1. 질의내용 요약

1985년 이전에 취득한 대지중 일부는 사업용으로 사용하고 일부는 자경하던 중 1999.10월 ○○공사에 수용되어 예정신고시 농지에 대하여는 자경농지로서 100%, 사업용 토지는 수용으로 인한 25%의 양도소득세액을 감면받았는 바,

1. 보상금액중 일부를 사업상의 부채상환으로 사용하고 조세특례제한법 제36조의 규정에 의한「중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세의 감면」신청을 확정신고기한까지 하지 못한 경우 양도소득세 수정신고(감면신청)가 가능한지 여부

2. 자경농지 감면(100%), 중소사업자 경영안정지원 감면(100%), 공공용지의 감면(25%)이 각각 적용되는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제36조 【중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 감면】의 구법

① 대통령령이 정하는 중소사업자(이하 제40조 및 제41조에서 “중소사업자” 라 한다)가 대통령령이 정하는 금융기관의 부채(이하 “금융기관부채” 라 한다)를 상환하기 위하여 사업용으로 사용한 토지등을 1999년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (1998. 12. 28 개정)

이하 생략

○ 조세특례제한법 제127조【중복지원의 배제】의 구법:1999.08.31 개정

① ~③

④ 제6조, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제34조, 제63조 내지 제68조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제13조 또는 이 법 부칙 제12조 제4항의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우에는 제5조, 제11조, 제24조 내지 제27조, 제62조 제1항ㆍ제2항, 제65조 제2항, 제94조, 제103조, 제126조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조 또는 이 법 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정은 이를 적용하지 아니한다. (1998. 12. 28 개정)

⑤ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제34조, 제63조, 제64조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제13조 또는 이 법 부칙 제12조 제4항과 제121조의 2 또는 제121조의 4의 규정에 의한 소득세 또는 법인세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다. (1999. 5. 24 개정 ; 정부조직법 부칙)

⑥ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제120조 제3항ㆍ제121조ㆍ제121조의 2 또는 제121조의 4의 규정에 의한 취득세ㆍ재산세 또는 종합토지세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용 받을 수 있다. (1999. 8. 31 개정)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 재산46014-947, 2000.07.29

1. 토지 또는 건물(이하 “토지 등” 이라 함)의 양도일까지 계속하여 3년 이상 사업을 영위한 중소사업자가 금융기관의 부채를 상환하기 위하여 사업용으로 사용한 토지 등을 2000. 12. 31(1999년 양도의 경우 1999.12.31)이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 조세특례제한법 제36조 및 같은법시행령 제33조의 규정에 의하여 양도소득세의 100/100에 상당하는 세액을 감면하는 것임.

2. 양도소득과세표준 확정신고기한 이후에 같은법시행령 제33조 제11항에서 규정하는 감면신청을 하는 경우에도 상기 1.의 양도소득세 감면규정을 적용받을 수 있는 것임.

○ 법인46012-1665, 2000.07.28

중소사업자가 구 조세감면규제법 제33조의 2의 규정에 의하여 사업용으로 사용한 토지 등을 양도하여 금융기관부채를 상환한 경우에는 양도소득세 등을 감면하는 것이며, 이 경우 세액감면신청서를 제출하지 아니한 경우에도 동법의 요건에 적법하면 세액감면을 적용받을 수 있는 것임.