1. 질의내용 요약

○ 사업자가 국가를당사자로하는계약에관한법률에 따라 장기계속계약에 의해 ○○회에 “신발매전산시스템 구축을 위한 프로그램개발용역”을 공급(기간 1999년 7월부터 2005년 3월까지)하는 경우에 있어서, 부가가치세법시행령(2000.12.29, 대통령령 제17401호로 개정되기 전의 것) 제35조 제2호 라목의 규정에 의하여 개별 연차계약에 의한 동 용역의 공급에 대하여 부가가치세 면제하고 있던 중에, 개별 연차계약에 의한 동 용역의 공급에 대하여 부가가치세 과세전환 시행일 이후의 부가가치세의 납세의무자 및 세부담과 계약을 변경할 수 있는 법률적인 근거를 어디에서 찾아야 하는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률,시행령,시행규칙)

○ 부가가치세법 제1조【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

○ 부가가치세법 제2조【납세의무자】

① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 “사업자” 라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

○ 부가가치세법 제12조【면 세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

13. 저술가ㆍ작곡가 기타 대통령령이 정하는 자가 직업상 제공하는 인적용역

○ 부가가치세법시행령 제35조【인적용역의 범위】

법 제12조 제1항 제13호에 규정하는 인적용역은 독립된 사업(수개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각호에 규정하는 용역으로 한다.

2. 개인ㆍ법인 또는 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음에 규정하는 인적용역 (1995. 12. 30 개정)

(라) 재정경제부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역 (2000. 12. 29 개정)

○ 부가가치세법시행령 부칙 (2000. 12. 29, 대통령령 제17041호) 제1조 【시행일】

이 영은 2001년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제35조 제2호 (라)ㆍ제74조의 2 제3항 및 제79조의 2 제6항의 개정규정은 2001년 7월 1일부터, 제4조 제1항 제8호 및 제79조의 2 제2항의 개정규정은 2001년 9월 1일부터, 제26조 제1항 제6호의 개정규정은 2002년 1월 1일부터 시행한다.

제3조 【일반적 적용례】이 영은 이 영 시행후 최초로 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.

○ 부가가치세법 제15조【거래징수】

사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제14조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 부가가치세를 그 공급을 받는 자로부터 징수하여야 한다.

나. 관련ㆍ유사 사례 (기본통칙, 판례, 심사ㆍ심판례, 예규)

○ 제도 46015-10051, 2001.03.16

프로그램개발을 영위하는 사업자가 프로그램개발용역 제공에 있어서 장기계속 용역에 대한 총차계약을 체결하고 이에 따른 별도의 연차별계약을 체결하여 용역을 제공하는 경우로서 연차계약에 의하여 용역제공기간이나 대가관계, 당해 기간의 용역의 내용 등이 실질적으로 확정되는 경우에는 다년간 계약인 총차계약이 있다 하더라도 연차계약에 의하여 제공되는 각각의 용역을 별도의 용역으로 보아야 하므로 연차계약에 의한 용역의 제공이 2001. 7. 1 이후에 개시되는 경우에는 부가가치세법시행령(대통령령 제17041호) 부칙 제1조의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것임. 이 경우 발주처와 계약변경을 하여야 하는지 여부는 계약 당사자간에 결정할 사항임.

○ 부가46015-1074, 1999.05.27.

1. 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 당해 공급에 대한 부가가치세를 그 공급을 받는 자로부터 징수하여야 하는 것이나 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 부가가치세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 10에 상당하는 금액을 당해 부가가치세를 별도로 구분하여 거래징수할 것인지 또는 거래금액에 포함하여 거래징수할 것인지는 계약당사자간에 결정할 사항임.

2. 법ㆍ령의 개정으로 인한 계약금액조정 관련 재정경제부의 기질의ㆍ회신문(회계 41301-1888, 1997. 7. 14)을 참조하기 바람.

(참조 : 재회계 41301-1888, 1997. 7. 14)

국가기관이 체결한 계약에 있어 계약의 이행중 당해 계약과 관련된 법령의 재ㆍ개정으로 인하여 계약상대자가 의무적으로 납부하여야 할 비용이 추가로 발생되는 때에는 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률시행령 제66조의 규정에 의거 실비를 초과하지 아니하는 범위내에서 계약금액을 조정함.

○ 부가46015-5059, 1999.12.27.

감리용역을 제공하는 경우에 있어서 장기 계속용역에 대한 총차계약을 체결하고 이에 따른 별도의 연차별 계약을 체결하여 용역을 제공하는 경우로서, 연차계약에 용역제공기간이나 대가관계, 당해 기간의 용역의 내용 등이 실질적으로 확정되는 경우에는 다년간 계약인 총차계약이 있다 하더라도 연차계약에 의하여 제공되는 각각의 용역을 별도의 용역으로 보아야 하므로, 연차계약에 의한 용역의 제공이 1999. 1. 1 이후에 개시되는 경우에는 법률 제5585호 부가가치세법 중 개정법률 부칙 제2조 단서의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것임.