가가치세법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】

법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

나. 관련ㆍ유사 사례 (기본통칙, 판례, 심사ㆍ심판례, 예규)

○ 부가46015-1699, 1998.07.28

사업자가 부가가치세법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우 또는 당초의 공급가액에 차가감되는 금액이 발생한 경우에는 수정세금계산서를 교부할 수 있는 것이나, 적법하게 교부한 세금계산서에 대하여는 수정세금계산서를 교부하거나 부가가치세 수정신고 또는 경정청구는 할 수 없는 것임.

○ 간세1265.1-1987,1980.07.01

1. 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 공급받는 자의 동의없이 일방적으로 세금계산서를 작성하여 자기만이 당해 세금계산서를 정부에 제출한 경우 그 세금계산서는 부가가치세법 제9조 제3항 규정의 공급시기에 동법 제16조 규정에 의하여 정당하게 교부된 세금계산서로 볼 수 없는 것임.

2. 따라서 사업자는 당초에 신고한 과세표준을 수정하는 과세표준 수정신고서를 국세기본법 제45조 제1항의 규정에 의하여 제출할 수 있으며 동법 동조 제2항의 규정에 의하여 당초 신고한 과세표준 또는 납부세액을 경정받게 되는 것임.

※국세기본법 개정으로 1995.1.1일부터 종전의 감액수정신고는 경정청구로 개정되었으며, 과세표준 신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자가 과세표준 및 세액(환급세액)을 초과신고한 때는 법정신고기간 경과 후 2년이내에 경정을 청구할 수 없음.

○ 제도46015-10772,2001.04.24

귀 질의의 경우 사업자가 장기할부 또는 기타조건부로 용역을 공급하는 경우에 그 공급시기는 부가가치세법 제9조 제2항 및 동법시행령 제22조 제2호의 규정에 의하여 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때인 것이며, 당해 용역의 공급에 대한 세금계산서는 동법 제16조 제1항의 규정에 의하여 그 공급시기에 교부하여야 하는 것임. 다만, 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 용역의 공급시기로 보는 것임.

○ 부가기본통칙 16-59-1 【수정세금계산서 및 수정영수증 작성 교부】

① 세금계산서를 교부한 후에 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 당초에 교부한 세금계산서는 주서로, 수정하여 교부하는 세금계산서는 흑서로 각각 작성하여 함께 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액만이 추가 또는 차감되는 경우에는 그 증감사유가 발생한 때에 추가되는 금액에 대하여는 흑서로, 차감되는 금액에 대하여는 주서로 교부하여야 한다.

○ 제도46013-10059,2001.03.16

1. 사업자가 재화를 공급하기로 계약하고 재화 인도 전에 받은 선수금에 대하여 세금계산서 발행 후 신고납부했으나 당해 세금계산서를 거래상대방에게 교부하지 아니한 상태에서 당초 공급계약이 취소된 경우 당해 세금계산서는 적법하게 교부된 것이 아니므로 수정세금계산서를 교부할 수 없으며, 이 경우 신고 납부한 금액에 대하여 경정청구를 할 수 있는 것이나,

2. 귀 질의의 경우 이에 해당하는지 여부는 관련 거래사실에 따라 판단할 사항임.