1. 질의내용 요약

○ 총괄납부승인을 받은 사업장이 2개 이상인 사업자가 본사(업태 : 제도ㆍ도소매ㆍ음식점ㆍ부동산업)에서 부가가치세가 면제되는 원재료(야채ㆍ육류 등)를 일괄 구입하고 그 일부를 자기의 다른 사업장(업태 : 음식점업)으로 반출하여 부가가치세가 과세되는 용역의 원재료로 사용하는 경우에 당해 원재료를 당초에 공급받은 본사에서 의제매입세액을 공제받고자 하는 경우 의제매입세액공제율을 3/103 적용하여야 하는지 5/105 적용(음식점업)하여야 하는지에 관한 질의

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙)

○ 부가가치세법 제17조【납부세액】

③ 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(이하 ˝면세농산물 등˝이라 한다)을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다.

○ 부가가치세법시행령 제62조【의제매입세액계산】

① 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(제28조 제1항에 규정하는 1차가공을 거친 것을 포함한다. 이하 ˝면세농산물 등˝이라 한다)의 가액에 재정경제부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액을 공제받고자 하는 사업자는 다음 각호의 1에 해당하는 서류를 첨부하여 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 소득세법 제163조 또는 법인세법 제121조의 규정에 의한 매입처별계산서합계표

2. 여신전문금융업법에 의한 신용카드매출전표 또는 직불카드영수증

3. 제조업을 영위하는 사업자가 농ㆍ어민으로부터 면세농산물 등을 직접 공급받는 경우에는 재정경제부령이 정하는 의제매입세액공제신고서와 관계증빙서류

○ 부가가치세법시행규칙 제19조 【의제매입세액계산】

① 영 제62조 제1항에서 ˝재정경제부령이 정하는 율˝이라 함은 103분의 3(음식점업의 경우에는 105분의 5)을 말한다. (2001.4.3. 개정)

나. 유사사례 (기본통칙, 판례, 심판례, 심사례, 예규 등)

○ 부가46015-294, 1994.02.16

부가가치세가 과세되는 용역을 공급하는 사업장에서 의제매입세액을 공제할 때에 공제시기는 부가가치세가 면제되는 농산물 등을 공급받아 과세되는 용역의 공급에 원재료로 사용하거나 사용할 수 있는 때인 것이며, 이 경우 의제매입세액이 공제되는 용역을 공급하는 사업장으로 면세농산물 등을 반출한 증빙서류와 면세농산물 등을 공급받은 사업장에서 교부받은 계산서 또는 간이계산서 사본을 제출하여야 하는 것임.

○ 부가22601-1561, 1992.10.19

제조업을 영위하는 2개 이상의 사업장이 있는 사업자의 의제매입세액공제는 의제매입세액공제대상 원재료를 공급받는 당해 사업장에서 하여야 하며, 의제매입세액공제 대상 원재료를 공급받는 사업장과 과세되는 재화의 최종제품이 완성되는 장소가 따로 있는 경우에는 최종제품이 완성되는 사업장에서도 공제할 수 있는 것임.