1. 질의내용

○ 사업자가 상가(1,2층)과 주택(3,4층) 건물의 신축공사를 시공하는 경우 부가가치세 과세여부 및 관련 매입세액 공제 기준

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호ㆍ제4호의 2 및 제9호의 규정은 2003년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용한다.

4. 대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역

○ 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】

④ 법 제106조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역” 이라 함은 제51조의 2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택과 당해 주택의 건설용역으로서 건설산업기본법ㆍ전기공사업법ㆍ소방법ㆍ정보통신공사업법ㆍ주택건설촉진법 및 오수ㆍ분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 주택건설용역으로 한다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액” 이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액” 이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액” 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. (일부 생략)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

○ 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × 면세공급가액 / 총공급가액

③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 당해 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5 미만인 경우의 공통매입세액

2. 당해 과세기간 중의 공통매입세액이 2만원 미만인 경우의 매입세액

3. 제48조의 2 제3항 제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

나. 유사 사례 (기본통칙, 질의회신, 심사ㆍ심판례, 판례)

○ 부가46015-980, 2000.05.02

건설산업기본법ㆍ전기공사업법ㆍ소방법ㆍ정보통신공사업법 및 주택건설촉진법에 의하여 등록을 한 사업자가 사업용 건물과 국민주택 및 국민주택규모 초과주택의 건설용역을 함께 공급하는 경우에 국민주택의 건설용역 공급에 대하여는 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것임.

○ 부가46015-1452, 1998.06.30

건설산업기본법에 의하여 면허를 받은 사업자가 국민주택규모 이하의 주택이 포함된 상가의 신축용역을 제공하고 용역대가의 전부에 대하여 세금계산서를 교부한 경우 국민주택규모 이하의 주택건설용역은 조세감면규제법 제100조 제1항 제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되므로 주택건설용역 해당에 대하여는 과세표준과 세액을 감액하는 수정세금계산서를 교부하여야 하는 것임.

○ 부가46015-2369, 1999.08.06

사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 면세사업에 관련된 매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하는 것임. 다만, 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서는 안분계산은 부가가치세법시행령 제61조 제4항의 규정을 적용하는 것임.